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Article La résistance des bactéries isolées d’animaux malades: faits marquants identifiés par le Résapath pour l’année 2017 – publié le 27/06/2019
Auteur : Clémence Bourély, Géraldine Cazeau, Émilie Gay, Marisa Haenni, Nathalie Jarrige, Eric Jouy, Agnese Lupo, Jean-Yves Madec

Le réseau de surveillance de l'antibiorésistance des bactéries pathogènes animales (Résapath) a publié en novembre 2018 son rapport pour l’année 2017. Avec 56 286 antibiogrammes colligés en 2017 et la participation de 71 laboratoires privés et publics en France, le réseau a encore sensiblement étendu son activité. Les niveaux et tendances des résistances des souches Escherichia coli aux antibiotiques d’importance critique témoignent d’une évolution favorable des résistances ces dernières années. Depuis dix ans, la tendance globale de la résistance est à la baisse pour presque tous les antibiotiques et pour presque toutes les espèces animales étudiées. S’agissant de la résistance à la colistine, les données montrent une situation maîtrisée sur dix ans avec une augmentation significative de la proportion de souches sensibles. En 2017, comme pour les années précédentes, la multirésistance des souches de E. coli reste plus élevée en filière bovine que dans les autres espèces animales considérées. Enfin, concernant les autres espèces bactériennes surveillées par le réseau, la proportion élevée de souches de Staphylococcus pseudintermedius résistantes à la méticilline chez les chiens (20%) constitue la principale problématique.

Article Les outils connectés en apiculture: évaluation de leurs applications auprès des apiculteurs français – publié le 28/12/2018
Auteur : Mélodie Lettmann, Marie-Pierre Chauzat

L’effondrement des colonies d’abeilles et plus généralement des populations de pollinisateurs dans le monde, est un phénomène observé depuis de nombreuses années. De nos jours les causes de ce déclin sont connues, mais il est difficile de comprendre leurs dynamiques et par conséquent de prédire leurs impacts. Les apiculteurs et les chercheurs peinent à mettre en place des techniques préventives efficaces pour protéger les colonies et limiter les pertes hivernales. Les nouveaux outils technologiques apicoles pourraient être une aide précieuse pour permettre une surveillance continue et précise des colonies, et ainsi appréhender au mieux leurs besoins. Une meilleure gestion des ruchers grâce à ces nouvelles technologies serait une solution pertinente pour prévenir les mortalités et améliorer le rendement des ruchers. Ces outils semblent également faciliter la détection et prévenir l’apparition des parasites et maladies. Afin de démontrer leur intérêt sur le terrain nous avons interrogé les apiculteurs français qui nous ont transmis leurs expériences et avis sur les balances connectées, les capteurs de température et d’hygrométrie et les systèmes antivol, entre autre.

Article Biosécurite en élevage bovin vis-à-vis de la tuberculose en France: revue des facteurs de risque de contamination des élevages et des mesures de prévention disponibles – publié le 13/08/2018
Auteur : Louise Véron, Lisa Cavalerie, Fabrice Chevalier, Pierre Jabert, Isabelle Tourette, Benoît Durand, Anne Bronner

L'augmentation du nombre de foyers de tuberculose bovine depuis 2005 menace le statut officiellement indemne de la France. Si des efforts ont été faits sur la surveillance et la lutte, ils doivent être complétés par la mise en œuvre de mesures visant à prévenir la contamination des élevages indemnes et la dissémination à l'intérieur de et à partir des élevages infectés. Des études scientifiques françaises et internationales ont permis d'identifier plusieurs facteurs de risque de contamination des élevages comme les contacts directs et indirects entre troupeaux et avec la faune sauvage, ainsi que les mouvements d'animaux. Face à ces facteurs, certains pays, dont l'Angleterre et l'Irlande, promeuvent la mise en place de mesures de biosécurité, et en ont évalué l’efficacité. La plupart des évaluations réalisées concernent des mesures visant la faune sauvage, bien que de nombreuses mesures et bonnes pratiques ciblent également d'autres facteurs de risque. Les connaissances fournies par ces études, pourraient permettre d'appuyer les recommandations faites aux éleveurs bovins en France.

