ANSES - Le Magazine

Campylobacter spp. et Salmonella spp. sont les deux premiers  agents zoonotiques responsables de gastro-entérites en Europe. Le porc est reconnu comme un réservoir à Campylobacter spp. et Salmonella enterica. Ce plan de surveillance mené en 2023 avait pour objet de mettre à jour les données de prévalence de ces deux agents pathogènes dans les élevages de porcs conventionnels en France. Cinq pédichiffonnettes ont été réalisées par élevage dans 150 élevages naisseurs-engraisseurs ou engraisseurs, au stade « engraissement », deux semaines avant le départ à l’abattoir.

Parmi ces élevages, 44,9 % avaient au moins une pédichiffonnette positive pour Campylobacter spp. L’espèce C. coli est toujours majoritaire (91,0 % des souches), toutefois, l’espèce C. jejuni a également été isolée (5,4 % des souches). Parmi ces élevages, 56 % avaient au moins une pédichiffonnette positive pour S. enterica. La prévalence de S. enterica a augmenté de plus de 30 % en 15 ans avec une place importante prise par le variant monophasique de Salmonella Typhimurium (4,[5],12:i:-). Dans ce plan de surveillance, 40,8 % des souches avaient ce sérotype, alors que celui-ci n’était pas isolé dans les élevages il y a quinze ans.

Ce plan exploratoire sur la contamination des élevages de porcs par Campylobacter spp. et Salmonella spp. démontre qu’il est important de poursuivre la mise en place de ce plan pour surveiller  l’émergence de C. jejuni et la situation du variant monophasique de Salmonella Typhimurium.

Yersinia enterocolitica est le 3^ème agent zoonotique pathogène rapporté en Europe avec le biotype BT4 le plus fréquent dans les cas de yersiniose. Le porc est un réservoir de ce pathogène, il l’héberge dans sa cavité orale et son tractus digestif. Le désossage de la tête peut être une étape à risque. Le niveau de contamination par Y. enterocolitica pathogène des joues, langues et autres viandes de porc à la distribution a été évalué au travers d’un plan exploratoire déployé par la DGAL, en 2023. Sur 9 mois, 111 échantillons de joues, 104 de langues et 160 de viandes fraiches ont été prélevés à la distribution sur 13 régions. Sur les 375 échantillons, le taux de contamination en Y. enterocolitica pathogène est de 16,0% avec une contamination plus élevée pour les langues (39,4%) suivie de celle des joues (16,2%). Un seul échantillon de viande fraîche s’est avéré contaminé. Sur les 125 souches isolées, 97,6 % sont de biotype BT4.Ce plan exploratoire a permis l'acquisition de données de contamination sur des nouvelles matrices de porcs au stade de la distribution en métropole française. Avec une contamination de 16 % et un biotype BT4 majoritairement retrouvé sur ces matrices, cet agent zoonotique reste un agent à surveiller chez le porc. Les contaminations plus élevées sur les langues et les joues, et plus faible sur la viande suggère que l’étape de désossage de la tête serait plus à risque que l’étape d’éviscération pour la contamination des porcs par Yersinia enterocolitica pathogène.

Le plan de surveillance des oléoprotéagineux (PSO), instauré en 2005 et coordonné par Terres Inovia, l’ITERG et Terres Univia, vise à garantir la sécurité sanitaire des oléoprotéagineux en permettant le partage d'informations au sein de la filière. Il repose sur une adhésion gratuite et volontaire des entreprises du secteur qui choisissent de mutualiser leurs données d’autocontrôles. Dans le cadre des travaux d’optimisation de la surveillance du cadmium en France, mené par le groupe « Cadmium » de la Plateforme de Surveillance de la Chaîne Alimentaire (SCA), le PSO s’est porté volontaire en 2022 pour mener une évaluation approfondie de son fonctionnement à l’aide de l’outil OASIS. Les résultats soulignent avant tout l’intérêt des partenaires pour le PSO qui répond pleinement à leurs attentes grâce à une diffusion régulière de l’information. Il permet d’obtenir un bilan élargi de la qualité sanitaire des oléoprotéagineux, facilite les échanges entre l’amont et l’aval et contribue à l’harmonisation des pratiques de surveillance. Des améliorations sont suggérées, notamment pour encourager la participation des entreprises de secteurs encore peu couverts et rendre le dispositif plus visible auprès des acteurs de la filière. Les recommandations formulées pourront être utiles à d’autres dispositifs de surveillance et ouvrir la voie à de futures évaluations OASIS portant sur la surveillance des contaminants chimiques dans l’alimentation.

