ANSES - Le Magazine

La direction générale de l’alimentation (DGAL) du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation pilote un système de surveillance de la contamination des productions alimentaires. Son objectif principal est de vérifier la conformité sanitaire des productions et de suivre les niveaux de contamination dans les denrées alimentaires et les aliments pour animaux.

Le taux de réalisation des prélèvements prévisionnels s’échelonne entre 80 et 100 % et est fréquemment supérieur à 95 %. De 2017 à 2019, environ 60 000 à 70 000 prélèvements annuels ont été effectués dans toutes les filières, aux différentes étapes de la chaîne alimentaire et plus d’un million de résultats d’analyses ont été produits.

Les résultats de ces trois années de campagne marquent une relative stabilité de la situation sanitaire française. Les taux de contamination (généralement < 1 %) et les taux de non-conformités observés vis-à-vis des seuils réglementaires s’inscrivent dans la continuité des années précédentes. Cependant, certains couples contaminant/matrice prélevés présentaient des taux de non-conformités plus élevés, tels que certains contaminants biologiques dans les produits de la pêche, les coquillages et les viandes de volaille, des métaux lourds dans les viandes de gibiers sauvages, abats d’équins, produits de la pêche et des produits phytopharmaceutiques dans les végétaux.

En partenariat avec l’Anses, la DGAL déploie depuis 2018 une application informatique, dénommée Qualiplan, pour améliorer la qualité des données collectées dans le cadre de ces plans. La pleine utilisation de cet outil est attendue à compter de 2020 pour les plans qui y sont intégrés. 

En juillet 2019, un foyer de pullorose a été signalé dans un élevage de cailles dans l'ouest de la France. Un premier épisode avait été détecté sur ce même site quelques mois plus tôt. Compte tenu de son caractère exceptionnel et de l'importance des conséquences économiques potentielles de la pullorose, des investigations épidémiologiques et microbiologiques ont été menées en collaboration étroite avec le vétérinaire sanitaire, les services de l’Etat et l’éleveur. Salmonella Gallinarum et Salmonella Infantis ont été isolées à partir d'échantillons prélevés sur des oiseaux du site infecté. S. Infantis a aussi été isolée dans les prélèvements d’environnement avant et après les opérations de nettoyage et désinfection, ainsi que sur des ténébrions isolés dans le bâtiment à l’issue des opérations de décontamination. Une résurgence du premier épisode par transmission horizontale de S. Gallinarum est l’hypothèse la plus probable, confortée par la comparaison des souches isolées au cours des deux épisodes. La politique d'éradication drastique mise en place dans les années 1970 a permis d'éliminer cette maladie, cependant elle peut encore réapparaître de manière très sporadique dans les élevages de volailles. La vigilance de tous les acteurs des filières avicoles reste de mise et une sensibilisation à sa détection apparait nécessaire.

La surveillance de la résistance des Escherichia coli (E. coli) aux céphalosporines de troisième génération (C3G) ou aux carbapénèmes dans les viandes fraîches à la distribution en France montre qu’entre 2016 et 2019, aucune souche isolée des 1 935 prélèvements de viandes de poulet, viandes de porc ou viandes de bœuf, n’est résistante aux carbapénèmes, antibiotiques d’importance critique en santé humaine. Les proportions de prélèvements contenant un E. coli producteur de b-Lactamases à Spectre Etendu ou céphalosporinase (BLSE/AmpC) sont faibles dans les viandes de porc [0,3-1,2 %] et de bœuf [0,3-0,6 %] et évoluent très peu entre 2017 et 2019. A l’inverse, 62 % des échantillons de viandes de poulet en 2016 contenaient au moins un E. coli producteur de BLSE/AmpC, mais cette proportion diminue significativement pour atteindre 26 % en 2018 (Chi², p<0,05). L’analyse des gènes impliqués dans ces mécanismes de résistance, la caractérisation de leur support génétique ainsi que l’identification des gènes de virulence associés à ces souches peuvent participer à étudier la part des contaminations humaines par des E. coli résistants aux C3G attribuable aux viandes distribuées en France.

