ANSES - Le Magazine

Durant les dernières décennies, la généralisation de l’élevage mono-spécifique intensif dans la filière piscicole et l’intensification des échanges de poissons et semences ont complexifié la gestion sanitaire des élevages dans les bassins de production. Les agents pathogènes tels que les rhabdovirus responsables de la septicémie hémorragique virale (SHV) et de la nécrose hématopoïétique infectieuse (NHI) sont désormais répertoriés par la nouvelle Loi de Santé Animale (LSA) en catégorie CDE (maladie soumise à programme d’éradication optionnel par les États Membres). Cette évolution réglementaire ne remet pas en question les statuts sanitaires reconnus précédemment et la surveillance qui permet le maintien des statuts. Le lancement en 2017 d’un Plan National d’Eradication et de Surveillance (PNES) soutenu financièrement par l’Union Européenne, plan dont l’objectif est d’obtenir à moyen terme le statut indemne pour la SHV et la NHI pour l’ensemble du territoire français, a permis de renforcer cette surveillance. Sur la période 2022-2023, les résultats des contrôles sanitaires confirment le maintien d'une situation sanitaire stable sur le territoire vis-à-vis de ces deux maladies mais également de l’herpès virose de la carpe (HVC), détectée régulièrement depuis plus d'une décennie en France et rétrogradée en catégorie E (maladie soumise à surveillance) dans la nouvelle LSA. Les laboratoires nationaux de référence (LNRs) des Etats-Membres de l’Union Européenne assurent, en parallèle, une surveillance active des maladies non réglementées et émergentes circulant sur le territoire européen.

La rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR) est une maladie provoquée par l’Herpesvirus bovin de type 1 (BoHV1) qui possède un tropisme respiratoire et génital. Dans l’élevage français, l’infection reste le plus souvent asymptomatique. Toutefois la maladie présente un enjeu commercial important tant à l’échelle nationale qu’internationale, ce qui a incité les professionnels à s’engager dans une démarche d’éradication de la maladie d’ici 2027, reprise et portée par l’Etat français auprès de la Commission européenne.

Ce programme d’éradication a fait l’objet d’une reconnaissance européenne en novembre 2020 qui se traduit par le déploiement des dispositions prescrites par la Loi de Santé Animale dans le cadre d’un arrêté ministériel paru en novembre 2021.

D’après les bilans de campagne réalisés chaque année, le renforcement des mesures sanitaires initié en 2016, puis la mise en œuvre de la Loi de Santé Animale en 2021, ont conduit à une baisse de la prévalence nationale à l’échelle des troupeaux de 2,04 % en 2021 à 0,8 % en 2024 et du nombre de troupeaux incidents de 448 à 86 sur la même période. La proportion de troupeaux sous appellation « indemne » s’établit à 95,9 % au 30 juin 2024 et celle des bovins « indemnes » à 96,6 %.

Cette dynamique doit maintenant être accentuée pour assurer l’atteinte de la cible en 2027 - soit moins de 300 troupeaux non indemnes à l’échelle nationale. Ainsi, l’arrêté ministériel publié en juin 2024 renforce les contraintes aux mouvements des bovins non indemnes, impose la réforme des bovins infectés et prévoit la qualification des ateliers d’engraissement dérogataires.

Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie pathogène responsable de la listériose, dont la voie de contamination est principalement alimentaire. La caractérisation des souches isolées de la chaîne agro-alimentaire contribue à mieux connaitre leur écologie et à évaluer les risques sanitaires liés aux aliments. Dans cette perspective, le Laboratoire National de Référence pour Listeria monocytogenes (LNR) s’est engagé depuis 2019 dans la caractérisation génomique systématique des souches isolées des contrôles officiels. Cet article décrit l’organisation mise en place pour cette caractérisation et présente les résultats obtenus sur la période 2019-2021. Sur six grandes catégories d’aliments, les souches se répartissent en quatre sérotypes et 83 complexes clonaux (CC). Ces résultats descriptifs montrent que les CC121 et CC9 sont majoritairement isolés, comme cela est décrit dans la littérature pour des souches d’origine alimentaire. Ils ont également permis d’identifier des clusters génomiques suggérant une persistance de souches de Lm ou la réintroduction par un intrant, dans certains lieux de transformation ou de stockage, ainsi que la présence de souches associées à une hypervirulence dans différents types de denrées alimentaires prêtes à consommer d’origine végétale ou animale. Les conclusions mettent en avant des axes d’optimisation du dispositif de surveillance génomique des Lm dans les aliments, impliquant le réseau de laboratoires officiels supervisé par le LNR et souligne l’intérêt des interactions avec le Centre National de Référence Listeria (CNR) en charge des alertes et de la surveillance des cas de listériose humaine pour une vision la plus exhaustive possible compatible avec la gestion des risques.

Les Escherichia coli producteurs de Shiga Toxines (STEC) sont des bactéries zoonotiques d'origine alimentaire associées à des cas d’infections sporadiques mais également des épidémies de grande envergure qui représentent un problème de santé publique de premier ordre. La consommation de viandes hachées de bœuf insuffisamment cuites et de fromages au lait cru contaminés par ces bactéries d’origine digestive d’animaux porteurs sains représente la principale voie de contamination par voie alimentaire de l’Homme en France. Les plans de surveillance menés en 2021 et 2022 avaient pour objectif d’établir les taux de contamination de viandes hachées de bœuf, et des fromages au lait cru (2022 uniquement) par les souches STEC identifiées comme les plus à risque en France. Plus globalement, ces plans permettent d’apprécier l’exposition du consommateur à ce danger ainsi que l’efficacité des mesures de prophylaxie mises en place par les professionnels.

Les résultats obtenus confirment que les taux de contamination des viandes hachées de bœuf sont faibles et du même ordre de grandeur que ceux obtenus dans les plans précédents. Les taux de contamination des fromages au lait cru sont en revanche un peu plus élevés que ceux observés lors des plans précédents, même s’ils restent faibles.

Les données obtenues indiquent que le risque d’exposition de l’Homme via la consommation des deux types d’aliments investigués dans cette étude reste limité. Des souches STEC hautement pathogènes pour l'Homme (ou EHEC Top5) ont pourtant été isolées dans un faible nombre d’échantillons analysés. Ces données rappellent donc l'importance de mettre en place des mesures de maîtrise et de surveillance de ce danger dans les filières. La sensibilisation des consommateurs au respect des conditions de cuisson et de consommation mentionnées sur l'étiquetage est également très importante.

Les salmonelloses non typhiques sont des zoonoses bactériennes transmises à l’Homme principalement par voie alimentaire. Salmonella représente la deuxième cause de toxi-infections alimentaires en France et en Europe, derrière Campylobacter. Evaluer et maitriser les risques sanitaires de salmonellose pour l’Homme nécessite de surveiller les sérovars susceptibles de circuler aux différentes étapes de la chaîne agro-alimentaire. Depuis plus de vingt ans, le réseau Salmonella, piloté par le Laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses, collecte et centralise des résultats de sérotypage de salmonelles isolées de la fourche à la fourchette. Cette surveillance évènementielle au niveau national, tous sérovars et toutes filières confondus, repose sur le volontariat des laboratoires partenaires ; elle est complémentaire des programmes de lutte officiels mis en œuvre par l’autorité de contrôles en filière avicole. En 2019, 135 laboratoires partenaires du réseau ont envoyé 2 972 souches à sérotyper par l’Anses et 10 584 résultats de sérotypage de salmonelles isolées de toutes filières, aux différents maillons de la chaîne agro-alimentaire. Par la centralisation de ces données au niveau national, le réseau Salmonella représente une source unique permettant d’apprécier la diversité et la circulation des salmonelles dans les différents réservoirs de la chaîne agro-alimentaire. Au-delà de cette activité de surveillance des salmonelles sur le territoire national, la base de données représente un patrimoine biologique sur lequel s’appuient les travaux de recherche et de référence de l’Agence.

