Une évaluation du réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales (Résapath) a été effectuée par la méthode OASIS. Au cours de cette évaluation, des entretiens semi-directifs ont été réalisés avec toutes les catégories d’acteurs, de collaborateurs et de bénéficiaires de la surveillance effectuée par le Résapath. D’une part, l’évaluation a permis de mettre en évidence de nombreux points forts garants d’un dispositif de surveillance performant. Les principales forces du Résapath consistent en : (i) une organisation institutionnelle centrale efficace, permettant la définition d’un champ, d’objectifs et de procédures de surveillance clairs et bien acceptés, (ii) des compétences fortes en épidémiologie et en microbiologie et (iii) une approche « gagnant-gagnant », à l’origine de la participation volontaire de 71 laboratoires de diagnostic vétérinaire et où l’organisation d’un essai inter-laboratoires d’aptitude annuel gratuit joue un rôle clé. D’autre part, l’évaluation du Résapath a permis l’identification de certaines faiblesses, notamment en matière de gestion des données, et la formulation de recommandations d’amélioration.
Bilan de la surveillance de la maladie virale hémorragique du lapin dans les élevages cunicoles en France depuis la création d’un réseau de surveillance en 2018 – publié le
01/03/2022
La maladie hémorragique virale du lapin (dite VHD pour « Viral Hemorrhagic Disease ») est une hépatite virale hautement contagieuse affectant les lapins domestiques et sauvages (Oryctolagus cuniculus). Classée en danger sanitaire de deuxième catégorie, elle entraîne une mortalité élevée en élevage et des pertes économiques importantes. La filière cunicole s’est dotée en 2018 d’un plan de lutte collective contre la VHD pour faire face à une recrudescence de la maladie en élevage, liée à l’émergence d’un nouveau génotype viral. Dans ce cadre, un système de recensement des foyers de VHD dans les élevages cunicoles a été mis en place en juin 2018, basé sur les déclarations volontaires des groupements de production de lapins, vétérinaires et éleveurs indépendants. Entre le 01/07/2018 et le 31/12/2019, 265 foyers de VHD ont été déclarés en France ; l’incidence annuelle en 2019 s’élève à 21,7 cas pour 100 élevages (Intervalle de Confiance à 95% [18,3-25,1]). La surveillance a permis de mettre en évidence des épisodes récurrents de VHD dans certains élevages, montrant la nécessité de compléter le plan de lutte par une gestion renforcée des récidives.
[MRE) Adaptation des mesures de surveillance face à une situation épidémiologique favorable pour l’hypodermose bovine en France. Le point sur la période du 1er juillet 2016 au 30 juin 2021 – publié le
27/12/2022
Durant les campagnes 2016-2017 à 2020-2021, le dispositif de surveillance aléatoire de l’hypodermose bovine par analyses sérologiques et contrôles visuels a évolué. Historiquement conduit sur un échantillonnage départemental ou régional (1) et cela jusqu’en 2017-2018, ce dispositif s’établit depuis 2018-2019 sur la base d’un échantillonnage national. Du fait de la très bonne situation sanitaire, il est en effet devenu approprié que le statut vis-à-vis du varron soit défini au niveau national (France continentale) et non plus à un niveau local. En échantillonnant la surveillance aléatoire sur une zone de dimension plus grande, la loi hypergéométrique applicable produit par effet de conséquence un nombre moindre de cheptels à prélever. Cela conduit à réduire significativement le nombre de cheptels à contrôler dans le cadre du plan de contrôle aléatoire du programme varron, à niveau de garantie « zone assainie » équivalent. En conséquence de cet objectif, le plan de sondage a lui aussi évolué. Ainsi, bien que l’effectif cheptel contrôlé se soit considérablement réduit (proche de 3,5 % du cheptel bovin français en 2016-2017, celui-ci est désormais proche de 0,7 %), la surveillance permet de répondre à ce nouvel objectif. Sur ces cinq années, aucun foyer n’a été mis en évidence : la situation épidémiologique de la France vis-à-vis de l’hypodermose bovine reste donc très favorable.
[SSA] Bilan des plans de surveillance des E. coli producteurs de Shiga Toxines (STEC) dans les viandes hachées et les fromages au lait cru de 2017 à 2019 – publié le
27/12/2021
Les Escherichia coli producteurs de Shiga Toxines (STEC) sont des bactéries zoonotiques d'origine alimentaire associées à des épidémies de grande envergure qui représentent un problème de santé publique de premier ordre. La viande hachée de bœuf et les fromages au lait cru contaminés par le contenu digestif des animaux porteurs restent les principales sources de contamination de l’Homme. Les plans de surveillance de 2017, 2018 et 2019 visaient à établir les taux de contamination des viandes hachées de bœuf et en 2018 de fromages au lait cru en France par les souches STEC identifiées comme les plus à risque. Ces plans permettent d’apprécier l’exposition du consommateur à ce danger ainsi que l’efficacité des mesures de maîtrise mises en œuvre par les professionnels.
