ANSES - Le Magazine

En France, Salmonella spp. et Campylobacter spp. sont les deux principaux agents bactériens responsables de zoonoses d’origine alimentaire, et Clostridioides difficile le 2^ème agent isolé des selles chez les patients ayant des troubles digestifs. La volaille est reconnue comme un réservoir pour ces trois pathogènes. Ce plan de surveillance officiel réalisé sur l’année 2022 avait pour but de mettre à jour les données sur Salmonella spp. et Campylobacter spp. sur les produits de volaille avec peau (cuisses) et sans peau (escalopes) à la distribution et d’obtenir des données sur C. difficile sur ces mêmes matrices. La prévalence de Salmonella spp., Campylobacter spp.et C. difficile, est respectivement de 0,9 % (n=2435 unités), de 49,2 % (n=2425 unités) et de 0,9% (n=465 unités). Pour l’ensemble des pathogènes, la prévalence est plus élevée sur les produits avec peau. Pour Campylobacter spp, un effet saison a été observé, avec un pourcentage d’unités positives en Campylobacter spp. moins élevé en hiver (30,3%) que pendant les trois autres saisons (en moyenne 50,7 %). Le dénombrement de Campylobacter spp. réalisé sur ces matrices montre que 28% des escalopes et 31% des cuisses sont faiblement contaminées (≤10 UFC/g). Par ailleurs, 2,4 % des cuisses et 0,2 % des escalopes présentent plus de 1 000 UFC/g, valeur limite pour le critère d’hygiène à l’abattoir.

Les Escherichia coli producteurs de Shiga Toxines (STEC) sont des bactéries zoonotiques d'origine alimentaire associées à des cas d’infections sporadiques mais également des épidémies de grande envergure qui représentent un problème de santé publique de premier ordre. La consommation de viandes hachées de bœuf insuffisamment cuites et de fromages au lait cru contaminés par ces bactéries d’origine digestive d’animaux porteurs sains représente la principale voie de contamination par voie alimentaire de l’Homme en France. Les plans de surveillance menés en 2021 et 2022 avaient pour objectif d’établir les taux de contamination de viandes hachées de bœuf, et des fromages au lait cru (2022 uniquement) par les souches STEC identifiées comme les plus à risque en France. Plus globalement, ces plans permettent d’apprécier l’exposition du consommateur à ce danger ainsi que l’efficacité des mesures de prophylaxie mises en place par les professionnels.

Les résultats obtenus confirment que les taux de contamination des viandes hachées de bœuf sont faibles et du même ordre de grandeur que ceux obtenus dans les plans précédents. Les taux de contamination des fromages au lait cru sont en revanche un peu plus élevés que ceux observés lors des plans précédents, même s’ils restent faibles.

Les données obtenues indiquent que le risque d’exposition de l’Homme via la consommation des deux types d’aliments investigués dans cette étude reste limité. Des souches STEC hautement pathogènes pour l'Homme (ou EHEC Top5) ont pourtant été isolées dans un faible nombre d’échantillons analysés. Ces données rappellent donc l'importance de mettre en place des mesures de maîtrise et de surveillance de ce danger dans les filières. La sensibilisation des consommateurs au respect des conditions de cuisson et de consommation mentionnées sur l'étiquetage est également très importante.

Afin de contribueràpréserver l’efficacité des traitements antibiotiques pour l’Homme, l’Union européenne a mis en place dès 2003 un programme de surveillance de l’antibiorésistance dans le cadre de sa politique de lutte contre les zoonoses. Cette politique repose sur de précédentes initiatives scientifiques, nationales ou internationales, ayant vu le jour progressivement dès la mise en évidence dans les années 1960 du risque pour la santé publique de l’apparition de bactéries résistantes suite à des usages non thérapeutiques d’antibiotiques.Apartir de 2007, l’Autorité européenne de sécurité alimentaire (EFSA) a produit plusieurs documents permettant d’harmoniser les méthodes d’échantillonnage, de détermination des phénotypes de résistance, de collecte et d’analyse des données au niveau européen. Les espèces bactériennes principalement surveillées sont celles responsables de zoonoses (Campylobacter et Salmonella), mais la surveillance s’est aussi étendueàdes bactéries dites indicatrices comme Escherichia coli et les entérocoques. Fort de cette expérience, le dispositif semble maintenant se diriger vers une plus grande précision des données épidémiologiques collectées et une augmentation du nombre de couples espèce bactérienne-espèce animale surveillés afin de mieux évaluerle risque pourla population de contracter des bactéries résistantes aux antibiotiques via son alimentation.

L’objectif du réseau MedQual est de déterminerla sensibilité des souches bactériennes isolées à partir d’infections en milieu communautaire. Les données ont été recueillies depuis 2004 par MedQual, un réseau de laboratoires de biologie médicale. De 2004 à 2011, 254 223 souches d’E.coli isolées dans ces laboratoires ont été incluses. Elles provenaient essentiellement de prélèvements urinaires (98,7%). Cette surveillance confirme le caractère inquiétant de l’évolution de la résistance aux quinolones d’E.coli. En effet, pendant la période d’étude, la résistanceàl’acide nalidixique a augmenté progressivement (11,1% en 2004 et 16,1%en 2011 (P<0,001)). La résistanceàla ciprofloxacine a augmenté de 7,3% en 2006 à 9,8% en 2011 (P<0,001). Une augmentation avec l’âgeaété mise en évidence pour la résistance aux quinolones. Une augmentation du nombre de souches d’E. coli produisant une bétalactamineàspectre étendu (BLSE) est observée depuis 2008 (de 0,8%en 2008à2,4% en 2011). Nos données confirment la nécessité de surveiller l’émergence de ces souches en milieu communautaire. Une meilleure connaissance du comportement épidémiologique de ces bactéries multirésistantes contribuera à adapter les stratégies thérapeutiques à adopter vis à vis des traitements antibiotiques.

