La résistance aux antibiotiques chez les bactéries initialement sensibles est liéeàla présence de mutations chromosomiques ou à l’acquisition de gènes de résistance, souvent portés par des éléments génétiques mobiles, qui permettent à la bactérie de survivre voire de se multiplier malgré la présence d’un antimicrobien particulier. Ces modifications du patrimoine génétique s’accompagnent souvent d’un coût biologique pour la bactérie, qui peut se traduire par une moindre croissance in vitro ou des capacités de colonisation, de transmission ou un pouvoir pathogène réduit.