ANSES - Le Magazine

La rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR) est une maladie provoquée par l’Herpesvirus bovin de type 1 (BoHV1) qui possède un tropisme respiratoire et génital. Dans l’élevage français, l’infection reste le plus souvent asymptomatique. Toutefois la maladie présente un enjeu commercial important tant à l’échelle nationale qu’internationale, ce qui a incité les professionnels à s’engager dans une démarche d’éradication de la maladie d’ici 2027, reprise et portée par l’Etat français auprès de la Commission européenne.

Ce programme d’éradication a fait l’objet d’une reconnaissance européenne en novembre 2020 qui se traduit par le déploiement des dispositions prescrites par la Loi de Santé Animale dans le cadre d’un arrêté ministériel paru en novembre 2021.

D’après les bilans de campagne réalisés chaque année, le renforcement des mesures sanitaires initié en 2016, puis la mise en œuvre de la Loi de Santé Animale en 2021, ont conduit à une baisse de la prévalence nationale à l’échelle des troupeaux de 2,04 % en 2021 à 0,8 % en 2024 et du nombre de troupeaux incidents de 448 à 86 sur la même période. La proportion de troupeaux sous appellation « indemne » s’établit à 95,9 % au 30 juin 2024 et celle des bovins « indemnes » à 96,6 %.

Cette dynamique doit maintenant être accentuée pour assurer l’atteinte de la cible en 2027 - soit moins de 300 troupeaux non indemnes à l’échelle nationale. Ainsi, l’arrêté ministériel publié en juin 2024 renforce les contraintes aux mouvements des bovins non indemnes, impose la réforme des bovins infectés et prévoit la qualification des ateliers d’engraissement dérogataires.

Les Escherichia coli producteurs de Shiga Toxines (STEC) sont des bactéries zoonotiques d'origine alimentaire associées à des cas d’infections sporadiques mais également des épidémies de grande envergure qui représentent un problème de santé publique de premier ordre. La consommation de viandes hachées de bœuf insuffisamment cuites et de fromages au lait cru contaminés par ces bactéries d’origine digestive d’animaux porteurs sains représente la principale voie de contamination par voie alimentaire de l’Homme en France. Les plans de surveillance menés en 2021 et 2022 avaient pour objectif d’établir les taux de contamination de viandes hachées de bœuf, et des fromages au lait cru (2022 uniquement) par les souches STEC identifiées comme les plus à risque en France. Plus globalement, ces plans permettent d’apprécier l’exposition du consommateur à ce danger ainsi que l’efficacité des mesures de prophylaxie mises en place par les professionnels.

Les résultats obtenus confirment que les taux de contamination des viandes hachées de bœuf sont faibles et du même ordre de grandeur que ceux obtenus dans les plans précédents. Les taux de contamination des fromages au lait cru sont en revanche un peu plus élevés que ceux observés lors des plans précédents, même s’ils restent faibles.

Les données obtenues indiquent que le risque d’exposition de l’Homme via la consommation des deux types d’aliments investigués dans cette étude reste limité. Des souches STEC hautement pathogènes pour l'Homme (ou EHEC Top5) ont pourtant été isolées dans un faible nombre d’échantillons analysés. Ces données rappellent donc l'importance de mettre en place des mesures de maîtrise et de surveillance de ce danger dans les filières. La sensibilisation des consommateurs au respect des conditions de cuisson et de consommation mentionnées sur l'étiquetage est également très importante.