Les résultats obtenus ont confirmé que les taux de contamination des viandes hachées de bœuf et des fromages au lait cru sont faibles et du même ordre de grandeur que ceux obtenus dans les plans précédents. Ces données montrent que le risque d’exposition de l’Homme via la consommation de ces deux types d’aliments en France reste limité. Néanmoins, des souches potentiellement pathogènes ont été isolées dans certains échantillons analysés.
Les résultats obtenus rappellent l'importance des mesures de maîtrise de ce danger mises en place en amont par les professionnels ainsi que la sensibilisation des consommateurs au respect des conditions de cuisson et de consommation mentionnées sur l'étiquetage.
[MRE] Surveillance des dangers sanitaires de première catégorie pour les poissons d’élevage et état des lieux de la détection de virus émergents sur la période 2016- 2020 – publié le
27/12/2021
Durant les dernières décennies, la généralisation de l’élevage mono-spécifique intensif dans la filière piscicole et l’intensification des échanges de poissons et semences ont complexifié la gestion sanitaire des élevages dans les bassins de production en favorisant l’émergence d’agents pathogènes tels que les rhabdovirus responsables de la septicémie hémorragique virale (SHV) et de la nécrose hématopoïétique infectieuse (NHI). Une surveillance appropriée, qui concerne en premier lieu les élevages de salmonidés (qui occupent la première place dans la production piscicole française) mais également la pisciculture d’étang, a été mise en place pour contrôler ces maladies. Elle a été renforcée en 2017 par le lancement d’un Plan National d’Eradication et de Surveillance (PNES) soutenu financièrement par l’Union Européenne, plan dont l’objectif est d’obtenir à moyen terme le statut indemne pour la SHV et de NHI pour l’ensemble du territoire français. Sur la période 2016-2020, les résultats de la surveillance confirment le maintien d'une situation sanitaire stable sur le territoire vis-à-vis de ces deux maladies mais également de l’herpèsvirose de la carpe (HVC), détectée régulièrement depuis plus d'une décennie en France.
[SSA] Le système de surveillance des contaminants dans la chaîne alimentaire piloté par la DGAL: bilan des campagnes 2017 à 2019 des plans de surveillance et de contrôle – publié le
07/12/2021
La direction générale de l’alimentation (DGAL) du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation pilote un système de surveillance de la contamination des productions alimentaires. Son objectif principal est de vérifier la conformité sanitaire des productions et de suivre les niveaux de contamination dans les denrées alimentaires et les aliments pour animaux.
Le taux de réalisation des prélèvements prévisionnels s’échelonne entre 80 et 100 % et est fréquemment supérieur à 95 %. De 2017 à 2019, environ 60 000 à 70 000 prélèvements annuels ont été effectués dans toutes les filières, aux différentes étapes de la chaîne alimentaire et plus d’un million de résultats d’analyses ont été produits.
Les résultats de ces trois années de campagne marquent une relative stabilité de la situation sanitaire française. Les taux de contamination (généralement < 1 %) et les taux de non-conformités observés vis-à-vis des seuils réglementaires s’inscrivent dans la continuité des années précédentes. Cependant, certains couples contaminant/matrice prélevés présentaient des taux de non-conformités plus élevés, tels que certains contaminants biologiques dans les produits de la pêche, les coquillages et les viandes de volaille, des métaux lourds dans les viandes de gibiers sauvages, abats d’équins, produits de la pêche et des produits phytopharmaceutiques dans les végétaux.
En partenariat avec l’Anses, la DGAL déploie depuis 2018 une application informatique, dénommée Qualiplan, pour améliorer la qualité des données collectées dans le cadre de ces plans. La pleine utilisation de cet outil est attendue à compter de 2020 pour les plans qui y sont intégrés.
Evaluation Oasis du dispositif de surveillance des salmonelles en alimentation animale (association OQUALIM) – publié le
27/05/2021
L’évaluation régulière d’un système de surveillance permet de s’assurer qu’il fournit des informations de qualité, utiles pour l’expertise et la prise de décision. Elle permet également au système évalué de se positionner dans une démarche de progrès continue et volontaire. L’évaluation permet de vérifier l’atteinte des objectifs définis en amont, d’identifier les forces et faiblesses du système, de proposer des améliorations et d’en évaluer l’impact.
L’association Oqualim s’est portée volontaire pour que soit évalué son dispositif de surveillance des salmonelles en alimentation animale. Cette évaluation semi-quantitative a été réalisée à l’aide de l’outil Oasis, dans le cadre des travaux du groupe de travail pour l’optimisation nationale des dispositifs d’épidémiosurveillance des Salmonella (Ondes). Ce groupe de travail émane des deux plateformes nationales dédiées à l’épidémiosurveillance en santé animale et à la surveillance de la chaîne alimentaire.
L’évaluation réalisée confirme le bon fonctionnement du dispositif par rapport aux objectifs initialement fixés au niveau du secteur professionnel. Elle en souligne les points forts tels que sa stabilité, sa couverture de surveillance et son taux élevé de réalisation.
