ANSES - Le Magazine

La saison 2022-2023 a été marquée une nouvelle fois par une épizootie majeure liée au sous type H5N1 de clade 2.3.4.4.b, avec 396 foyers déclarés en élevages sur la période. Elle a tout particulièrement affecté les populations d’oiseaux sauvages, notamment certaines espèces de laridés vivant en colonies qui ont été touchées sur leur zone de nidification. Un autre élément marquant de cet épisode réside dans l’absence d’intersaison habituellement observée pour cette maladie, avec la détection de cas d’IAHP toute l’année. Ce constat observé au cours de l’été 2021 se confirme, notamment dans la faune sauvage de manière concomitante avec l’observation de foyers sporadiques en élevage. Pour la première fois en France des cas ont été rapportés sur des mammifères, suscitant un renforcement de la vigilance des acteurs de santé publique vis-à-vis de ce virus au potentiel zoonotique. 

Les infections intestinales à Campylobacter comptent parmi les zoonoses les plus fréquentes en Europe. La consommation de viande de volaille et secondairement de porc ou de veau constitue la principale source de contamination. Seuls les cas sévères chez des patients fragilisés ou les infections extra-intestinales font l’objet d’un traitement antibiotique. La surveillance de l’antibiorésistance des souches de Campylobacter (C.) jejuni et C. coli isolées de porc d’engraissement et de bovin de moins d’un an est réalisée de façon bisannuelle en France (en alternance avec la volaille) conformément à la décision d’exécution de la Commission Européenne 2020/1729/UE. Elle cible six familles d’antibiotiques. Cette surveillance a révélé des taux de résistance élevés vis-à-vis de la ciprofloxacine et faibles, voire nuls, vis-à-vis de l’ertapénème, deux antibiotiques critiques pour la santé humaine. La résistance à l’érythromycine, antibiotique majeur contre les infections à Campylobacter, est faible pour C. jejuni et modérée pour C. coli. Les taux de résistance sont faibles vis-à-vis de la gentamicine et élevés vis-à-vis de la tétracycline. Aucune résistance n’a été détecté pour le chloramphénicol. De manière générale, l’antibiorésistance est plus importante chez C. coli par rapport à C. jejuni et au sein de C. coli chez le veau par rapport au porc. 

L’exécution du programme de lutte contre les salmonelles en 2022 a montré une légère amélioration par rapport à 2021 de la situation épidémiologique des filières avicoles françaises vis-à-vis des salmonelles du groupe 1 (anciennement dénommées danger sanitaire 1), dans un contexte général de baisse de production. Les prévalences d’infection à une salmonelle du groupe 1 sont demeurées inférieures aux objectifs communautaires à tous les étages des filières dindes de chair et poulets de chair. En filière œufs de consommation, aucun foyer n’est recensé à l’étage reproduction, comme les années précédentes. En production, la prévalence d’infection redescend au-dessous du seuil de prévalence limite fixé à 2% si on ne considère que les foyers avec isolement direct d’une salmonelle du groupe 1. Si on intègre les foyers déclarés sur un lien épidémiologique sans isolement direct de salmonelle, la prévalence demeure au-dessus de 2%, comme en 2020 et 2021. 

Le botulisme est une maladie neurologique humaine et animale provoquée par l’action de neurotoxines bactériennes (toxines botuliques) produites par des bactéries du genre Clostridium et qui se manifeste par des paralysies flasques pouvant aller jusqu’à la paralysie respiratoire et l’arrêt cardiaque. Chez l’être humain, cette maladie est rare, avec moins d’une dizaine de foyers recensés en moyenne chaque année en France. Ces foyers sont d’origine alimentaire pour une très grande majorité d’entre eux (90 %). Chaque année, une trentaine de foyers sont recensés en moyenne en France dans les élevages de volailles, environ une vingtaine de cas chez les oiseaux sauvages et une dizaine de foyers dans l’espèce bovine pouvant impliquer à chaque fois un grand nombre d’animaux. Cet article présente le bilan de la surveillance du botulisme humain (2008-2018) et animal (2009-2019) au cours de la dernière décennie à partir des données collectées auprès de Santé Publique France, des investigations biologiques du Centre National de Référence (CNR) et de celles du Laboratoire National de Référence (LNR).