Dans un contexte épidémiologique où la peste porcine africaine (PPA) présente depuis 2014 dans certains États-Membres de l’Est de l’Union Européenne (Pologne, Lituanie, Lettonie, Estonie), s’est étendue à la Moldavie (2016), Roumanie (2017), République Tchèque (2017), Hongrie (avril 2018), Belgique (septembre 2018), Slovaquie (juillet 2019), Serbie (août 2019), alors que la peste porcine classique (PPC) est éradiquée de tous les élevages au sein de l’Union européenne (EU), la démonstration du statut indemne de la France vis-à-vis de ces deux maladies et la détection précoce d’une émergence restaient les principaux objectifs de la surveillance menée sur la période de 2017 à 2019.

Comme les années précédentes, la vigilance à l’égard de la PPC a reposé sur une surveillance programmée des porcs et sangliers d’élevage et une surveillance événementielle en élevage et faune sauvage. La surveillance programmée est réalisée par sérologie en élevage de sélection-multiplication, et par sérologie et virologie à l’abattoir. La vigilance à l'égard de la PPA a reposé sur une surveillance événementielle en élevage de porcs et sangliers et une surveillance accrue des sangliers sauvages trouvés morts sur le terrain.

Ainsi en trois ans (2017-2019), les surveillances programmée et évènementielle des pestes porcines conduites chez les porcs domestiques et les sangliers en élevage ou à l’abattoir ont été à l’origine de soixante-et-un arrêtés préfectoraux de mise sous surveillance (APMS). Toutes ces suspicions ont été infirmées. 

La diarrhée épidémique porcine (DEP) apparue en Europe à la fin des années 1970 est due à un alpha-coronavirus appelé virus de la diarrhée épidémique porcine (vDEP). Une ré-émergence du virus conduisant à des épizooties sévères a été rapportée en Asie à partir de 2010, puis en Amérique à partir de 2013. Deux génotypes de souches de vDEP, se différenciant par des insertions/délétions dans le gène S, ont été isolés et circulent toujours actuellement dans ces régions. Ils regroupent d’une part les souches « S-InDel » moyennement virulentes présentes sur tous les continents, notamment en Europe y compris la France, et d’autre part les souches « S-non-InDel » hautement virulentes qui circulent en Asie et sur le continent américain uniquement. Les porcs infectés par le vDEP sont sujets à d’importantes diarrhées aqueuses ainsi qu’à des vomissements parfois accompagnés de signes de déshydratation. Les conséquences de la maladie sont particulièrement importantes en cas d’infection par une souche « S-non-InDel », la mortalité pouvant atteindre 100 % chez les porcelets sous la mère. La maladie sous sa forme hautement virulente est un danger sanitaire de catégorie 1 (DS1) en France, alors que sous sa forme moyennement virulente il s’agit d’un DS2 nécessitant une déclaration obligatoire et la mise en place de mesures de gestion par les professionnels. Une surveillance évènementielle est mise en place depuis 2014 pour la détection des évènements sanitaires pouvant être en lien avec le vDEP. Depuis 2014, la France a été confrontée à un nombre limité de foyers déclarés (7) qui étaient tous liés à des virus moyennement virulents « S-InDel ». Ils ont été assainis par des mesures de compartimentation, d’hygiène renforcée et de biosécurité, sauf pour un foyer qui a fait l’objet d’un dépeuplement. Par ailleurs, la situation épidémiologique sur le territoire français semble favorable au regard des résultats des enquêtes de séroprévalence nationales réalisées aux étages production et sélection-multiplication en 2018. Les souches hautement virulentes continuent de circuler en Asie et en Amérique du Nord et la vigilance doit être maintenue à l’égard de ces souches qui ont un potentiel de propagation considérable et auraient un impact économique très important sur la filière