En France, les laboratoires pharmaceutiques communiquent chaque année, les chiffres de ventes des médicaments vétérinaires contenant des antibiotiques à l’Anses-ANMV. Les données de ventes sont ensuite exprimées en quantité de matière active vendue et en poids viftraité,plus représentatif de l’exposition des animaux aux antibiotiques. Le tonnage d’antibiotiques vendus diminue (- 23 % entre 1999 et 2010), mais cette diminution ne correspond pasàune diminution de l’exposition des animaux aux antibiotiques.

Les salmonelles, bactéries ubiquitaires, représentent la deuxième cause la plus fréquente de toxi-infections alimentaires bactériennes en France et en Europe. Dans ce contexte, l’Anses exerce une activité de surveillance de la chaîne alimentaire via le réseau Salmonella qui centralise, depuis plus de vingt ans, des résultats de sérotypage de salmonelles d’origine non humaine. Un outil statistique d’analyse de séries temporelles a été développé pour analyser ces données de surveillance.

En juillet 2019, un foyer de pullorose a été signalé dans un élevage de cailles dans l'ouest de la France. Un premier épisode avait été détecté sur ce même site quelques mois plus tôt. Compte tenu de son caractère exceptionnel et de l'importance des conséquences économiques potentielles de la pullorose, des investigations épidémiologiques et microbiologiques ont été menées en collaboration étroite avec le vétérinaire sanitaire, les services de l’Etat et l’éleveur.

La diarrhée épidémique porcine (DEP) apparue en Europe à la fin des années 1970 est due à un alpha-coronavirus appelé virus de la diarrhée épidémique porcine (vDEP). Une ré-émergence du virus conduisant à des épizooties sévères a été rapportée en Asie à partir de 2010, puis en Amérique à partir de 2013. Deux génotypes de souches de vDEP, se différenciant par des insertions/délétions dans le gène S, ont été isolés et circulent toujours actuellement dans ces régions.

Les migrations sont un évènement clé du cycle annuel de nombreuses espèces d’oiseaux. Elles peuvent se heurter aux activités humaines (pollutions lumineuses, altérations des aires d’accueil des oiseaux). Certains oiseaux migrateurs sont les hôtes potentiels d’un certain nombre d’agents pathogènes pouvant potentiellement affecter la santé animale et humaine, et avoir des conséquences économiques majeures. Les anatidés (canards, oies et cygnes) sont connus pour véhiculer en particulier l’influenza aviaire, qui peut menacer les élevages avicoles.