Une évaluation du réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales (Résapath) a été effectuée par la méthode OASIS. Au cours de cette évaluation, des entretiens semi-directifs ont été réalisés avec toutes les catégories d’acteurs, de collaborateurs et de bénéficiaires de la surveillance effectuée par le Résapath. D’une part, l’évaluation a permis de mettre en évidence de nombreux points forts garants d’un dispositif de surveillance performant. Les principales forces du Résapath consistent en : (i) une organisation institutionnelle centrale efficace, permettant la définition d’un champ, d’objectifs et de procédures de surveillance clairs et bien acceptés, (ii) des compétences fortes en épidémiologie et en microbiologie et (iii) une approche « gagnant-gagnant », à l’origine de la participation volontaire de 71 laboratoires de diagnostic vétérinaire et où l’organisation d’un essai inter-laboratoires d’aptitude annuel gratuit joue un rôle clé. D’autre part, l’évaluation du Résapath a permis l’identification de certaines faiblesses, notamment en matière de gestion des données, et la formulation de recommandations d’amélioration.

Les Escherichia coli producteurs de Shiga Toxines (STEC) sont des bactéries zoonotiques d'origine alimentaire associées à des épidémies de grande envergure qui représentent un problème de santé publique de premier ordre. La viande hachée de bœuf et les fromages au lait cru contaminés par le contenu digestif des animaux porteurs restent les principales sources de contamination de l’Homme. Les plans de surveillance de 2017, 2018 et 2019 visaient à établir les taux de contamination des viandes hachées de bœuf et en 2018 de fromages au lait cru en France par les souches STEC identifiées comme les plus à risque. Ces plans permettent d’apprécier l’exposition du consommateur à ce danger ainsi que l’efficacité des mesures de maîtrise mises en œuvre par les professionnels.

Les résultats obtenus ont confirmé que les taux de contamination des viandes hachées de bœuf et des fromages au lait cru sont faibles et du même ordre de grandeur que ceux obtenus dans les plans précédents. Ces données montrent que le risque d’exposition de l’Homme via la consommation de ces deux types d’aliments en France reste limité. Néanmoins, des souches potentiellement pathogènes ont été isolées dans certains échantillons analysés.

Les résultats obtenus rappellent l'importance des mesures de maîtrise de ce danger mises en place en amont par les professionnels ainsi que la sensibilisation des consommateurs au respect des conditions de cuisson et de consommation mentionnées sur l'étiquetage.

La consommation de poissons contenant des concentrations élevées en histamine peut entraîner une intoxication de type pseudo-allergique. La Direction générale de l’alimentation met en œuvre annuellement un plan de surveillance de l’histamine dans les produits de la pêche. Les modalités de l’échantillonnage ont évolué depuis 2017 en ciblant préférentiellement une espèce à risque par année, c’est-à-dire une espèce naturellement riche en histidine pouvant par contamination microbiologique générer de l’histamine. Au cours de cette période, d’autres amines biogènes potentiellement présentes ont été également recherchées à titre d’étude exploratoire. Cet article présente le bilan des quatre plans de surveillance réalisés entre 2016 et 2019. Au regard des espèces ciblées (principalement thon, maquereau et sardine), une très faible proportion des prélèvements s’est révélée non conforme vis-à-vis de la concentration maximale en histamine fixée par la réglementation : de 0% en 2016 à 2,13% en 2018. Sur la base hypothétique d’une toxicité équivalente de la cadavérine, la putréscine et la tyramine à celle de l’histamine, la somme des concentrations de ces amines biogènes aurait conduit à un dépassement du seuil réglementaire de l’histamine dans 2% des situations. Cette approche exploratoire et l’étude préliminaire des corrélations entre les niveaux de concentration des différentes amines biogènes doivent être consolidées par des données complémentaires. La mise en œuvre des prochains plans de surveillance selon les mêmes modalités permettrait de répondre à cette attente et de suivre la stabilité de ces résultats dans le temps.

