ANSES - Le Magazine

Trichinella spp. est un parasite zoonotique soumis à une règlementation Européenne imposant un contrôle des animaux sensibles destinés à la consommation humaine. En France, cette surveillance concerne les porcs, les chevaux et les sangliers.

Le bilan de la période 2020-2022, s’inscrit dans la continuité des années précédentes avec une endémicité de T. britovi en Corse chez les populations de porcs domestiques et la circulation de T. britovi chez les sangliers dans le Sud de la France. Un événement nouveau sur cette période concerne la détection de T. spiralis chez deux sangliers dans les Pyrénées Orientales. Ces deux animaux ont été détectés après la survenue de cas humains, l’analyse officielle n’ayant pas été faite avant consommation. Ainsi, la circulation de Trichinella spp. chez ces animaux à risque rappelle aux consommateurs de gibier la nécessité d’effectuer les contrôles sanitaires permettant de garantir l’absence de larves dans les viandes.

L’exécution du programme de lutte contre les salmonelles en 2022 a montré une légère amélioration par rapport à 2021 de la situation épidémiologique des filières avicoles françaises vis-à-vis des salmonelles du groupe 1 (anciennement dénommées danger sanitaire 1), dans un contexte général de baisse de production. Les prévalences d’infection à une salmonelle du groupe 1 sont demeurées inférieures aux objectifs communautaires à tous les étages des filières dindes de chair et poulets de chair. En filière œufs de consommation, aucun foyer n’est recensé à l’étage reproduction, comme les années précédentes. En production, la prévalence d’infection redescend au-dessous du seuil de prévalence limite fixé à 2% si on ne considère que les foyers avec isolement direct d’une salmonelle du groupe 1. Si on intègre les foyers déclarés sur un lien épidémiologique sans isolement direct de salmonelle, la prévalence demeure au-dessus de 2%, comme en 2020 et 2021. 

La France est officiellement indemne de tuberculose due à Mycobacterium bovis. Cependant quelques foyers bovins ainsi que des animaux sauvages infectés sont régulièrement détectés sur le territoire métropolitain. L’appréciation de la situation sanitaire nationale vis-à-vis de la tuberculose bovine repose sur deux dispositifs dédiés, l’un à la surveillance des bovins et l’autre à la surveillance des principales espèces sauvages sensibles (Sylvatub).

En 2020, à partir de l’ensemble des modalités de surveillance, 104 foyers bovins ont été confirmés infectés ainsi que 99 blaireaux dans des zones géographiquement proches de celles des foyers bovins. Le taux d’incidence apparent national dans les troupeaux bovins était de 0,065 %, il était de 0,06 % en 2019.

Comme les années précédentes, la distribution géographique des cas et foyers était hétérogène. Le renforcement de la surveillance dans les zones d’enzootie connues a été poursuivi. Ainsi, si cette infection reste rare, l’analyse conjointe des résultats des deux dispositifs (Sylvatub et surveillance des bovins) souligne l’importance de maintenir les efforts sur l’ensemble du territoire métropolitain pour atteindre les objectifs de surveillance.

La maladie hémorragique virale du lapin (dite VHD pour « Viral Hemorrhagic Disease ») est une hépatite virale hautement contagieuse affectant les lapins domestiques et sauvages (Oryctolagus cuniculus). Classée en danger sanitaire de deuxième catégorie, elle entraîne une mortalité élevée en élevage et des pertes économiques importantes. La filière cunicole s’est dotée en 2018 d’un plan de lutte collective contre la VHD pour faire face à une recrudescence de la maladie en élevage, liée à l’émergence d’un nouveau génotype viral. Dans ce cadre, un système de recensement des foyers de VHD dans les élevages cunicoles a été mis en place en juin 2018, basé sur les déclarations volontaires des groupements de production de lapins, vétérinaires et éleveurs indépendants. Entre le 01/07/2018 et le 31/12/2019, 265 foyers de VHD ont été déclarés en France ; l’incidence annuelle en 2019 s’élève à 21,7 cas pour 100 élevages (Intervalle de Confiance à 95% [18,3-25,1]). La surveillance a permis de mettre en évidence des épisodes récurrents de VHD dans certains élevages, montrant la nécessité de compléter le plan de lutte par une gestion renforcée des récidives.

Durant les campagnes 2016-2017 à 2020-2021, le dispositif de surveillance aléatoire de l’hypodermose bovine par analyses sérologiques et contrôles visuels a évolué. Historiquement conduit sur un échantillonnage départemental ou régional (1) et cela jusqu’en 2017-2018, ce dispositif s’établit depuis 2018-2019 sur la base d’un échantillonnage national. Du fait de la très bonne situation sanitaire, il est en effet devenu approprié que le statut vis-à-vis du varron soit défini au niveau national (France continentale) et non plus à un niveau local. En échantillonnant la surveillance aléatoire sur une zone de dimension plus grande, la loi hypergéométrique applicable produit par effet de conséquence un nombre moindre de cheptels à prélever. Cela conduit à réduire significativement le nombre de cheptels à contrôler dans le cadre du plan de contrôle aléatoire du programme varron, à niveau de garantie « zone assainie » équivalent. En conséquence de cet objectif, le plan de sondage a lui aussi évolué. Ainsi, bien que l’effectif cheptel contrôlé se soit considérablement réduit (proche de 3,5 % du cheptel bovin français en 2016-2017, celui-ci est désormais proche de 0,7 %), la surveillance permet de répondre à ce nouvel objectif. Sur ces cinq années, aucun foyer n’a été mis en évidence : la situation épidémiologique de la France vis-à-vis de l’hypodermose bovine reste donc très favorable. 

