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L’exécution du programme de lutte contre les salmonelles en 2023 a montré une dégradation par rapport à 2022 de la situation épidémiologique des filières avicoles françaises vis-à-vis des salmonelles du groupe 1, dans un contexte général de baisse de production. Dans la filière poulets de chair, une augmentation du nombre de foyers chez les reproducteurs de poulets de chair en multiplication a été observée par rapport à 2022, en lien possible avec l’arrêt des prélèvements de confirmation. Cependant, cette hausse à l’étage multiplication n’a pas eu de répercussion observée sur la prévalence en production, qui reste identique à 2022. En filière dindes de chair, aucun foyer de salmonelles du groupe 1 n’a été détecté chez les reproducteurs en sélection et multiplication. Néanmoins, une dégradation de la situation sanitaire est notée en production de dindes de chair, où la prévalence d’infection par les salmonelles du groupe 1 atteint le seuil limite de 1% des troupeaux. En filière œufs de consommation, aucun foyer n’est recensé à l’étage reproduction, comme les années précédentes, mais en production, la prévalence d’infection a dépassé le seuil de prévalence limite fixé par la règlementation européenne à 2%. 

La surveillance de Campylobacter en France est conduite aux différents maillons de la chaîne alimentaire, de l’élevage jusqu’au consommateur. Elle implique de nombreux acteurs dont Santé Publique France (SPF), le Centre National de Référence (CNR) des Campylobacters et Helicobacters, la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL), La Direction Générale de la Concurrence, de la Consommation et de la répression des Fraudes (DGCCRF),  le Laboratoire National de Référence (LNR) Campylobacter ainsi que les laboratoires d’analyses médicales et vétérinaires. Les abattoirs de volailles sont impliqués dans cette surveillance par l’application du critère d'hygiène du procédé pour Campylobacter sur les carcasses de poulets de chair publié en 2018. Campylobacter reste toujours le premier agent zoonotique responsable de gastro-entérites devant Salmonella et C. jejuni demeure l’espèce la plus impliquée dans les cas humains. Campylobacter est prévalent dans les filières de productions animales ; les filières avicoles et bovines étant identifiées comme principales sources des infections humaines à C. jejuni. Les plans de surveillance (ou exploratoires) mis en place par la DGAl affinent au fur et à mesure des années l’identification des matrices alimentaires à risque. Le séquençage du génome des souches isolées de ces matrices et la comparaison avec les génomes des souches humaines devrait être un outil pour appuyer la surveillance de ce pathogène.

La surveillance des éléments traces métalliques (ETM) dans les denrées alimentaires d’origine animale est assurée grâce à un dispositif qui permet de suivre les niveaux de contamination et le respect des limites maximales imposée par la réglementation (fixées par le règlement CE n°1881/2006). Cet article présente le dispositif de surveillance des ETM (plomb, cadmium, mercure) dans les denrées animales (produits de la pêche, animaux de boucherie, lait, gibiers, volailles, lapins, œufs et miel) mis en œuvre sur la période de 2016 à 2019, par la direction générale de l’Alimentation.

Le suivi des teneurs en ETM dans les denrées animales a été mis en œuvre à l’aide de plusieurs plans de surveillance et de contrôle (PSPC) au cours desquels le nombre de prélèvements programmé annuellement était relativement constant (2 461 à 2 633 prélèvements selon l’année). Les niveaux de contamination observés restent globalement faibles et inférieurs aux seuils fixés, soit par la réglementation européenne (cas des limites maximales), soit au niveau national par la DGAL (cas des seuils d’alerte), pour l’ensemble des ETM suivis dans les PSPC, à l’exception de certaines matrices. Les dépassements observés ont concerné essentiellement le plomb dans le gibier sauvage, le cadmium dans les échantillons de foie et rein d’équins ainsi que dans les foies de gibier sauvage, et le mercure dans le poisson sauvage de mer et d’eau douce.

Le système de surveillance mis en place a contribué entre autres, à mettre en place des mesures de gestion adaptées pour la filière équine par publication de l’arrêté du 18 décembre 2019 (retrait systématique à l’abattoir, des foies et des reins de solipèdes) ; ou encore à émettre en 2018 des recommandations de consommation du gibier selon l’avis de l’Anses 2015-SA-0109.

La direction générale de l’alimentation (DGAL) du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation pilote un système de surveillance de la contamination des productions alimentaires. Son objectif principal est de vérifier la conformité sanitaire des productions et de suivre les niveaux de contamination dans les denrées alimentaires et les aliments pour animaux.

Le taux de réalisation des prélèvements prévisionnels s’échelonne entre 80 et 100 % et est fréquemment supérieur à 95 %. De 2017 à 2019, environ 60 000 à 70 000 prélèvements annuels ont été effectués dans toutes les filières, aux différentes étapes de la chaîne alimentaire et plus d’un million de résultats d’analyses ont été produits.

