ANSES - Le Magazine

Durant les dernières décennies, la généralisation de l’élevage mono-spécifique intensif dans la filière piscicole et l’intensification des échanges de poissons et semences ont complexifié la gestion sanitaire des élevages dans les bassins de production. Les agents pathogènes tels que les rhabdovirus responsables de la septicémie hémorragique virale (SHV) et de la nécrose hématopoïétique infectieuse (NHI) sont désormais répertoriés par la nouvelle Loi de Santé Animale (LSA) en catégorie CDE (maladie soumise à programme d’éradication optionnel par les États Membres). Cette évolution réglementaire ne remet pas en question les statuts sanitaires reconnus précédemment et la surveillance qui permet le maintien des statuts. Le lancement en 2017 d’un Plan National d’Eradication et de Surveillance (PNES) soutenu financièrement par l’Union Européenne, plan dont l’objectif est d’obtenir à moyen terme le statut indemne pour la SHV et la NHI pour l’ensemble du territoire français, a permis de renforcer cette surveillance. Sur la période 2022-2023, les résultats des contrôles sanitaires confirment le maintien d'une situation sanitaire stable sur le territoire vis-à-vis de ces deux maladies mais également de l’herpès virose de la carpe (HVC), détectée régulièrement depuis plus d'une décennie en France et rétrogradée en catégorie E (maladie soumise à surveillance) dans la nouvelle LSA. Les laboratoires nationaux de référence (LNRs) des Etats-Membres de l’Union Européenne assurent, en parallèle, une surveillance active des maladies non réglementées et émergentes circulant sur le territoire européen.

Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie pathogène responsable de la listériose, dont la voie de contamination est principalement alimentaire. La caractérisation des souches isolées de la chaîne agro-alimentaire contribue à mieux connaitre leur écologie et à évaluer les risques sanitaires liés aux aliments. Dans cette perspective, le Laboratoire National de Référence pour Listeria monocytogenes (LNR) s’est engagé depuis 2019 dans la caractérisation génomique systématique des souches isolées des contrôles officiels. Cet article décrit l’organisation mise en place pour cette caractérisation et présente les résultats obtenus sur la période 2019-2021. Sur six grandes catégories d’aliments, les souches se répartissent en quatre sérotypes et 83 complexes clonaux (CC). Ces résultats descriptifs montrent que les CC121 et CC9 sont majoritairement isolés, comme cela est décrit dans la littérature pour des souches d’origine alimentaire. Ils ont également permis d’identifier des clusters génomiques suggérant une persistance de souches de Lm ou la réintroduction par un intrant, dans certains lieux de transformation ou de stockage, ainsi que la présence de souches associées à une hypervirulence dans différents types de denrées alimentaires prêtes à consommer d’origine végétale ou animale. Les conclusions mettent en avant des axes d’optimisation du dispositif de surveillance génomique des Lm dans les aliments, impliquant le réseau de laboratoires officiels supervisé par le LNR et souligne l’intérêt des interactions avec le Centre National de Référence Listeria (CNR) en charge des alertes et de la surveillance des cas de listériose humaine pour une vision la plus exhaustive possible compatible avec la gestion des risques.