ANSES - Le Magazine

En France, Salmonella spp. et Campylobacter spp. sont les deux principaux agents bactériens responsables de zoonoses d’origine alimentaire, et Clostridioides difficile le 2^ème agent isolé des selles chez les patients ayant des troubles digestifs. La volaille est reconnue comme un réservoir pour ces trois pathogènes. Ce plan de surveillance officiel réalisé sur l’année 2022 avait pour but de mettre à jour les données sur Salmonella spp. et Campylobacter spp. sur les produits de volaille avec peau (cuisses) et sans peau (escalopes) à la distribution et d’obtenir des données sur C. difficile sur ces mêmes matrices. La prévalence de Salmonella spp., Campylobacter spp.et C. difficile, est respectivement de 0,9 % (n=2435 unités), de 49,2 % (n=2425 unités) et de 0,9% (n=465 unités). Pour l’ensemble des pathogènes, la prévalence est plus élevée sur les produits avec peau. Pour Campylobacter spp, un effet saison a été observé, avec un pourcentage d’unités positives en Campylobacter spp. moins élevé en hiver (30,3%) que pendant les trois autres saisons (en moyenne 50,7 %). Le dénombrement de Campylobacter spp. réalisé sur ces matrices montre que 28% des escalopes et 31% des cuisses sont faiblement contaminées (≤10 UFC/g). Par ailleurs, 2,4 % des cuisses et 0,2 % des escalopes présentent plus de 1 000 UFC/g, valeur limite pour le critère d’hygiène à l’abattoir.

Les Escherichia coli producteurs de Shiga Toxines (STEC) sont des bactéries zoonotiques d'origine alimentaire associées à des cas d’infections sporadiques mais également des épidémies de grande envergure qui représentent un problème de santé publique de premier ordre. La consommation de viandes hachées de bœuf insuffisamment cuites et de fromages au lait cru contaminés par ces bactéries d’origine digestive d’animaux porteurs sains représente la principale voie de contamination par voie alimentaire de l’Homme en France. Les plans de surveillance menés en 2021 et 2022 avaient pour objectif d’établir les taux de contamination de viandes hachées de bœuf, et des fromages au lait cru (2022 uniquement) par les souches STEC identifiées comme les plus à risque en France. Plus globalement, ces plans permettent d’apprécier l’exposition du consommateur à ce danger ainsi que l’efficacité des mesures de prophylaxie mises en place par les professionnels.

Les résultats obtenus confirment que les taux de contamination des viandes hachées de bœuf sont faibles et du même ordre de grandeur que ceux obtenus dans les plans précédents. Les taux de contamination des fromages au lait cru sont en revanche un peu plus élevés que ceux observés lors des plans précédents, même s’ils restent faibles.

Les données obtenues indiquent que le risque d’exposition de l’Homme via la consommation des deux types d’aliments investigués dans cette étude reste limité. Des souches STEC hautement pathogènes pour l'Homme (ou EHEC Top5) ont pourtant été isolées dans un faible nombre d’échantillons analysés. Ces données rappellent donc l'importance de mettre en place des mesures de maîtrise et de surveillance de ce danger dans les filières. La sensibilisation des consommateurs au respect des conditions de cuisson et de consommation mentionnées sur l'étiquetage est également très importante.

Aucun foyer de brucellose n’a été détecté dans un élevage de petits ruminants en France métropolitaine depuis 2003. Depuis 2021, les départements métropolitains sont tous reconnus officiellement indemnes par l’Union Européenne. Les dispositifs de surveillance de la brucellose des petits ruminants combinent surveillance événementielle (fondée sur la déclaration des avortements) et programmée (par dépistage sérologique régulier). Ils ont montré l’absence de foyers entre 2020 et 2022. Comme pour les années précédentes, l’analyse des données de surveillance suggère cependant une très faible sensibilisation des éleveurs à la déclaration des avortements, ce qui reste un point de fragilité important du système de surveillance.

Afin de contribueràpréserver l’efficacité des traitements antibiotiques pour l’Homme, l’Union européenne a mis en place dès 2003 un programme de surveillance de l’antibiorésistance dans le cadre de sa politique de lutte contre les zoonoses. Cette politique repose sur de précédentes initiatives scientifiques, nationales ou internationales, ayant vu le jour progressivement dès la mise en évidence dans les années 1960 du risque pour la santé publique de l’apparition de bactéries résistantes suite à des usages non thérapeutiques d’antibiotiques.Apartir de 2007, l’Autorité européenne de sécurité alimentaire (EFSA) a produit plusieurs documents permettant d’harmoniser les méthodes d’échantillonnage, de détermination des phénotypes de résistance, de collecte et d’analyse des données au niveau européen. Les espèces bactériennes principalement surveillées sont celles responsables de zoonoses (Campylobacter et Salmonella), mais la surveillance s’est aussi étendueàdes bactéries dites indicatrices comme Escherichia coli et les entérocoques. Fort de cette expérience, le dispositif semble maintenant se diriger vers une plus grande précision des données épidémiologiques collectées et une augmentation du nombre de couples espèce bactérienne-espèce animale surveillés afin de mieux évaluerle risque pourla population de contracter des bactéries résistantes aux antibiotiques via son alimentation.

