Le séquençage du génome entier (Whole Genome Sequencing - WGS) constitue une avancée majeure pour la surveillance des zoonoses d’origine alimentaire. Depuis 2020, l’Anses, en lien avec la DGAL, explore cette technologie dans une approche structurée, avec pour objectifs d’améliorer la détection des foyers, l’attribution des sources et le suivi des résistances, dans une logique One Health. Le déploiement, amorcé début 2024, cible en priorité six problématiques sanitaires d’intérêt majeur liées à la sécurité sanitaire des aliments (Salmonella, Listeria monocytogenes, Campylobacter, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, et les gènes d’antibiorésistance). Il repose sur une organisation coordonnée, un stockage centralisé des données, l’harmonisation des analyses bioinformatiques et une gouvernance interinstitutionnelle. L’adoption du Règlement (UE) 2025/179 rend obligatoire la transmission des données WGS à l’EFSA à partir d’août 2026 pour certaines bactéries pathogènes. Cette évolution implique une montée en compétence des laboratoires et leur accréditation, une standardisation des échanges de données et une priorisation stratégique des pathogènes ciblés. Le WGS s’affirme ainsi comme un outil central de la surveillance microbiologique intégrée, à forte valeur ajoutée pour la santé publique, y compris dans les domaines de la santé animale et de la santé des végétaux.