Article Installation de la tique Hyalomma marginatum, vectrice du virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo, en France continentale – publié le 29/06/2018
Auteur : Frédéric Stachurski, Laurence Vial

La tique Hyalomma marginatum, l’un des principaux vecteurs du virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo, est présente en Corse depuis plusieurs décennies. En France continentale, son installation est apparemment bien plus récente : les premières observations convaincantes de sa présence pérenne datent de 2015, les mentions antérieures ne signalant que des spécimens isolés possiblement introduits par des oiseaux migrateurs. Une enquête a été réalisée au printemps 2017, afin de déterminer plus précisément la distribution actuelle de l’espèce. Une étude préalablement conduite en Corse ayant montré que les tiques adultes se fixaient préférentiellement sur le Cheval, plus de 80 structures équestres, dont les équidés évoluent au moins en partie sur des parcelles naturelles boisées ou arbustives, ont été visitées. Hyalomma marginatum a été retrouvée des Pyrénées-Orientales au Var, principalement dans des sites à la végétation et au climat méditerranéens. Certaines observations laissent supposer qu’elle n’occupe pas encore la totalité de sa niche écologique. Des études en cours pour déterminer les conditions climatiques limites de survie de l’espèce permettront de déterminer sa zone d’extension potentielle.

Article Results of histamine monitoring in refrigerated fish with high histidine concentrations in France (2010-2012 and 2015) – publié le 12/03/2018
Auteur : Laurent Guillier, Isabelle Berta-Vanrullen, Laurence Rudloff, Diane Cuzzucoli, Mathilde Saussac, Guillaume Duflos
Fresh fish with high concentrations of histidine are the main contributors to histamine risk. From 2010 to 2012, a monitoring plan for fresh fish with high concentrations of histidine was carried out. Sampling was established according to consumption data. It took into account both seasonal and regional distribution, in order to be representative of consumer exposure. Mean histamine concentrations showed little differences between sampled fresh fish. Probabilities of exceeding the regulatory limits or concentrations that have a known impact on consumer health appeared to be better indicators of food safety and
quality. The species that most contributed to consumer exposure, with high concentrations of histamine, was chilled tuna. In addition, the 2015 results, obtained from a smaller sample, show there is greater uncertainty regarding the indicators, and possible changes in consumer exposure can thus no longer be estimated.
Article The Salmonella network: a surveillance scheme for Salmonella in the food chain: 2015 results – publié le 12/03/2018
Auteur : Vincent Leclerc, Frédérique Moury, Véronique Noel, Isabelle Berta-Vanrullen, Sabrina Cadel-Six, Renaud Lailler
serotyping results for Salmonella isolated on a voluntary basis in the food chain, in all industries and sectors. This outbreak surveillance supplements the official inspections undertaken every year. This massive volume of data collected by ANSES confirms the trends and emerging strains reported at European level. All origins combined, S. Typhimurium and its monophasic variants as well as S. Enteritidis are the main isolated strains. For many years, Salmonella has been a major microbiological contaminant responsible for foodborne epidemics in France and Europe. Optimising the
assessment and management of the risk of salmonellosis in humans and animals requires the collection of high-quality data, over a suitable time period. In 2015, after a process was undertaken to evaluate its operations, this network launched a major campaign to modernise its analytical tools and tools for the management, interpretation, sharing and communication of information to better meet the needs expressed by the stakeholders and users of this surveillance system. In addition to being tested for their  serovar, the Salmonella isolated through this network can be characterised for their potential epidemiological link. New typing methods based on genome sequencing offer highly  promising prospects in this area.
Article Surveillance of Salmonella contamination of pig carcasses through own-check undertaken at the slaughterhouse – publié le 12/03/2018
Auteur : Sabine Itié-Hafez, Alain Le Roux, Françoise Chartier, Daniel Fort, Corinne Danan