Les principaux axes d’amélioration identifiés s’inscrivent dans une stratégie de contribution à l’optimisation du système français de surveillance des salmonelles tout au long de la chaîne alimentaire. La mise en place d’un comité scientifique et technique mobilisant des compétences externes en épidémiologie, d’une procédure de vérification des données, d'un suivi des méthodes mises en œuvre dans les laboratoires contribuerait à ces améliorations.
Un cas de pullorose dans un élevage de cailles de chair en 2019 – publié le
23/03/2021
En juillet 2019, un foyer de pullorose a été signalé dans un élevage de cailles dans l'ouest de la France. Un premier épisode avait été détecté sur ce même site quelques mois plus tôt. Compte tenu de son caractère exceptionnel et de l'importance des conséquences économiques potentielles de la pullorose, des investigations épidémiologiques et microbiologiques ont été menées en collaboration étroite avec le vétérinaire sanitaire, les services de l’Etat et l’éleveur. Salmonella Gallinarum et Salmonella Infantis ont été isolées à partir d'échantillons prélevés sur des oiseaux du site infecté. S. Infantis a aussi été isolée dans les prélèvements d’environnement avant et après les opérations de nettoyage et désinfection, ainsi que sur des ténébrions isolés dans le bâtiment à l’issue des opérations de décontamination. Une résurgence du premier épisode par transmission horizontale de S. Gallinarum est l’hypothèse la plus probable, confortée par la comparaison des souches isolées au cours des deux épisodes. La politique d'éradication drastique mise en place dans les années 1970 a permis d'éliminer cette maladie, cependant elle peut encore réapparaître de manière très sporadique dans les élevages de volailles. La vigilance de tous les acteurs des filières avicoles reste de mise et une sensibilisation à sa détection apparait nécessaire.
[SSA] Prévalence des Escherichia coli résistants aux céphalosporines de troisième génération ou aux carbapénèmes dans les viandes fraiches a la distribution en France – publié le
27/01/2021
La surveillance de la résistance des Escherichia coli (E. coli) aux céphalosporines de troisième génération (C3G) ou aux carbapénèmes dans les viandes fraîches à la distribution en France montre qu’entre 2016 et 2019, aucune souche isolée des 1 935 prélèvements de viandes de poulet, viandes de porc ou viandes de bœuf, n’est résistante aux carbapénèmes, antibiotiques d’importance critique en santé humaine. Les proportions de prélèvements contenant un E. coli producteur de b-Lactamases à Spectre Etendu ou céphalosporinase (BLSE/AmpC) sont faibles dans les viandes de porc [0,3-1,2 %] et de bœuf [0,3-0,6 %] et évoluent très peu entre 2017 et 2019. A l’inverse, 62 % des échantillons de viandes de poulet en 2016 contenaient au moins un E. coli producteur de BLSE/AmpC, mais cette proportion diminue significativement pour atteindre 26 % en 2018 (Chi², p<0,05). L’analyse des gènes impliqués dans ces mécanismes de résistance, la caractérisation de leur support génétique ainsi que l’identification des gènes de virulence associés à ces souches peuvent participer à étudier la part des contaminations humaines par des E. coli résistants aux C3G attribuable aux viandes distribuées en France.
[MRE] Bilan d’exécution du programme de lutte contre salmonella dans les troupeaux des espèces Gallus gallus et Meleagris gallopavo en 2015-2018 – publié le
07/07/2020
L’exécution du programme de lutte contre les salmonelles sur la période 2015-2018 a montré que la France a répondu aux objectifs de prévalence fixés par l’UE dans toutes les filières sur cette période. Le nombre de foyers à salmonelles classées dangers sanitaires de première catégorie est resté relativement stable par rapport aux années précédentes (période 2011-2014) aux étages de sélection et de multiplication, malgré plusieurs cas de contamination d’origine commune (via l’aliment pour volailles notamment). En filière Gallus gallus œufs de consommation, les foyers étaient également stables par rapport aux années précédentes (période 2011-2014) à l’étage de production, et quasi-absents aux étages de sélection et de multiplication. La comparaison du nombre de suspicions et foyers avant et après la publication de l’arrêté du 1er août 2018 a montré une nette diminution du recours à l’échantillonnage de confirmation en filière Gallus gallus œufs de consommation. En filières Meleagris gallopavo et Gallus gallus chair de production, on note une diminution du nombre de foyers à S. Enteritidis sur 2015-2018, en parallèle d’une augmentation du nombre de foyers à S. Typhimurium variant 1,4,[5],12:i:-. Le nombre de foyers à S. Typhimurium en filières Meleagris gallopavo et Gallus gallus chair de production a diminué en France métropolitaine, alors qu’il a augmenté à La Réunion. L’utilisation de techniques moléculaires de caractérisation des souches bactériennes vient en appui aux enquêtes épidémiologiques et contribue à renforcer le dispositif sanitaire national.