ANSES - Le Magazine

En France, Salmonella spp. et Campylobacter spp. sont les deux principaux agents bactériens responsables de zoonoses d’origine alimentaire, et Clostridioides difficile le 2^ème agent isolé des selles chez les patients ayant des troubles digestifs. La volaille est reconnue comme un réservoir pour ces trois pathogènes. Ce plan de surveillance officiel réalisé sur l’année 2022 avait pour but de mettre à jour les données sur Salmonella spp. et Campylobacter spp. sur les produits de volaille avec peau (cuisses) et sans peau (escalopes) à la distribution et d’obtenir des données sur C. difficile sur ces mêmes matrices. La prévalence de Salmonella spp., Campylobacter spp.et C. difficile, est respectivement de 0,9 % (n=2435 unités), de 49,2 % (n=2425 unités) et de 0,9% (n=465 unités). Pour l’ensemble des pathogènes, la prévalence est plus élevée sur les produits avec peau. Pour Campylobacter spp, un effet saison a été observé, avec un pourcentage d’unités positives en Campylobacter spp. moins élevé en hiver (30,3%) que pendant les trois autres saisons (en moyenne 50,7 %). Le dénombrement de Campylobacter spp. réalisé sur ces matrices montre que 28% des escalopes et 31% des cuisses sont faiblement contaminées (≤10 UFC/g). Par ailleurs, 2,4 % des cuisses et 0,2 % des escalopes présentent plus de 1 000 UFC/g, valeur limite pour le critère d’hygiène à l’abattoir.

L’exécution du programme de lutte contre les salmonelles en 2023 a montré une dégradation par rapport à 2022 de la situation épidémiologique des filières avicoles françaises vis-à-vis des salmonelles du groupe 1, dans un contexte général de baisse de production. Dans la filière poulets de chair, une augmentation du nombre de foyers chez les reproducteurs de poulets de chair en multiplication a été observée par rapport à 2022, en lien possible avec l’arrêt des prélèvements de confirmation. Cependant, cette hausse à l’étage multiplication n’a pas eu de répercussion observée sur la prévalence en production, qui reste identique à 2022. En filière dindes de chair, aucun foyer de salmonelles du groupe 1 n’a été détecté chez les reproducteurs en sélection et multiplication. Néanmoins, une dégradation de la situation sanitaire est notée en production de dindes de chair, où la prévalence d’infection par les salmonelles du groupe 1 atteint le seuil limite de 1% des troupeaux. En filière œufs de consommation, aucun foyer n’est recensé à l’étage reproduction, comme les années précédentes, mais en production, la prévalence d’infection a dépassé le seuil de prévalence limite fixé par la règlementation européenne à 2%. 

La réglementation européenne relative aux contrôles officiels exige la saisie à l’abattoir des carcasses et abats impropres à la consommation humaine. Cet article constitue une analyse exploratoire des données d’inspection post mortem collectées par les services vétérinaires d’inspection dans les abattoirs de bovins de France métropolitaine entre 2016 et 2019.

Le taux global de saisie sur la période était de 4,5 % pour les gros bovins et de 1,4 % pour les veaux ; le taux de saisies totales était de 0,7 et 0,3 %, et le taux de saisies partielles de 3,9 et 1,1 % pour les gros bovins et les veaux respectivement. Les trois principaux motifs de saisie étaient : abcès (19,6 % des animaux saisis), sclérose musculaire (18,2 %) et infiltration séreuse du tissu conjonctif (14,1 %) pour les gros bovins, tiquetage musculaire (14,2 %), abcès (14,1 %) et souillures fécales (13,7 %) pour les veaux. Les futures analyses permettront d'étudier l'influence des caractéristiques des animaux sur la prévalence de certains motifs de saisie, ainsi que les liens entre les motifs de saisie ante mortem et post mortem. Ces éléments pourraient utilement appuyer la réflexion du gestionnaire du risque dans la modernisation de l’inspection en abattoir.

Les salmonelles, bactéries ubiquitaires, représentent la deuxième cause la plus fréquente de toxi-infections alimentaires bactériennes en France et en Europe. Dans ce contexte, l’Anses exerce une activité de surveillance de la chaîne alimentaire via le réseau Salmonella qui centralise, depuis plus de vingt ans, des résultats de sérotypage de salmonelles d’origine non humaine. Un outil statistique d’analyse de séries temporelles a été développé pour analyser ces données de surveillance. Il permet de détecter précocement des augmentations inhabituelles de la présence de certains sérovars aux niveau national, régional ou encore dans une filière spécifique, susceptible de présenter un risque pour le consommateur. Le couplage de cette approche statistique et de l’analyse génomique des souches permet de caractériser finement ces évènements inhabituels d’un point de vue épidémiologique. Cet article décrit un exemple de cette approche combinée déployée suite à l’augmentation inhabituelle de la détection de Salmonella Goldcoast au cours de la période 2018-2019 en France. Les analyses épidémiologiques et génomiques ont mis en évidence un cluster majoritaire lié à la filière avicole.

