Le virus de l’encéphalite à tiques (TBEV), provoquant des infections neurologiques sévères chez l’Homme, est transmis à l’Homme par les tiques ou la consommation de produits laitiers non pasteurisés, principalement issus de chèvres et de brebis. En France, les suspicions et les cas de contamination alimentaire ont été rapportés uniquement en région Auvergne-Rhône-Alpes (AURA). Notre étude s’est intéressée aux caractéristiques des filières lait de chèvres et brebis dans deux départements de la région AURA, l’Ain et le Puy-de-Dôme, pour mieux appréhender le risque de transmission alimentaire de TBEV. Les résultats de notre étude montrent que ces filières présentent effectivement des caractéristiques pouvant favoriser la transmission du TBEV à l’Homme par voie alimentaire. Les pratiques d'élevage dans ces régions, caractérisées par un pâturage fréquent et une forte proximité des pâtures avec des zones boisées, favorables à la présence de tiques, exposent couramment les petits ruminants aux piqûres de tiques. La très grande majorité des éleveurs transforment directement leur lait en fromage au lait cru à la ferme, et vendent une grande quantité de fromages frais, les plus à risque de contenir du TBEV infectieux. Les produits sont vendus localement, ce sont donc principalement les consommateurs locaux (du département ou de la région) qui risquent de se contaminer par TBEV.