Les résultats de ces trois années de campagne marquent une relative stabilité de la situation sanitaire française. Les taux de contamination (généralement < 1 %) et les taux de non-conformités observés vis-à-vis des seuils réglementaires s’inscrivent dans la continuité des années précédentes. Cependant, certains couples contaminant/matrice prélevés présentaient des taux de non-conformités plus élevés, tels que certains contaminants biologiques dans les produits de la pêche, les coquillages et les viandes de volaille, des métaux lourds dans les viandes de gibiers sauvages, abats d’équins, produits de la pêche et des produits phytopharmaceutiques dans les végétaux.

En partenariat avec l’Anses, la DGAL déploie depuis 2018 une application informatique, dénommée Qualiplan, pour améliorer la qualité des données collectées dans le cadre de ces plans. La pleine utilisation de cet outil est attendue à compter de 2020 pour les plans qui y sont intégrés. 

Depuis 1999, la Direction générale de l’alimentation (DGAL) du ministère en charge de l’agriculture et l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail(Anses) surveillentla résistance aux antibiotiques, dans les denrées animales et d’origine animale. Chez les animaux de rente, cette surveillance concerne, Salmonella, Campylobacter, Escherichia coli, et les entérocoques et répond des exigences de la réglementation européenne. Ces plans de surveillance peuvent être mis en œuvre aux stades de l’abattoir, de l’atelier de découpe, de la distribution ou de l’élevage, pour les volailles, les porcs ou les bovins. Un réseau de laboratoires (comprenant des laboratoires départementaux et de l’Anses) réalise les analyses et détermine les profils de résistance des souches de bactéries isolées. Les résultats des dernières années sont présentés pour les céphalosporines de 3e et 4 e générations, les fluoroquinolones et les macrolides. Beaucoup de données ont été recueillies grâce à cette organisation, mais il serait utile d’harmoniser les systèmes de surveillance au niveau européen. Enfin, le dispositif français sera amélioré avec la mise en œuvre de plusieurs mesures du plan national de réduction des risques d’antibiorésistance en médecine vétérinaire.

En juillet 2019, un foyer de pullorose a été signalé dans un élevage de cailles dans l'ouest de la France. Un premier épisode avait été détecté sur ce même site quelques mois plus tôt. Compte tenu de son caractère exceptionnel et de l'importance des conséquences économiques potentielles de la pullorose, des investigations épidémiologiques et microbiologiques ont été menées en collaboration étroite avec le vétérinaire sanitaire, les services de l’Etat et l’éleveur. Salmonella Gallinarum et Salmonella Infantis ont été isolées à partir d'échantillons prélevés sur des oiseaux du site infecté. S. Infantis a aussi été isolée dans les prélèvements d’environnement avant et après les opérations de nettoyage et désinfection, ainsi que sur des ténébrions isolés dans le bâtiment à l’issue des opérations de décontamination. Une résurgence du premier épisode par transmission horizontale de S. Gallinarum est l’hypothèse la plus probable, confortée par la comparaison des souches isolées au cours des deux épisodes. La politique d'éradication drastique mise en place dans les années 1970 a permis d'éliminer cette maladie, cependant elle peut encore réapparaître de manière très sporadique dans les élevages de volailles. La vigilance de tous les acteurs des filières avicoles reste de mise et une sensibilisation à sa détection apparait nécessaire.

La surveillance des éléments traces métalliques (ETM) dans les denrées alimentaires d’origine animale est assurée grâce à un dispositif qui permet de suivre les niveaux de contamination et le respect des limites maximales imposée par la réglementation (fixées par le règlement CE n°1881/2006). Cet article présente le dispositif de surveillance des ETM (plomb, cadmium, mercure) dans les denrées animales (produits de la pêche, animaux de boucherie, laits, gibiers, volailles, lapins et miels) mis en oeuvre en 2015 et 2014 par la direction générale de l’Alimentation.
En 2015, le suivi des teneurs en ETM dans les denrées animales a été mis en oeuvre à l’aide de plusieurs plans de surveillance et de contrôle (PSPC) au cours desquels 2 827 prélèvements ont été réalisés. Ce nombre de prélèvement est légèrement inférieur à celui de l’année 2014 (3 094 prélèvements), toutefois, tant en 2014 qu’en 2015, les niveaux de contamination observés restent globalement faibles et inférieurs aux seuils fixés, soit par la réglementation européenne (cas des limites maximales), soit au niveau national par la DGAL (cas des seuils d’alerte), pour l’ensemble des ETM suivis dans les PSPC. Sur les deux années, les dépassements observés ont concerné essentiellement le plomb et le cadmium dans la viande de gibier ainsi que le mercure dans les poissons de mer sauvage.
Enfin, il est à noter que certaines conclusions apportées dans ce rapport peuvent être sujets à caution étant donné le nombre parfois limité d’échantillons pour un couple « famille de denrée/famille de contaminant » donné. En 2015 comme en 2014, peu d’analyses ont notamment été réalisées sur le lait (de chèvre et de brebis), les gibiers d’élevage et le poisson sauvage d’eau douce.