La France a perdu le statut indemne vis-à-vis de l’influenza aviaire hautement et faiblement pathogène (IA HP et FP) au sens du code sanitaire de l’OIE en novembre 2015 suite à une épizootie d’IA HP et FP H5 qui a affecté 93 élevages de volailles jusqu’en avril 2016. Cette première épizootie a entraîné un plan d’assainissement par vide sanitaire de la filière palmipède gras du Sud-Ouest, accompagné d’un renforcement de la surveillance programmée pour contrôler l’efficacité des mesures de lutte. Une seconde épizootie, due à un virus IAHP H5N8 introduit en Europe par des oiseaux sauvages migrateurs, est survenue dans le sud-ouest de la France à partir de novembre 2016. Contrairement à la première épizootie, cette seconde crise a aussi affecté la faune sauvage, comme l’a montré la surveillance événementielle renforcée. Ces deux épisodes épizootiques successifs ont confirmé l’importance de la surveillance événementielle pour la détection précoce des foyers sauvages et domestiques et le rôle clé de la surveillance programmée en élevage dans le contrôle des mesures de lutte mises en place. Les résultats 2016 de la surveillance événementielle de la maladie de Newcastle/ paramyxovirose du pigeon montrent que les virus APMV1 virulents continuent de circuler sur un mode enzootique dans la faune sauvage et chez les Colombiformes domestiques, rappelant l’importance de la vaccination chez ces oiseaux comme outil de maîtrise de la maladie.

L’État met en œuvre ou subventionne deux catégories de dispositifs de surveillance chez l’Abeille domestique Apis mellifera :

La persistance et circulation au sein de certains élevages bovins français de Mycobacterium bovis, agent de la tuberculose bovine, questionne l’efficacité du système de surveillance de cette maladie. Dans ce contexte, dans un premier temps, nous avions pour objectif de collecter des données qualitatives sur la réalisation par les vétérinaires de l’acte de dépistage par intradermotuberculination et sur leur perception de la lutte contre cette maladie afin de réaliser, dans un second temps, une estimation quantitative de ces pratiques et perceptions. Les résultats ont montré l’existence de non-conformités dans la réalisation de l’acte, notamment dans le choix du site d’injection, la vérification de la qualité de l’injection et la lecture des résultats. Des pratiques de sous-déclaration des résultats ont également été identifiées comme fréquentes. Les données relatives à la perception témoignaient d’une réelle conscience de la nécessité de la lutte et d’une certaine abnégation des vétérinaires, compte tenu des contraintes de terrain (techniques et pratiques) qui apparaissaient être un réel frein à la bonne réalisation du dépistage. Une perception positive de l’acte et de la lutte semblait associée à de meilleures pratiques, renforçant l’idée qu’une sensibilisation continue des vétérinaires est nécessaire, du besoin de limiter la pénibilité (meilleure contention) et de renforcer l’attractivité (rémunération, relationnel avec les autorités sanitaires, …) de la réalisation de ces dépistages.

L’élevage de poulets de chair en plein-air connaît un développement constant en France mais l’accès des volailles à l’extérieur peut entraîner un risque accru d’exposition des animaux aux virus de l’influenza aviaire (IA) pouvant circuler dans l’avifaune sauvage. Une enquête sérologique a été menée volontairement par le Synalaf, syndicat représentant les productions avicoles plein air Label Rouge et biologiques en France, entre mars et juillet 2018. L’objectif était de détecter une éventuelle circulation de l’IA chez ces volailles à la suite de l’épizootie d’IA hautement pathogène survenue à l’hiver 2016-2017 en France. Cent-dix lots de poulets de chair plein-air ont été prélevés dans onze abattoirs de dix départements. Cinq sérums par lot ont été analysés par ELISA NP ciblant tout sous-type de virus Influenza A. Aucun sérum et aucun lot de poulets n’ont été détectés positifs. La séroprévalence des lots de poulets plein-air vis-à-vis de l’IA était donc de 0 % (intervalle de confiance à 95 % [0,0-3,4]). Ce résultat, comparable à ceux précédemment obtenus dans les enquêtes sérologiques nationales entre 2009 et 2015, montre que les mesures de biosécurité appliquées en élevages de poulets de chair plein-air contribuent à limiter le risque d’exposition de ces volailles aux virus.

Entre 2015 et 2017, le système de surveillance de la tuberculose bovine a permis d’identifier 286 foyers en France métropolitaine et de récolter des informations sur la situation sanitaire de l’infection. Ainsi, si l’incidence est stable et concerne 0,05 % des troupeaux bovins, la prévalence continue d’augmenter faiblement pour atteindre 0,1 % en 2017, reflétant une situation nationale préoccupante. Il existe cependant une forte hétérogénéité entre les quatre zones d’enzooties qui concentrent la majorité des foyers : le Sud-Ouest (206), Corse (29), la Côte-d’Or (27) et la Normandie élargie au département de l’Eure-et-Loir (12). Ces quatre zones d’enzootie sont caractérisées par des contextes et des situations épidémiologiques variées. Ainsi, si cette infection reste rare, il convient de renforcer les efforts de surveillance et de lutte pour identifier et assainir les dernières poches d’enzootie, notamment dans le Sud-Ouest de la France.