Salmonellosis is the major cause of foodborne outbreaks caused by bacteria in Europe. In 2014, the European Commission reinforced the supervision of this contamination in the pig sector. In this context, the General Directorate for Food implemented a new system to centralise regulatory own-check for Salmonella in pig carcasses. The results provide an estimate of the level of contamination of carcasses, at national level and for each slaughterhouse. Variability in levels of contamination can be associated with risk factors, which could be the subject of dedicated studies. These results are intended to be transmitted each year to the European Food Safety Authority for comparison among Member States. They could also be used at national level to raise the awareness of stakeholders.
Article The French system for surveillance of contamination by plant protection products in foodstuffs of animal origin – publié le 12/03/2018
Auteur : Chanthadary Inthavong, Anne-Claire Martel, Isabelle Fournet
Every year, programmes for the surveillance and control of contamination in foodstuffs of animal origin are organised by the Directorate General for Food (DGAL). These programmes constitute an important tool in the food safety system. In animal production, eleven surveillance programmes are carried out for the detection of pesticide residues. Samples are collected in the preliminary stage in farms. Multi-residue methods are used to test for pesticide residues in foodstuffs. Programmes organised in 2014 and  2015 generated nearly 161,000 analysis results. Detected contamination levels were very low (no non-compliant samples in 2014, two in 2015) in accordance with the results obtained by other Member States. The only two non-compliant samples detected concerned lindane. This contamination was probably due to the persistence of this substance in the environment.
Article Surveillance of veterinary drug residues in poultry meat and eggs – publié le 12/03/2018
Auteur : Brigitte Roudaut, Isabelle Fournet
Some chemicals introduced intentionally (veterinary drugs, additives) or illegally (banned substances) in the diet (drinking water, feed) of poultry are likely to be transferred to the muscles and also to the eggs in laying females (hens, quails, etc.). In the EU, while some antibiotics are registered as veterinary drugs (Regulations (EC) No 470/2009 and (EU) No 37/2010), most coccidiostats are registered as additives in accordance with Regulation (EC) No 1831/2003 on additives for animal feed. This paper aims to present the results of French control plans for antibiotics, anthelmintics, coccidiostats and non-steroidal anti-inflammatory drugs (NSAIDs) in poultry meat (broilers, turkeys, other poultry) and eggs (hens, quails) for 2015. The results show that most poultry and eggs are marketed free of veterinary drug residues. The implementation of the Hygiene Package should further reduce the non-compliance rate for some of these substances and guarantee products against these risks.
Article Epidemiological monitoring of bovine cysticercosis in France: situation in 2015 – publié le 12/03/2018
Auteur : Céline Dupuy, Monique Fresnel, Pierre Guillet, Mylène Auge, Luc Serra, Claire Morlot, Emilie Gay
The French national meat inspection database (SI2A) was launched in all French cattle slaughterhouses on 1 January 2015. It has enabled the surveillance of annual bovine cysticercosis prevalence and incidence rates. In 2015, raw apparent prevalence was 0.123% [0.122-0.123] (95 CI) for both viable and degenerated cysts and 0.0096% [0.0095- 0.0098] for viable cysts. True prevalence was estimated 
at 1.07% [0.72-1.67] and 0.08% [0.06-0.13] for both viable and degenerated cysts and for viable cysts respectively. The comparison of raw apparent prevalence in 2010 and adjusted prevalence for age-sex in 2015 showed a slight but statistically significant decrease during this period. This decrease could be attributed either to an improvement in the bovine cysticercosis situation or to lower meat inspection  detection sensitivity in 2015 due to a difference in data collection methodologies. The implementation, in addition to the current surveillance system, of a method for identifying farms/areas at higher risk for infestation in France could enable the development of more appropriate prevention and control measures.

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