Depuis la réémergence du sérotype 8 de la fièvre catarrhale ovine (FCO) en France continentale en 2015, une surveillance entomologique des populations de Culicoides a été redéployée à l’échelle de la métropole entre novembre 2015 et avril 2018, complétant le réseau de piégeages déjà en place en Corse depuis 2002. Pour la saison hivernale 2017-2018, cette surveillance aura permis de déclarer 16 départements en zone saisonnièrement indemne sur des durées variables. Suite à l’arrêt de la surveillance en France continentale en avril 2018, le réseau a continué de fonctionner en Corse et au port de Sète. De plus, des missions ponctuelles de surveillance de l’espèce d’origine afrotropicale Culicoides imicola, vectrice majeure du virus de la FCO, ont eu lieu en alternance une année sur deux, dans les Pyrénées-Orientales, où l’espèce n’est plus capturée depuis 2012, et dans le Var et les Alpes-Maritimes où l’on observe une stabilité de la distribution géographique et des abondances des populations depuis l’installation de l’espèce détectée en 2003. Les données d'abondance et de distribution relevée sur le long terme dans cette zone suggèrent que cette espèce exotique pourrait avoir atteint sa limite géographique nord dans le bassin méditerranéen.

La direction générale de l’alimentation (DGAL) du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation pilote un système de surveillance de la contamination des productions alimentaires. Son objectif principal est de vérifier la conformité sanitaire des productions et de suivre les niveaux de contamination dans les denrées alimentaires et les aliments pour animaux.

Le taux de réalisation des prélèvements prévisionnels s’échelonne entre 80 et 100 % et est fréquemment supérieur à 95 %. De 2017 à 2019, environ 60 000 à 70 000 prélèvements annuels ont été effectués dans toutes les filières, aux différentes étapes de la chaîne alimentaire et plus d’un million de résultats d’analyses ont été produits.

Les résultats de ces trois années de campagne marquent une relative stabilité de la situation sanitaire française. Les taux de contamination (généralement < 1 %) et les taux de non-conformités observés vis-à-vis des seuils réglementaires s’inscrivent dans la continuité des années précédentes. Cependant, certains couples contaminant/matrice prélevés présentaient des taux de non-conformités plus élevés, tels que certains contaminants biologiques dans les produits de la pêche, les coquillages et les viandes de volaille, des métaux lourds dans les viandes de gibiers sauvages, abats d’équins, produits de la pêche et des produits phytopharmaceutiques dans les végétaux.

En partenariat avec l’Anses, la DGAL déploie depuis 2018 une application informatique, dénommée Qualiplan, pour améliorer la qualité des données collectées dans le cadre de ces plans. La pleine utilisation de cet outil est attendue à compter de 2020 pour les plans qui y sont intégrés. 

Les salmonelles, bactéries ubiquitaires, représentent la deuxième cause la plus fréquente de toxi-infections alimentaires bactériennes en France et en Europe. Dans ce contexte, l’Anses exerce une activité de surveillance de la chaîne alimentaire via le réseau Salmonella qui centralise, depuis plus de vingt ans, des résultats de sérotypage de salmonelles d’origine non humaine. Un outil statistique d’analyse de séries temporelles a été développé pour analyser ces données de surveillance. Il permet de détecter précocement des augmentations inhabituelles de la présence de certains sérovars aux niveau national, régional ou encore dans une filière spécifique, susceptible de présenter un risque pour le consommateur. Le couplage de cette approche statistique et de l’analyse génomique des souches permet de caractériser finement ces évènements inhabituels d’un point de vue épidémiologique. Cet article décrit un exemple de cette approche combinée déployée suite à l’augmentation inhabituelle de la détection de Salmonella Goldcoast au cours de la période 2018-2019 en France. Les analyses épidémiologiques et génomiques ont mis en évidence un cluster majoritaire lié à la filière avicole.