L’objectif du réseau MedQual est de déterminerla sensibilité des souches bactériennes isolées à partir d’infections en milieu communautaire. Les données ont été recueillies depuis 2004 par MedQual, un réseau de laboratoires de biologie médicale. De 2004 à 2011, 254 223 souches d’E.coli isolées dans ces laboratoires ont été incluses. Elles provenaient essentiellement de prélèvements urinaires (98,7%). Cette surveillance confirme le caractère inquiétant de l’évolution de la résistance aux quinolones d’E.coli. En effet, pendant la période d’étude, la résistanceàl’acide nalidixique a augmenté progressivement (11,1% en 2004 et 16,1%en 2011 (P<0,001)). La résistanceàla ciprofloxacine a augmenté de 7,3% en 2006 à 9,8% en 2011 (P<0,001). Une augmentation avec l’âgeaété mise en évidence pour la résistance aux quinolones. Une augmentation du nombre de souches d’E. coli produisant une bétalactamineàspectre étendu (BLSE) est observée depuis 2008 (de 0,8%en 2008à2,4% en 2011). Nos données confirment la nécessité de surveiller l’émergence de ces souches en milieu communautaire. Une meilleure connaissance du comportement épidémiologique de ces bactéries multirésistantes contribuera à adapter les stratégies thérapeutiques à adopter vis à vis des traitements antibiotiques.

Cet article décrit les évolutions ayant conduit le réseau Résapath (www.resapath.anses.fr) à acquérir aujourd’hui un positionnement central sur les enjeux liés à la résistance aux antibiotiques des principales bactéries pathogènes des animaux. Il présente également les principales tendances épidémiologiques dégagées en matière d’antibiorésistance chez l’animal,ycompris au travers de l’expertise moléculaire adossée à la collecte de données

La persistance et circulation au sein de certains élevages bovins français de Mycobacterium bovis, agent de la tuberculose bovine, questionne l’efficacité du système de surveillance de cette maladie. Dans ce contexte, dans un premier temps, nous avions pour objectif de collecter des données qualitatives sur la réalisation par les vétérinaires de l’acte de dépistage par intradermotuberculination et sur leur perception de la lutte contre cette maladie afin de réaliser, dans un second temps, une estimation quantitative de ces pratiques et perceptions. Les résultats ont montré l’existence de non-conformités dans la réalisation de l’acte, notamment dans le choix du site d’injection, la vérification de la qualité de l’injection et la lecture des résultats. Des pratiques de sous-déclaration des résultats ont également été identifiées comme fréquentes. Les données relatives à la perception témoignaient d’une réelle conscience de la nécessité de la lutte et d’une certaine abnégation des vétérinaires, compte tenu des contraintes de terrain (techniques et pratiques) qui apparaissaient être un réel frein à la bonne réalisation du dépistage. Une perception positive de l’acte et de la lutte semblait associée à de meilleures pratiques, renforçant l’idée qu’une sensibilisation continue des vétérinaires est nécessaire, du besoin de limiter la pénibilité (meilleure contention) et de renforcer l’attractivité (rémunération, relationnel avec les autorités sanitaires, …) de la réalisation de ces dépistages.

Salmonella est depuis de nombreuses années un contaminant microbiologique majeur à l’origine d’épidémies d’origine alimentaires en France et en Europe. Dans ce contexte, le réseau Salmonella centralise, depuis 20 ans, des résultats de sérotypage de salmonelles isolées sur la chaîne alimentaire. Les laboratoires partenaires envoient des souches qui proviennent de toutes filières et de tous secteurs d’activités. Ces envois sont basés sur le volontariat. Cette surveillance événementielle complète les contrôles officiels réalisés chaque année. Ce volume massif de données collecté par l’Anses confirme les tendances et les émergences rapportées au niveau
européen. Toutes origines confondues, S. Typhimurium et ses variants monophasiques ainsi que S. Enteritidis demeurent majoritairement isolées (20 % des souches reçues).
L’optimisation de l’évaluation et de la gestion du risque de salmonellose chez l’Homme et l’animal implique la collecte de données de qualité, dans un pas de temps adapté. À la suite d’un processus d’évaluation de son fonctionnement, ce réseau a donc entamé en 2015 une profonde action de modernisation de ses outils analytiques mais également de pilotage, de partage et de communication de l’information pour mieux répondre aux besoins exprimés par l’ensemble des acteurs et utilisateurs de cette surveillance.

La direction générale de l’Alimentation (DGAL) du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation pilote un système de surveillance de la contamination des productions alimentaires. Le système fait intervenir et interagir de nombreux acteurs. Son objectif principal est de vérifier la conformité sanitaire des productions et de suivre les niveaux de contamination susceptible de se retrouver dans les denrées alimentaires.
En 2015 et 2016, environ 60 000 prélèvements ont été effectués dans toutes les filières et aux différentes étapes de la chaîne alimentaire et environ 800 000 résultats d’analyses ont été produits. Comme les années précédentes, les niveaux de contamination des denrées et des aliments pour animaux, et les taux de non-conformité évalués au regard des seuils réglementaires sont faibles. Les données sont exploitées d’une part par les autorités pour la mise en place des mesures de gestion immédiate du risque et d’autre part par la communauté scientifique pour la réalisation de travaux de recherche. Elles permettent par ailleurs aux autorités de communiquer sur leurs actions.
Au vu des résultats de 2015 et de 2016, le système de surveillance mis en place a montré son efficacité, malgré les contraintes réglementaires et méthodologiques, grâce à une implication forte des différents acteurs et aux importants efforts humains et financiers consentis. Afin d’améliorer la qualité et la valorisation des données produites, une application informatique pilote, développée dans le cadre du projet « Qualiplan » portant dans un premier temps sur les plans relatifs aux résidus de médicaments vétérinaires, de facteurs de croissance et de pesticides, va permettre dès 2018 de mettre à disposition de la DGAL, des services déconcentrés et des laboratoires nationaux de référence (LNR) un ensemble d’indicateurs de qualité relatifs à la complétude et à la cohérence des données.