ANSES - Le Magazine

Les infections intestinales à Campylobacter comptent parmi les zoonoses les plus fréquentes en Europe. La consommation de viande de volaille et secondairement de porc ou de veau constitue la principale source de contamination. Seuls les cas sévères chez des patients fragilisés ou les infections extra-intestinales font l’objet d’un traitement antibiotique. La surveillance de l’antibiorésistance des souches de Campylobacter (C.) jejuni et C. coli isolées de porc d’engraissement et de bovin de moins d’un an est réalisée de façon bisannuelle en France (en alternance avec la volaille) conformément à la décision d’exécution de la Commission Européenne 2020/1729/UE. Elle cible six familles d’antibiotiques. Cette surveillance a révélé des taux de résistance élevés vis-à-vis de la ciprofloxacine et faibles, voire nuls, vis-à-vis de l’ertapénème, deux antibiotiques critiques pour la santé humaine. La résistance à l’érythromycine, antibiotique majeur contre les infections à Campylobacter, est faible pour C. jejuni et modérée pour C. coli. Les taux de résistance sont faibles vis-à-vis de la gentamicine et élevés vis-à-vis de la tétracycline. Aucune résistance n’a été détecté pour le chloramphénicol. De manière générale, l’antibiorésistance est plus importante chez C. coli par rapport à C. jejuni et au sein de C. coli chez le veau par rapport au porc. 

Yersinia enterocolitica est le 3^ème agent zoonotique pathogène rapporté en Europe avec le biotype BT4 le plus fréquent dans les cas de yersiniose. Le porc est un réservoir de ce pathogène, il l’héberge dans sa cavité orale et son tractus digestif. Le désossage de la tête peut être une étape à risque. Le niveau de contamination par Y. enterocolitica pathogène des joues, langues et autres viandes de porc à la distribution a été évalué au travers d’un plan exploratoire déployé par la DGAL, en 2023. Sur 9 mois, 111 échantillons de joues, 104 de langues et 160 de viandes fraiches ont été prélevés à la distribution sur 13 régions. Sur les 375 échantillons, le taux de contamination en Y. enterocolitica pathogène est de 16,0% avec une contamination plus élevée pour les langues (39,4%) suivie de celle des joues (16,2%). Un seul échantillon de viande fraîche s’est avéré contaminé. Sur les 125 souches isolées, 97,6 % sont de biotype BT4.Ce plan exploratoire a permis l'acquisition de données de contamination sur des nouvelles matrices de porcs au stade de la distribution en métropole française. Avec une contamination de 16 % et un biotype BT4 majoritairement retrouvé sur ces matrices, cet agent zoonotique reste un agent à surveiller chez le porc. Les contaminations plus élevées sur les langues et les joues, et plus faible sur la viande suggère que l’étape de désossage de la tête serait plus à risque que l’étape d’éviscération pour la contamination des porcs par Yersinia enterocolitica pathogène.

Le virus de l’encéphalite à tiques (TBEV), provoquant des infections neurologiques sévères chez l’Homme, est transmis à l’Homme par les tiques ou la consommation de produits laitiers non pasteurisés, principalement issus de chèvres et de brebis. En France, les suspicions et les cas de contamination alimentaire ont été rapportés uniquement en région Auvergne-Rhône-Alpes (AURA). Notre étude s’est intéressée aux caractéristiques des filières lait de chèvres et brebis dans deux départements de la région AURA, l’Ain et le Puy-de-Dôme, pour mieux appréhender le risque de transmission alimentaire de TBEV. Les résultats de notre étude montrent que ces filières présentent effectivement des caractéristiques pouvant favoriser la transmission du TBEV à l’Homme par voie alimentaire. Les pratiques d'élevage dans ces régions, caractérisées par un pâturage fréquent et une forte proximité des pâtures avec des zones boisées, favorables à la présence de tiques, exposent couramment les petits ruminants aux piqûres de tiques. La très grande majorité des éleveurs transforment directement leur lait en fromage au lait cru à la ferme, et vendent une grande quantité de fromages frais, les plus à risque de contenir du TBEV infectieux. Les produits sont vendus localement, ce sont donc principalement les consommateurs locaux (du département ou de la région) qui risquent de se contaminer par TBEV.

