Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie pathogène responsable de la listériose, dont la voie de contamination est principalement alimentaire. La caractérisation des souches isolées de la chaîne agro-alimentaire contribue à mieux connaitre leur écologie et à évaluer les risques sanitaires liés aux aliments. Dans cette perspective, le Laboratoire National de Référence pour Listeria monocytogenes (LNR) s’est engagé depuis 2019 dans la caractérisation génomique systématique des souches isolées des contrôles officiels. Cet article décrit l’organisation mise en place pour cette caractérisation et présente les résultats obtenus sur la période 2019-2021. Sur six grandes catégories d’aliments, les souches se répartissent en quatre sérotypes et 83 complexes clonaux (CC). Ces résultats descriptifs montrent que les CC121 et CC9 sont majoritairement isolés, comme cela est décrit dans la littérature pour des souches d’origine alimentaire. Ils ont également permis d’identifier des clusters génomiques suggérant une persistance de souches de Lm ou la réintroduction par un intrant, dans certains lieux de transformation ou de stockage, ainsi que la présence de souches associées à une hypervirulence dans différents types de denrées alimentaires prêtes à consommer d’origine végétale ou animale. Les conclusions mettent en avant des axes d’optimisation du dispositif de surveillance génomique des Lm dans les aliments, impliquant le réseau de laboratoires officiels supervisé par le LNR et souligne l’intérêt des interactions avec le Centre National de Référence Listeria (CNR) en charge des alertes et de la surveillance des cas de listériose humaine pour une vision la plus exhaustive possible compatible avec la gestion des risques.
[SSA] Le réseau Salmonella, un dispositif de surveillance des salmonelles de la fourche à la fourchette: bilan des données de sérotypage 2019 – publié le
27/12/2021
Les salmonelloses non typhiques sont des zoonoses bactériennes transmises à l’Homme principalement par voie alimentaire. Salmonella représente la deuxième cause de toxi-infections alimentaires en France et en Europe, derrière Campylobacter. Evaluer et maitriser les risques sanitaires de salmonellose pour l’Homme nécessite de surveiller les sérovars susceptibles de circuler aux différentes étapes de la chaîne agro-alimentaire. Depuis plus de vingt ans, le réseau Salmonella, piloté par le Laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses, collecte et centralise des résultats de sérotypage de salmonelles isolées de la fourche à la fourchette. Cette surveillance évènementielle au niveau national, tous sérovars et toutes filières confondus, repose sur le volontariat des laboratoires partenaires ; elle est complémentaire des programmes de lutte officiels mis en œuvre par l’autorité de contrôles en filière avicole. En 2019, 135 laboratoires partenaires du réseau ont envoyé 2 972 souches à sérotyper par l’Anses et 10 584 résultats de sérotypage de salmonelles isolées de toutes filières, aux différents maillons de la chaîne agro-alimentaire. Par la centralisation de ces données au niveau national, le réseau Salmonella représente une source unique permettant d’apprécier la diversité et la circulation des salmonelles dans les différents réservoirs de la chaîne agro-alimentaire. Au-delà de cette activité de surveillance des salmonelles sur le territoire national, la base de données représente un patrimoine biologique sur lequel s’appuient les travaux de recherche et de référence de l’Agence.
[MRE] Surveillance de la tuberculose due à Mycobacterium bovis en France métropolitaine en 2019: Résultats et indicateurs de fonctionnement – publié le
27/12/2021
La France est officiellement indemne de tuberculose due à Mycobacterium bovis. Cependant quelques foyers bovins ainsi que des animaux sauvages infectés sont régulièrement détectés sur le territoire métropolitain. L’appréciation de la situation sanitaire nationale vis-à-vis de la tuberculose bovine repose sur deux dispositifs dédiés, l’un à la surveillance des bovins et l’autre à la surveillance des principales espèces sauvages sensibles (Sylvatub).
