La direction générale de l’Alimentation (DGAL) du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation pilote un système de surveillance de la contamination des productions alimentaires. Le système fait intervenir et interagir de nombreux acteurs. Son objectif principal est de vérifier la conformité sanitaire des productions et de suivre les niveaux de contamination susceptible de se retrouver dans les denrées alimentaires.

Le réseau de surveillance de l'antibiorésistance des bactéries pathogènes animales (Résapath) a publié en novembre 2018 son rapport pour l’année 2017. Avec 56 286 antibiogrammes colligés en 2017 et la participation de 71 laboratoires privés et publics en France, le réseau a encore sensiblement étendu son activité. Les niveaux et tendances des résistances des souches Escherichia coli aux antibiotiques d’importance critique témoignent d’une évolution favorable des résistances ces dernières années.

La surveillance sanitaire de la chaîne alimentaire est nécessaire pour fournir des informations et des analyses fiables sur la situation et l'évolution d'une contamination, chimique, physique ou biologique, à un ou plusieurs stades de la chaîne alimentaire.

Le dispositif de surveillance de la tuberculose bovine dans la faune sauvage en France, appelé Sylvatub, permet depuis 2011 de suivre l’évolution de l’infection au sein de la faune sauvage. Entre 2015 et 2017, près de 15 000 animaux sauvages sensibles (blaireaux, sangliers et cervidés) ont été collectés dans ce cadre ; 400 animaux ont été confirmés infectés. Cette surveillance est complémentaire à la surveillance de la tuberculose bovine dans les élevages, puisque la majorité des animaux sauvages infectés a été identifiée en relation avec la présence de l’infection chez les bovins.

Entre 2015 et 2017, le système de surveillance de la tuberculose bovine a permis d’identifier 286 foyers en France métropolitaine et de récolter des informations sur la situation sanitaire de l’infection. Ainsi, si l’incidence est stable et concerne 0,05 % des troupeaux bovins, la prévalence continue d’augmenter faiblement pour atteindre 0,1 % en 2017, reflétant une situation nationale préoccupante.

Le génotypage de souches de Mycobacterium bovis fournit des informations qui permettent de suivre la transmission de la tuberculose bovine dans l’espace et dans le temps. Les génotypes de M. bovis de foyers bovins en France entre 2015 et 2017 ont été identifiés par spoligotypage et typage VNTR (Variable Number Tandem Repeat). Parmi les 273 souches étudiées, 21 génotypes ont pu être différenciés, dont deux représentaient plus de la moitié des souches. En règle générale, la régionalisation des génotypes demeure une caractéristique clef.

Les nématodes de la famille des Anisakidae sont présents au stade larvaire chez de nombreuses espèces de poissons et céphalopodes fréquemment consommées en France. Ces parasites peuvent induire des pathologies digestives et/ou allergiques chez l’Homme suite à la consommation de produits de la pêche infestés. L’objectif du plan de surveillance 2017 était d’estimer les niveaux d’infestation par ces parasites, des poissons mis sur le marché, quelle que soit leur présentation au consommateur final, et par conséquent, de contribuer à l’évaluation de l’exposition du consommateur. Les niveaux d’infestation observés selon des méthodes de détection non destructives (utilisées par les professionnels) et par une méthode de détection destructive et exhaustive ont été comparés. Sept espèces de poissons d’importance commerciale ont été sélectionnées et 205 échantillons ont été analysés. Les prévalences d’infestation observées par la méthode exhaustive variaient entre 29,7 % (lieu noir) et 88,9 % (merlan) et étaient significativement différentes entre les espèces de poisson. Le lieu noir présentait les nombres de parasites moyen et maximal les plus faibles (4 et 16) et le merlu les plus importants (132,1 et plus de 906). Les flancs des poissons étaient significativement plus infestés que les filets. Les parasites qui ont été identifiés appartenaient majoritairement à l’espèce Anisakis simplex.