Les salmonelloses non typhiques sont des zoonoses bactériennes transmises à l’Homme principalement par voie alimentaire. Salmonella représente la deuxième cause de toxi-infections alimentaires en France et en Europe, derrière Campylobacter. Evaluer et maitriser les risques sanitaires de salmonellose pour l’Homme nécessite de surveiller les sérovars susceptibles de circuler aux différentes étapes de la chaîne agro-alimentaire. Depuis plus de vingt ans, le réseau Salmonella, piloté par le Laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses, collecte et centralise des résultats de sérotypage de salmonelles isolées de la fourche à la fourchette. Cette surveillance évènementielle au niveau national, tous sérovars et toutes filières confondus, repose sur le volontariat des laboratoires partenaires ; elle est complémentaire des programmes de lutte officiels mis en œuvre par l’autorité de contrôles en filière avicole. En 2019, 135 laboratoires partenaires du réseau ont envoyé 2 972 souches à sérotyper par l’Anses et 10 584 résultats de sérotypage de salmonelles isolées de toutes filières, aux différents maillons de la chaîne agro-alimentaire. Par la centralisation de ces données au niveau national, le réseau Salmonella représente une source unique permettant d’apprécier la diversité et la circulation des salmonelles dans les différents réservoirs de la chaîne agro-alimentaire. Au-delà de cette activité de surveillance des salmonelles sur le territoire national, la base de données représente un patrimoine biologique sur lequel s’appuient les travaux de recherche et de référence de l’Agence.

Dans un contexte épidémiologique où la peste porcine africaine (PPA) présente depuis 2014 dans certains États-Membres de l’Est de l’Union Européenne (Pologne, Lituanie, Lettonie, Estonie), s’est étendue à la Moldavie (2016), Roumanie (2017), République Tchèque (2017), Hongrie (avril 2018), Belgique (septembre 2018), Slovaquie (juillet 2019), Serbie (août 2019), alors que la peste porcine classique (PPC) est éradiquée de tous les élevages au sein de l’Union européenne (EU), la démonstration du statut indemne de la France vis-à-vis de ces deux maladies et la détection précoce d’une émergence restaient les principaux objectifs de la surveillance menée sur la période de 2017 à 2019.

Comme les années précédentes, la vigilance à l’égard de la PPC a reposé sur une surveillance programmée des porcs et sangliers d’élevage et une surveillance événementielle en élevage et faune sauvage. La surveillance programmée est réalisée par sérologie en élevage de sélection-multiplication, et par sérologie et virologie à l’abattoir. La vigilance à l'égard de la PPA a reposé sur une surveillance événementielle en élevage de porcs et sangliers et une surveillance accrue des sangliers sauvages trouvés morts sur le terrain.

Ainsi en trois ans (2017-2019), les surveillances programmée et évènementielle des pestes porcines conduites chez les porcs domestiques et les sangliers en élevage ou à l’abattoir ont été à l’origine de soixante-et-un arrêtés préfectoraux de mise sous surveillance (APMS). Toutes ces suspicions ont été infirmées. 

Un foyer de brucellose à Brucella melitensis biovar 3 a été détecté en 2012 dans le massif du Bargy (Haute-Savoie) et concerne principalement la population de bouquetins des Alpes (Capra ibex), une espèce protégée. Depuis 2012, cette situation inédite a fait l’objet de mesures de surveillance et de lutte ainsi que de travaux de recherche basés sur des suivis démographiques et épidémiologiques de la population. Ces travaux ont montré que la dynamique de transmission est hétérogène, spatialement et entre classes démographiques : l’infection se concentre dans la zone cœur du massif et les femelles jouent un rôle prépondérant dans la transmission. Les résultats suggèrent en outre que la voie d’infection majoritaire est liée aux avortements et aux mises-bas brucelliques, la voie vénérienne jouant un rôle moindre. De 2012 à 2020, la séroprévalence de la brucellose chez les femelles en zone cœur a baissé de 50 % à moins de 15 %, et la force d’infection (taux auquel les individus sensibles s’infectent) a diminué. Une réduction de la taille de la population de bouquetins, liée notamment aux mesures de lutte, a été observée entre 2012 et 2016, avant une stabilisation autour de 370 individus. L’amélioration de la situation épidémiologique et l’accumulation des connaissances sur le fonctionnement de l’épidémie permettent d’envisager une stratégie de gestion adaptative pour gérer l’infection chez les bouquetins mais aussi pour les autres espèces sauvages et domestiques concernées ainsi que pour l’Homme.