En 2019, à partir de l’ensemble des modalités de surveillance, 92 foyers bovins ont été confirmés infectés ainsi que 156 blaireaux dans des zones géographiquement proches de celles des foyers bovins. De même, 27 sangliers ont été confirmés infectés lors de la saison cynégétique de 2018-2019. Le taux d’incidence apparent national dans les troupeaux bovins était de 0,06 %, en légère diminution par rapport à 2018 (0,07 %).
Comme les années précédentes, la distribution géographique des cas et foyers était hétérogène. Le renforcement de la surveillance dans les zones d’enzootie connues a été poursuivi. Comme lors de la saison précédente, des foyers ou des animaux sauvages infectés ont été détectés ponctuellement en limite ou en dehors des zones à risque prédéfinies.
Ainsi, si cette infection reste rare, l’analyse conjointe des résultats des deux dispositifs (Sylvatub et surveillance des bovins) souligne l’importance de maintenir les efforts sur l’ensemble du territoire métropolitain pour atteindre les objectifs de surveillance.
[MRE] Bilan de la surveillance à l’égard des pestes porcines classique et africaine en France en 2017, 2018 et 2019: la France maintient son statut indemne – publié le
27/12/2021
Dans un contexte épidémiologique où la peste porcine africaine (PPA) présente depuis 2014 dans certains États-Membres de l’Est de l’Union Européenne (Pologne, Lituanie, Lettonie, Estonie), s’est étendue à la Moldavie (2016), Roumanie (2017), République Tchèque (2017), Hongrie (avril 2018), Belgique (septembre 2018), Slovaquie (juillet 2019), Serbie (août 2019), alors que la peste porcine classique (PPC) est éradiquée de tous les élevages au sein de l’Union européenne (EU), la démonstration du statut indemne de la France vis-à-vis de ces deux maladies et la détection précoce d’une émergence restaient les principaux objectifs de la surveillance menée sur la période de 2017 à 2019.
Comme les années précédentes, la vigilance à l’égard de la PPC a reposé sur une surveillance programmée des porcs et sangliers d’élevage et une surveillance événementielle en élevage et faune sauvage. La surveillance programmée est réalisée par sérologie en élevage de sélection-multiplication, et par sérologie et virologie à l’abattoir. La vigilance à l'égard de la PPA a reposé sur une surveillance événementielle en élevage de porcs et sangliers et une surveillance accrue des sangliers sauvages trouvés morts sur le terrain.
Ainsi en trois ans (2017-2019), les surveillances programmée et évènementielle des pestes porcines conduites chez les porcs domestiques et les sangliers en élevage ou à l’abattoir ont été à l’origine de soixante-et-un arrêtés préfectoraux de mise sous surveillance (APMS). Toutes ces suspicions ont été infirmées.
Evolution du foyer de brucellose chez le bouquetin des Alpes dans le massif du Bargy, Haute Savoie, entre 2012 et 2020 – publié le
24/11/2021
Un foyer de brucellose à Brucella melitensis biovar 3 a été détecté en 2012 dans le massif du Bargy (Haute-Savoie) et concerne principalement la population de bouquetins des Alpes (Capra ibex), une espèce protégée. Depuis 2012, cette situation inédite a fait l’objet de mesures de surveillance et de lutte ainsi que de travaux de recherche basés sur des suivis démographiques et épidémiologiques de la population. Ces travaux ont montré que la dynamique de transmission est hétérogène, spatialement et entre classes démographiques : l’infection se concentre dans la zone cœur du massif et les femelles jouent un rôle prépondérant dans la transmission. Les résultats suggèrent en outre que la voie d’infection majoritaire est liée aux avortements et aux mises-bas brucelliques, la voie vénérienne jouant un rôle moindre. De 2012 à 2020, la séroprévalence de la brucellose chez les femelles en zone cœur a baissé de 50 % à moins de 15 %, et la force d’infection (taux auquel les individus sensibles s’infectent) a diminué. Une réduction de la taille de la population de bouquetins, liée notamment aux mesures de lutte, a été observée entre 2012 et 2016, avant une stabilisation autour de 370 individus. L’amélioration de la situation épidémiologique et l’accumulation des connaissances sur le fonctionnement de l’épidémie permettent d’envisager une stratégie de gestion adaptative pour gérer l’infection chez les bouquetins mais aussi pour les autres espèces sauvages et domestiques concernées ainsi que pour l’Homme.