Le plan de surveillance des oléoprotéagineux (PSO), instauré en 2005 et coordonné par Terres Inovia, l’ITERG et Terres Univia, vise à garantir la sécurité sanitaire des oléoprotéagineux en permettant le partage d'informations au sein de la filière. Il repose sur une adhésion gratuite et volontaire des entreprises du secteur qui choisissent de mutualiser leurs données d’autocontrôles. Dans le cadre des travaux d’optimisation de la surveillance du cadmium en France, mené par le groupe « Cadmium » de la Plateforme de Surveillance de la Chaîne Alimentaire (SCA), le PSO s’est porté volontaire en 2022 pour mener une évaluation approfondie de son fonctionnement à l’aide de l’outil OASIS. Les résultats soulignent avant tout l’intérêt des partenaires pour le PSO qui répond pleinement à leurs attentes grâce à une diffusion régulière de l’information. Il permet d’obtenir un bilan élargi de la qualité sanitaire des oléoprotéagineux, facilite les échanges entre l’amont et l’aval et contribue à l’harmonisation des pratiques de surveillance. Des améliorations sont suggérées, notamment pour encourager la participation des entreprises de secteurs encore peu couverts et rendre le dispositif plus visible auprès des acteurs de la filière. Les recommandations formulées pourront être utiles à d’autres dispositifs de surveillance et ouvrir la voie à de futures évaluations OASIS portant sur la surveillance des contaminants chimiques dans l’alimentation.

La surveillance évènementielle (i.e. la déclaration spontanée aux autorités vétérinaires des suspicions de maladies réglementées) est considérée comme la méthode la plus efficace de détection précoce des foyers de maladie. Néanmoins, des études ont montré que la surveillance évènementielle avait une sensibilité limitée du fait d’une sous-déclaration des cas, avec une variabilité entre des départements aux profils d'élevage bovin similaires. Nous avons donc posé l’hypothèse que l’organisation des acteurs de la surveillance dans les départements affectait leur contribution à la surveillance évènementielle. Nous avons mené une série d’entretiens semi-directifs avec des acteurs de la surveillance en santé animale dans deux départements. Notre analyse a débouché sur deux modèles socio-économiques : pro-curatif et pro-préventif. Ces modèles ont montré un lien entre le niveau de concurrence subi par les vétérinaires sur la vente de médicaments vétérinaires et la contribution globale des acteurs à la surveillance sanitaire. Nos résultats suggèrent que le modèle pro-préventif contribue davantage à la surveillance que le modèle pro-curatif, car l'information qui y est produite circule plus précocement et largement entre les différents acteurs.

La France est officiellement indemne de tuberculose due à Mycobacterium bovis. Cependant quelques foyers bovins ainsi que des animaux sauvages infectés sont régulièrement détectés sur le territoire métropolitain. L’appréciation de la situation sanitaire nationale vis-à-vis de la tuberculose bovine repose sur deux dispositifs dédiés, l’un à la surveillance des bovins et l’autre à la surveillance des principales espèces sauvages sensibles (Sylvatub).

En 2020, à partir de l’ensemble des modalités de surveillance, 104 foyers bovins ont été confirmés infectés ainsi que 99 blaireaux dans des zones géographiquement proches de celles des foyers bovins. Le taux d’incidence apparent national dans les troupeaux bovins était de 0,065 %, il était de 0,06 % en 2019.

Comme les années précédentes, la distribution géographique des cas et foyers était hétérogène. Le renforcement de la surveillance dans les zones d’enzootie connues a été poursuivi. Ainsi, si cette infection reste rare, l’analyse conjointe des résultats des deux dispositifs (Sylvatub et surveillance des bovins) souligne l’importance de maintenir les efforts sur l’ensemble du territoire métropolitain pour atteindre les objectifs de surveillance.

La rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR) est une maladie provoquée par l’Herpesvirus bovin de type 1 (BoHV1) qui possède un tropisme respiratoire et génital. Dans l’élevage bovin français, l’infection reste le plus souvent asymptomatique. Toutefois la maladie présente un enjeu commercial important tant à l’échelle nationale qu’internationale, ce qui a incité les professionnels à s’engager dans une démarche d’éradication de la maladie à horizon 2027.

En France continentale, le renforcement des mesures initié en 2016 montre encore ses effets avec une baisse de la prévalence de 2,5 à 1,59 % et une baisse de l’incidence de 0,35 à 0,23 % à l’échelle des troupeaux durant la période 2020 à 2022. La proportion de troupeaux sous appellation « indemne » s’établit à 93,7 % au 30 juin 2022.

Le programme d’éradication a fait l’objet d’une reconnaissance européenne en novembre 2020 qui se traduit par le déploiement des dispositions prescrites par la Loi de Santé Animale. Si les mesures mises en œuvre maintiennent la dynamique d’amélioration de la situation épidémiologique, cette dynamique devra être accrue pour assurer l’atteinte de la cible d’ici 5 ans - soit moins de 300 troupeaux non indemnes à l’échelle nationale.

Durant les dernières décennies, la généralisation de l’élevage mono-spécifique intensif dans la filière piscicole et l’intensification des échanges de poissons et semences ont complexifié la gestion sanitaire des élevages dans les bassins de production. Les agents pathogènes tels que les rhabdovirus responsables de la septicémie hémorragique virale (SHV) et de la nécrose hématopoïétique infectieuse (NHI) sont désormais répertoriés par la nouvelle Loi de Santé Animale (LSA) en catégorie CDE (maladie soumise à programme d’éradication optionnel par les États Membres). Cette évolution réglementaire ne remet pas en question les statuts sanitaires reconnus précédemment et la surveillance qui permet le maintien des statuts. Le lancement en 2017 d’un Plan National d’Eradication et de Surveillance (PNES) soutenu financièrement par l’Union Européenne, plan dont l’objectif est d’obtenir à moyen terme le statut indemne pour la SHV et la NHI pour l’ensemble du territoire français, a permis de renforcer cette surveillance. Sur l’année 2021, les résultats des contrôles sanitaires confirment le maintien d'une situation sanitaire stable sur le territoire vis-à-vis de ces deux maladies mais également de l’herpèsvirose de la carpe (HVC), détectée régulièrement depuis plus d'une décennie en France et rétrogradée en catégorie E (maladie soumise à surveillance) dans la nouvelle LSA. Les LNRs des Etats-Membres de l’Union Européenne assurent, en parallèle, une surveillance active des maladies non réglementées et émergentes circulant sur le territoire européen.

Depuis que la France métropolitaine a été officiellement déclarée indemne de rage en 2001, les cas identifiés ont été principalement limités aux chauves-souris autochtones et aux carnivores domestiques illégalement importés sur le territoire et en phase d’incubation de la maladie. Comme les années précédentes, le réseau d’épidémiosurveillance de la rage s’est principalement tourné vers la surveillance de la rage des carnivores domestiques et des chiroptères tant au niveau de la métropole que de l’Outre-Mer. Au cours de la période 2017-2020, 35 cas de rage ont été identifiés : 32 sur des sérotines communes et un cas sur un minioptère de Schreibers (portant à 111 le nombre de cas de rage identifiés chez des chiroptères depuis 1989), ainsi que deux cas de rage sur des animaux de compagnie (chien et chat). La détection annuelle sur le territoire métropolitain de chauves-souris infectées, l’identification récurrente de cas de rage animale d’importation et la découverte de nouvelles espèces de lyssavirus plaident pour le renforcement de la sensibilisation des différents acteurs à la surveillance épidémiologique dans toutes les régions françaises ainsi que de la sensibilisation du grand public au risque que représente encore la rage. Hors métropole, la surveillance s’est poursuivie, mais aucun cas n’a été rapporté.