La persistance et circulation au sein de certains élevages bovins français de Mycobacterium bovis, agent de la tuberculose bovine, questionne l’efficacité du système de surveillance de cette maladie. Dans ce contexte, dans un premier temps, nous avions pour objectif de collecter des données qualitatives sur la réalisation par les vétérinaires de l’acte de dépistage par intradermotuberculination et sur leur perception de la lutte contre cette maladie afin de réaliser, dans un second temps, une estimation quantitative de ces pratiques et perceptions. Les résultats ont montré l’existence de non-conformités dans la réalisation de l’acte, notamment dans le choix du site d’injection, la vérification de la qualité de l’injection et la lecture des résultats. Des pratiques de sous-déclaration des résultats ont également été identifiées comme fréquentes. Les données relatives à la perception témoignaient d’une réelle conscience de la nécessité de la lutte et d’une certaine abnégation des vétérinaires, compte tenu des contraintes de terrain (techniques et pratiques) qui apparaissaient être un réel frein à la bonne réalisation du dépistage. Une perception positive de l’acte et de la lutte semblait associée à de meilleures pratiques, renforçant l’idée qu’une sensibilisation continue des vétérinaires est nécessaire, du besoin de limiter la pénibilité (meilleure contention) et de renforcer l’attractivité (rémunération, relationnel avec les autorités sanitaires, …) de la réalisation de ces dépistages.

Salmonella est depuis de nombreuses années un contaminant microbiologique majeur à l’origine d’épidémies d’origine alimentaires en France et en Europe. Dans ce contexte, le réseau Salmonella centralise, depuis 20 ans, des résultats de sérotypage de salmonelles isolées sur la chaîne alimentaire. Les laboratoires partenaires envoient des souches qui proviennent de toutes filières et de tous secteurs d’activités. Ces envois sont basés sur le volontariat. Cette surveillance événementielle complète les contrôles officiels réalisés chaque année. Ce volume massif de données collecté par l’Anses confirme les tendances et les émergences rapportées au niveau
européen. Toutes origines confondues, S. Typhimurium et ses variants monophasiques ainsi que S. Enteritidis demeurent majoritairement isolées (20 % des souches reçues).
L’optimisation de l’évaluation et de la gestion du risque de salmonellose chez l’Homme et l’animal implique la collecte de données de qualité, dans un pas de temps adapté. À la suite d’un processus d’évaluation de son fonctionnement, ce réseau a donc entamé en 2015 une profonde action de modernisation de ses outils analytiques mais également de pilotage, de partage et de communication de l’information pour mieux répondre aux besoins exprimés par l’ensemble des acteurs et utilisateurs de cette surveillance.

L’utilisation des promoteurs de croissance est interdite en élevage au sein de l’Union européenne depuis 1988. Afin de garantir au consommateur des denrées exemptes de résidus de ce type de substances, un dispositif européen de contrôle accompagne cette mesure, qui, en France, est organisé depuis 1988 dans le cadre des plans de surveillance et plans de contrôle (PSPC) mis en place par la Direction générale de l’alimentation. Le présent article rappelle le cadre réglementaire, les modalités de mise en oeuvre en termes de composés d’intérêt, d’espèces animales concernées, de matrices biologiques pertinentes et de stratégies analytiques adaptées. Plus particulièrement, cet article décrit le dispositif général de surveillance actualisé par les données issues des plans 2015 et 2016.

Le dispositif de surveillance des Trichinella spp en place à l’abattage des animaux de boucherie a pour objectif d’identifier les carcasses contaminées afin d’éviter leur entrée dans la chaîne alimentaire. Les données de surveillance obtenues en 2016 indiquent l’absence de détection de contamination de carcasses de chevaux à l’issue des contrôles officiels. Concernant les porcs, aucun cas n’a été détecté en France continentale que ce soit en élevage hors-sol ou plein air. En revanche, le parasite désormais installé en Corse, a été détecté sur 4 porcs plein-air. Côté faune sauvage, un sanglier originaire d’un autre pays a été détecté positif pour Trichinella spiralis dans un parc de chasse dans l’est de la France, et un sanglier autochtone confirmé positif pour T. britovi en Ariège. Dans ce contexte, il est essentiel de respecter la réglementation en vigueur et de renforcer le contrôle des carcasses de sangliers.

Le réseau de surveillance de l'antibiorésistance des bactéries pathogènes animales (Résapath) a publié en novembre 2018 son rapport pour l’année 2017. Avec 56 286 antibiogrammes colligés en 2017 et la participation de 71 laboratoires privés et publics en France, le réseau a encore sensiblement étendu son activité. Les niveaux et tendances des résistances des souches Escherichia coli aux antibiotiques d’importance critique témoignent d’une évolution favorable des résistances ces dernières années. Depuis dix ans, la tendance globale de la résistance est à la baisse pour presque tous les antibiotiques et pour presque toutes les espèces animales étudiées. S’agissant de la résistance à la colistine, les données montrent une situation maîtrisée sur dix ans avec une augmentation significative de la proportion de souches sensibles. En 2017, comme pour les années précédentes, la multirésistance des souches de E. coli reste plus élevée en filière bovine que dans les autres espèces animales considérées. Enfin, concernant les autres espèces bactériennes surveillées par le réseau, la proportion élevée de souches de Staphylococcus pseudintermedius résistantes à la méticilline chez les chiens (20%) constitue la principale problématique.