Après deux années consécutives (2018 et 2019) durant lesquelles la France est demeurée indemne d’Influenza Aviaire Hautement Pathogène (IAHP) dans les élevages de volailles domestiques, le pays a subi des épizooties majeures au cours des deux saisons suivantes. Celle de 2021-2022 a été particulièrement intense, entraînant près de 1 400 foyers en élevages contre 500 lors de l’épizootie précédente. D’une ampleur jusque-là inédite, cette épizootie a présenté la particularité de toucher l’ensemble des bassins majeurs de production avicoles.

Trichinella spp. est un parasite zoonotique soumis à une règlementation Européenne imposant un contrôle des animaux sensibles destinés à la consommation humaine. En France, cette surveillance concerne les porcs, les chevaux et les sangliers.

Dans le cadre de mortalité massive aigue d’abeilles, la démarche d’investigation s’appuie sur des examens cliniques et une enquête environnementale. La date de la mort peut apporter une information pertinente à ces volets de l’investigation mais n’est pas toujours facile à estimer. Dans la perspective de développement d’un outil permettant d’estimer la date de la mort des abeilles, nous avons conduit une étude pilote pour modéliser l’évolution de la masse de lots d’abeilles après leur mort et déterminé certains facteurs qui influencent cette évolution.

La surveillance évènementielle (i.e. la déclaration spontanée aux autorités vétérinaires des suspicions de maladies réglementées) est considérée comme la méthode la plus efficace de détection précoce des foyers de maladie. Néanmoins, des études ont montré que la surveillance évènementielle avait une sensibilité limitée du fait d’une sous-déclaration des cas, avec une variabilité entre des départements aux profils d'élevage bovin similaires.

La rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR) est une maladie provoquée par l’Herpesvirus bovin de type 1 (BoHV1) qui possède un tropisme respiratoire et génital. Dans l’élevage français, l’infection reste le plus souvent asymptomatique. Toutefois la maladie présente un enjeu commercial important tant à l’échelle nationale qu’internationale, ce qui a incité les professionnels à s’engager dans une démarche d’éradication de la maladie d’ici 2027.

Le virus de la maladie hémorragique épizootique (MHE) transmis par les culicoïdes représente une menace significative pour le cheptel bovin européen. Initialement identifié aux États-Unis en 1955, il s’est propagé à travers le monde, touchant plusieurs continents, y compris l’Europe pour la première fois en 2022. En 2021, une souche de sérotype 8 (EHDV-8) non décrite auparavant a été détectée en Tunisie, puis signalée en Sardaigne, en Sicile et en Andalousie majoritairement chez les bovins.

Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie pathogène responsable de la listériose, dont la voie de contamination est principalement alimentaire. La caractérisation des souches isolées de la chaîne agro-alimentaire contribue à mieux connaitre leur écologie et à évaluer les risques sanitaires liés aux aliments. Dans cette perspective, le Laboratoire National de Référence pour Listeria monocytogenes (LNR) s’est engagé depuis 2019 dans la caractérisation génomique systématique des souches isolées des contrôles officiels.

L’exécution du programme de lutte contre les salmonelles en 2022 a montré une légère amélioration par rapport à 2021 de la situation épidémiologique des filières avicoles françaises vis-à-vis des salmonelles du groupe 1 (anciennement dénommées danger sanitaire 1), dans un contexte général de baisse de production. Les prévalences d’infection à une salmonelle du groupe 1 sont demeurées inférieures aux objectifs communautaires à tous les étages des filières dindes de chair et poulets de chair.

Les Escherichia coli producteurs de Shiga Toxines (STEC) sont des bactéries zoonotiques d'origine alimentaire associées à des cas d’infections sporadiques mais également des épidémies de grande envergure qui représentent un problème de santé publique de premier ordre. La consommation de viandes hachées de bœuf insuffisamment cuites et de fromages au lait cru contaminés par ces bactéries d’origine digestive d’animaux porteurs sains représente la principale voie de contamination par voie alimentaire de l’Homme en France.

Le botulisme est une maladie neuroparalytique due à l’action de la toxine botulique produite principalement par Clostridium botulinum. Anciennement classé en danger sanitaire de première catégorie, le botulisme fait actuellement partie de la liste provisoire des maladies d’intérêt national. Cette maladie peut entrainer de fortes mortalités et des pertes économiques importantes dans les élevages atteints. Le nombre annuel moyen de foyers de botulisme dans les élevages bovins en France confirmés en laboratoire sur la période 2009-2019 était de dix.