L’exécution du programme de lutte contre les salmonelles en 2020 et 2021 a montré une dégradation générale de la situation épidémiologique des filières avicoles françaises vis-à-vis des salmonelles classées DS1 et plus particulièrement S. Enteritidis et S. Typhimurium. Pour la première fois depuis la mise en place des objectifs de réduction de prévalence dans l’Union Européenne entre 2010 et 2012, les seuils limites de prévalence ont été dépassés dans les troupeaux de poules pondeuses d’œufs de consommation en 2020 et 2021. Les prévalences chez les reproducteurs Gallus gallus et dans la filière dindes sont restées inférieures aux objectifs communautaires.

L’exécution du programme de lutte contre les salmonelles en 2019 a montré que la France a répondu aux objectifs de prévalence fixés par l’UE dans toutes les filières avicoles surveillées. Les foyers à salmonelles classées dangers sanitaires de première catégorie sont restés sporadiques aux étages de sélection et multiplication. En filière Gallus gallus œufs de consommation, le nombre de foyers à Salmonella Enteritidis et Salmonella Typhimurium est en augmentation (+ 45 %) par rapport à 2018. En filières Meleagris gallopavo et Gallus gallus chair de production, la prévalence des sérovars réglementés demeure stable depuis 2010 mais S. Typhimurium variant 1,4,[5],12:i:- devient aussi fréquent que S. Enteritidis ou S. Typhimurium, et même dominant en production de dindes de chair. 

Les enquêtes conduites par l’Anses au cours des dernières années ont permis de décrire et quantifier l’utilisation des antibiotiques au sein d’échantillons d’élevages de porcs, volailles et lapins. D’importantes différences ont été observées entre filières dans la nature des familles antibiotiques majeures employées, la structure des populations et la part relative des forts utilisateurs dans les usages totaux. Mais il a été observé de manière constante une grande variabilité des usages entre élevages. Celle-ciapu être statistiquement associée à certaines caractéristiques des élevages (relatives à la biosécurité, aux règles d’hygiène et de zootechnie ouàla perception individuelle des antibiotiques). Les évolutions perçues au cours de la répétition des enquêtes ont montré que la réactualisation régulière des estimations est importante pour que les filières et les élevages disposent de références leur permettant de juger de leurs usages et de déterminer les évolutions souhaitées.

La France a perdu le statut indemne vis-à-vis de l’influenza aviaire hautement et faiblement pathogène (IA HP et FP) au sens du code sanitaire de l’OIE en novembre 2015 suite à une épizootie d’IA HP et FP H5 qui a affecté 93 élevages de volailles jusqu’en avril 2016. Cette première épizootie a entraîné un plan d’assainissement par vide sanitaire de la filière palmipède gras du Sud-Ouest, accompagné d’un renforcement de la surveillance programmée pour contrôler l’efficacité des mesures de lutte. Une seconde épizootie, due à un virus IAHP H5N8 introduit en Europe par des oiseaux sauvages migrateurs, est survenue dans le sud-ouest de la France à partir de novembre 2016. Contrairement à la première épizootie, cette seconde crise a aussi affecté la faune sauvage, comme l’a montré la surveillance événementielle renforcée. Ces deux épisodes épizootiques successifs ont confirmé l’importance de la surveillance événementielle pour la détection précoce des foyers sauvages et domestiques et le rôle clé de la surveillance programmée en élevage dans le contrôle des mesures de lutte mises en place. Les résultats 2016 de la surveillance événementielle de la maladie de Newcastle/ paramyxovirose du pigeon montrent que les virus APMV1 virulents continuent de circuler sur un mode enzootique dans la faune sauvage et chez les Colombiformes domestiques, rappelant l’importance de la vaccination chez ces oiseaux comme outil de maîtrise de la maladie.