Les Escherichia coli producteurs de Shiga Toxines (STEC) sont des bactéries zoonotiques d’origine alimentaire associées à des épidémies de grande envergure qui représentent un problème de santé publique de premier ordre. La viande hachée de boeuf contaminée par le contenu digestif des animaux porteurs et insuffisamment cuite reste une des principales sources de contamination de l’Homme. Le réservoir naturel des STEC est constitué le plus souvent par des animaux porteurs sains, et correspond plus particulièrement au tube digestif des ruminants. Bien qu’il n’existe aucun critère microbiologique réglementaire, une viande contenant une de ces souches est considérée comme « dangereuse ». Aussi, le plan de surveillance 2016 visait à établir le taux de contamination des viandes hachées de boeuf mises sur le marché en France par les souches STEC identifiées comme les plus à risque et, par conséquent à apprécier l’exposition du consommateur à ce danger ainsi que l’efficacité des mesures de prophylaxie mises en place par les professionnels.
Les résultats obtenus confirment que le taux de contamination des viandes hachées de boeuf est faible (0,3 % ; 3/876-IC95-[0,07-0,99%]) et du même ordre de grandeur que ceux obtenus précédemment, ce qui suggère que le risque d’exposition de l’Homme via la consommation de viande hachée de boeuf en France reste limité. Trois souches STEC O26:H11 ont été isolées dans les échantillons. Elles possédaient des marqueurs génétiques de virulence accrue. Trois des quatre souches AEEC (E. coli possédant le gène eae et non stx) isolées appartenaient au sérotype O26:H11 et une au sérotype O103:H2.
En 2017, la direction générale de l’Alimentation (DGAL) a poursuivi la surveillance de la contamination par les STEC des viandes hachées de boeuf surgelées au stade de la production.

La direction générale de l’Alimentation (DGAL) du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation pilote un système de surveillance de la contamination des productions alimentaires. Le système fait intervenir et interagir de nombreux acteurs. Son objectif principal est de vérifier la conformité sanitaire des productions et de suivre les niveaux de contamination susceptible de se retrouver dans les denrées alimentaires.
En 2015 et 2016, environ 60 000 prélèvements ont été effectués dans toutes les filières et aux différentes étapes de la chaîne alimentaire et environ 800 000 résultats d’analyses ont été produits. Comme les années précédentes, les niveaux de contamination des denrées et des aliments pour animaux, et les taux de non-conformité évalués au regard des seuils réglementaires sont faibles. Les données sont exploitées d’une part par les autorités pour la mise en place des mesures de gestion immédiate du risque et d’autre part par la communauté scientifique pour la réalisation de travaux de recherche. Elles permettent par ailleurs aux autorités de communiquer sur leurs actions.
Au vu des résultats de 2015 et de 2016, le système de surveillance mis en place a montré son efficacité, malgré les contraintes réglementaires et méthodologiques, grâce à une implication forte des différents acteurs et aux importants efforts humains et financiers consentis. Afin d’améliorer la qualité et la valorisation des données produites, une application informatique pilote, développée dans le cadre du projet « Qualiplan » portant dans un premier temps sur les plans relatifs aux résidus de médicaments vétérinaires, de facteurs de croissance et de pesticides, va permettre dès 2018 de mettre à disposition de la DGAL, des services déconcentrés et des laboratoires nationaux de référence (LNR) un ensemble d’indicateurs de qualité relatifs à la complétude et à la cohérence des données.

Les mammites sont les infections bactériennes les plus fréquentes chez les vaches laitières. Leur prévention comme leur traitement passent souvent par l’utilisation d’antibiotiques, ce qui peut favoriser le développement de résistances. L’objectif de cette étude était d’estimer les niveaux et tendances des résistances aux antibiotiques des trois principales bactéries responsables de mammites en France (Streptococcus uberis, Escherichia coli et les staphylocoques à coagulase positive). Les données collectées entre 2006 et 2016 par le Réseau de surveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales (Résapath) ont été analysées. Les tendances ont été investiguées par des modèles non linéaires (modèles additifs généralisés). Sur la période étudiée, quelle que soit la bactérie considérée, les niveaux de résistance étaient le plus souvent inférieurs à 25 %. Pour S. uberis, tous les niveaux de résistance étaient en augmentation au cours de la seconde moitié de la période d’étude. Chez les staphylocoques, toutes les tendances des résistances étaient stationnaires ou décroissantes, excepté la résistance à la céfoxitine qui a augmenté entre 2014 et 2016. Pour seulement deux combinaisons bactérie-antibiotique, le niveau de résistance a augmenté de façon continue de 2006 à 2016 : la résistance à la tétracycline chez S. uberis (atteignant 20,4 % en décembre 2016) et la résistance aux céphalosporines de troisième génération (C3G) chez E. coli (atteignant 2,4 % en décembre 2016). Cette dernière augmentation est particulièrement préoccupante car les C3G constituent l'une des dernières alternatives thérapeutiques pour lutter contre certaines maladies infectieuses graves chez l'Homme et sont qualifiés d’antibiotiques critiques par l’EMA.

Des signes cliniques ont également été rapportés chez des ovins et des caprins infectés par le virus BTV-4 en Corse. Les signes cliniques les plus fréquents étaient : l’abattement ou la dépression (78 %), l’œdème de la face, inter-mandibulaire ou du mufle (42 %), le jetage nasal, la perte d’appétit ou l’anorexie, et l’hyperthermie (33 %). Aucun foyer clinique de FCO-4 n'a été détecté en France continentale à ce jour. Cependant, le faible nombre de foyers détecté depuis novembre 2017, majoritairement durant une période d’inactivité vectorielle, laisse envisager une possible apparition de foyers cliniques au printemps-été 2018. La surveillance événementielle est donc fondamentale afin de surveiller les évolutions possibles de la circulation virale et de l’impact clinique du BTV-4.