[MRE] Bilan de la vigilance à l’égard des pestes porcines classique et africaine en France en 2016 – publié le
09/12/2020
Dans un contexte épidémiologique où la peste porcine africaine (PPA) est présente depuis 2014 dans certains États Membres de l’Est de l’Union Européenne (Pologne, Lituanie, Lettonie, Estonie), et où la peste porcine classique (PPC) est toujours présente au sein de la population de sangliers sauvages en Lettonie, la démonstration du statut indemne de la France vis-à-vis de ces deux maladies et la détection précoce d’une émergence restaient les principaux objectifs de la surveillance menée en 2016.
Comme les années précédentes, la vigilance à l’égard de la PPC a reposé sur une surveillance programmée et sur une surveillance événementielle. La surveillance programmée est réalisée par sérologie en élevage de sélection-multiplication, et par sérologie et virologie à l’abattoir. La surveillance du cœur de l’ancienne zone infectée de PPC chez les sangliers dans l'Est de la France s’est poursuivie en 2016, basée sur la collecte volontaire d’échantillons pour analyse sérologique des sangliers tués à la chasse et l’analyse virologique des sangliers trouvés morts en nature.
La vigilance à l'égard de la PPA a reposé sur une surveillance événementielle.
Ainsi, en 2016, la surveillance programmée des pestes porcines chez les porcs domestiques et les sangliers en élevage a engendré six arrêtés préfectoraux de mise sous surveillance (APMS) tandis que la surveillance événementielle a abouti à un APMS. Par ailleurs, deux suspicions ont été enregistrées dans le cadre de la surveillance événementielle des pestes porcines chez des sangliers sauvages. Aucune de ces suspicions n’a été confirmée.
Évaluation des coûts liés aux dispositifs de surveillance de la fièvre catarrhale ovine en France continentale suite à la résurgence de 2015 – publié le
14/05/2020
La nécessité de disposer de systèmes de surveillance efficients des maladies infectieuses animales rend nécessaire des études sur le coût de ces dispositifs. L’objectif de ce travail était de quantifier les coûts de la surveillance de la fièvre catarrhale ovine (FCO) au sein de la filière bovine et du suivi entomologique à la suite de la résurgence du sérotype 8 de la FCO en France continentale en septembre 2015. Les honoraires vétérinaires ont été extraits des conventions départementales entre les professions vétérinaires et agricoles et de la réglementation, les coûts unitaires des analyses ont été fournis par laboratoires agréés et le volume de chaque opération a été obtenu du système d’information de la DGAl (Sigal), du Laboratoire national de référence FCO et du Cirad. Entre septembre 2015 et décembre 2016, le coût total des opérations de surveillance en filière bovine a été estimé à 14,4 M€ HT, incluant 8,6 M€ HT pour les dépistages pré-mouvements à la charge des éleveurs, 4 M€ HT pour les enquêtes programmées, 1,6 M€ HT pour la gestion des suspicions, et 148 k€ HT pour la surveillance évènementielle, prises en charge par l’Etat. Le coût des opérations de surveillance entomologique a été estimé à 214 k€ HT, payés par l’Etat. Ces estimations sont sous-estimées car elles ne prennent pas en compte les coûts liés à la gestion administrative et à l’animation du dispositif de surveillance bovine. La connaissance des coûts du système de surveillance est un travail nécessaire à l’évaluation coût-efficacité de chaque dispositif, et à l’identification des pistes d’amélioration pour répondre aux enjeux à la fois sanitaire et budgétaire imposés par des contraintes toujours plus importantes.