Depuis 1999, la Direction générale de l’alimentation (DGAL) du ministère en charge de l’agriculture et l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail(Anses) surveillentla résistance aux antibiotiques, dans les denrées animales et d’origine animale. Chez les animaux de rente, cette surveillance concerne, Salmonella, Campylobacter, Escherichia coli, et les entérocoques et répond des exigences de la réglementation européenne. Ces plans de surveillance peuvent être mis en œuvre aux stades de l’abattoir, de l’atelier de découpe, de la distribution ou de l’élevage, pour les volailles, les porcs ou les bovins. Un réseau de laboratoires (comprenant des laboratoires départementaux et de l’Anses) réalise les analyses et détermine les profils de résistance des souches de bactéries isolées. Les résultats des dernières années sont présentés pour les céphalosporines de 3e et 4 e générations, les fluoroquinolones et les macrolides. Beaucoup de données ont été recueillies grâce à cette organisation, mais il serait utile d’harmoniser les systèmes de surveillance au niveau européen. Enfin, le dispositif français sera amélioré avec la mise en œuvre de plusieurs mesures du plan national de réduction des risques d’antibiorésistance en médecine vétérinaire.

Les salmonelles, bactéries ubiquitaires, représentent la deuxième cause la plus fréquente de toxi-infections alimentaires bactériennes en France et en Europe. Dans ce contexte, l’Anses exerce une activité de surveillance de la chaîne alimentaire via le réseau Salmonella qui centralise, depuis plus de vingt ans, des résultats de sérotypage de salmonelles d’origine non humaine. Un outil statistique d’analyse de séries temporelles a été développé pour analyser ces données de surveillance. Il permet de détecter précocement des augmentations inhabituelles de la présence de certains sérovars aux niveau national, régional ou encore dans une filière spécifique, susceptible de présenter un risque pour le consommateur. Le couplage de cette approche statistique et de l’analyse génomique des souches permet de caractériser finement ces évènements inhabituels d’un point de vue épidémiologique. Cet article décrit un exemple de cette approche combinée déployée suite à l’augmentation inhabituelle de la détection de Salmonella Goldcoast au cours de la période 2018-2019 en France. Les analyses épidémiologiques et génomiques ont mis en évidence un cluster majoritaire lié à la filière avicole.

En juillet 2019, un foyer de pullorose a été signalé dans un élevage de cailles dans l'ouest de la France. Un premier épisode avait été détecté sur ce même site quelques mois plus tôt. Compte tenu de son caractère exceptionnel et de l'importance des conséquences économiques potentielles de la pullorose, des investigations épidémiologiques et microbiologiques ont été menées en collaboration étroite avec le vétérinaire sanitaire, les services de l’Etat et l’éleveur. Salmonella Gallinarum et Salmonella Infantis ont été isolées à partir d'échantillons prélevés sur des oiseaux du site infecté. S. Infantis a aussi été isolée dans les prélèvements d’environnement avant et après les opérations de nettoyage et désinfection, ainsi que sur des ténébrions isolés dans le bâtiment à l’issue des opérations de décontamination. Une résurgence du premier épisode par transmission horizontale de S. Gallinarum est l’hypothèse la plus probable, confortée par la comparaison des souches isolées au cours des deux épisodes. La politique d'éradication drastique mise en place dans les années 1970 a permis d'éliminer cette maladie, cependant elle peut encore réapparaître de manière très sporadique dans les élevages de volailles. La vigilance de tous les acteurs des filières avicoles reste de mise et une sensibilisation à sa détection apparait nécessaire.

Entre 2015 et 2017, le système de surveillance de la tuberculose bovine a permis d’identifier 286 foyers en France métropolitaine et de récolter des informations sur la situation sanitaire de l’infection. Ainsi, si l’incidence est stable et concerne 0,05 % des troupeaux bovins, la prévalence continue d’augmenter faiblement pour atteindre 0,1 % en 2017, reflétant une situation nationale préoccupante. Il existe cependant une forte hétérogénéité entre les quatre zones d’enzooties qui concentrent la majorité des foyers : le Sud-Ouest (206), Corse (29), la Côte-d’Or (27) et la Normandie élargie au département de l’Eure-et-Loir (12). Ces quatre zones d’enzootie sont caractérisées par des contextes et des situations épidémiologiques variées. Ainsi, si cette infection reste rare, il convient de renforcer les efforts de surveillance et de lutte pour identifier et assainir les dernières poches d’enzootie, notamment dans le Sud-Ouest de la France.