La diarrhée épidémique porcine (DEP) apparue en Europe à la fin des années 1970 est due à un alpha-coronavirus appelé virus de la diarrhée épidémique porcine (vDEP). Une ré-émergence du virus conduisant à des épizooties sévères a été rapportée en Asie à partir de 2010, puis en Amérique à partir de 2013. Deux génotypes de souches de vDEP, se différenciant par des insertions/délétions dans le gène S, ont été isolés et circulent toujours actuellement dans ces régions. Ils regroupent d’une part les souches « S-InDel » moyennement virulentes présentes sur tous les continents, notamment en Europe y compris la France, et d’autre part les souches « S-non-InDel » hautement virulentes qui circulent en Asie et sur le continent américain uniquement. Les porcs infectés par le vDEP sont sujets à d’importantes diarrhées aqueuses ainsi qu’à des vomissements parfois accompagnés de signes de déshydratation. Les conséquences de la maladie sont particulièrement importantes en cas d’infection par une souche « S-non-InDel », la mortalité pouvant atteindre 100 % chez les porcelets sous la mère. La maladie sous sa forme hautement virulente est un danger sanitaire de catégorie 1 (DS1) en France, alors que sous sa forme moyennement virulente il s’agit d’un DS2 nécessitant une déclaration obligatoire et la mise en place de mesures de gestion par les professionnels. Une surveillance évènementielle est mise en place depuis 2014 pour la détection des évènements sanitaires pouvant être en lien avec le vDEP. Depuis 2014, la France a été confrontée à un nombre limité de foyers déclarés (7) qui étaient tous liés à des virus moyennement virulents « S-InDel ». Ils ont été assainis par des mesures de compartimentation, d’hygiène renforcée et de biosécurité, sauf pour un foyer qui a fait l’objet d’un dépeuplement. Par ailleurs, la situation épidémiologique sur le territoire français semble favorable au regard des résultats des enquêtes de séroprévalence nationales réalisées aux étages production et sélection-multiplication en 2018. Les souches hautement virulentes continuent de circuler en Asie et en Amérique du Nord et la vigilance doit être maintenue à l’égard de ces souches qui ont un potentiel de propagation considérable et auraient un impact économique très important sur la filière

Le virus de la FCO de sérotype 8 a de nouveau été détecté en France continentale en septembre 2015. En 2016, 1 456 foyers ont été détectés, soit dix fois plus qu’en 2015. La découverte de ces nouveaux foyers a fait évoluer la zone réglementée laissant en zone indemne uniquement 9 départements du nord et de l’ouest de la France. La quasi-totalité des foyers a été détectée dans le cadre des tests réalisés pour permettre la sortie des animaux mouvements de la zone réglementée. Comme en 2015, très peu d’animaux ont présenté des signes cliniques.

En Corse, le sérotype 1 n’a plus été détecté depuis juin 2014. En complément de la vaccination obligatoire vis-à-vis du sérotype 1, la vaccination a également été rendue obligatoire vis-à-vis du sérotype 4 suite aux foyers de sérotype 4 détectés en Sardaigne en janvier 2016. Un foyer de FCO à sérotype 4 a été détecté en décembre 2016 en Corse-du-sud suite à l’apparition de signes cliniques évocateurs de la FCO chez neuf brebis. Les mesures de gestion sont restées inchangées étant donné que la Corse était déjà en territoire réglementé vis à vis de ce sérotype.

Dans un contexte épidémiologique où la peste porcine africaine (PPA) est présente depuis 2014 dans certains États Membres de l’Est de l’Union Européenne (Pologne, Lituanie, Lettonie, Estonie), et où la peste porcine classique (PPC) est toujours présente au sein de la population de sangliers sauvages en Lettonie, la démonstration du statut indemne de la France vis-à-vis de ces deux maladies et la détection précoce d’une émergence restaient les principaux objectifs de la surveillance menée en 2016.

Ainsi, en 2016, la surveillance programmée des pestes porcines chez les porcs domestiques et les sangliers en élevage a engendré six arrêtés préfectoraux de mise sous surveillance (APMS) tandis que la surveillance événementielle a abouti à un APMS. Par ailleurs, deux suspicions ont été enregistrées dans le cadre de la surveillance événementielle des pestes porcines chez des sangliers sauvages. Aucune de ces suspicions n’a été confirmée.