ANSES - Le Magazine

Campylobacter spp. et Salmonella spp. sont les deux premiers  agents zoonotiques responsables de gastro-entérites en Europe. Le porc est reconnu comme un réservoir à Campylobacter spp. et Salmonella enterica. Ce plan de surveillance mené en 2023 avait pour objet de mettre à jour les données de prévalence de ces deux agents pathogènes dans les élevages de porcs conventionnels en France. Cinq pédichiffonnettes ont été réalisées par élevage dans 150 élevages naisseurs-engraisseurs ou engraisseurs, au stade « engraissement », deux semaines avant le départ à l’abattoir.

Parmi ces élevages, 44,9 % avaient au moins une pédichiffonnette positive pour Campylobacter spp. L’espèce C. coli est toujours majoritaire (91,0 % des souches), toutefois, l’espèce C. jejuni a également été isolée (5,4 % des souches). Parmi ces élevages, 56 % avaient au moins une pédichiffonnette positive pour S. enterica. La prévalence de S. enterica a augmenté de plus de 30 % en 15 ans avec une place importante prise par le variant monophasique de Salmonella Typhimurium (4,[5],12:i:-). Dans ce plan de surveillance, 40,8 % des souches avaient ce sérotype, alors que celui-ci n’était pas isolé dans les élevages il y a quinze ans.

Ce plan exploratoire sur la contamination des élevages de porcs par Campylobacter spp. et Salmonella spp. démontre qu’il est important de poursuivre la mise en place de ce plan pour surveiller  l’émergence de C. jejuni et la situation du variant monophasique de Salmonella Typhimurium.

Après deux années d’épizooties majeures liées au sous type H5N1 de clade 2.3.4.4.b, la saison 2023-2024 marque une sortie de crise avec dix foyers déclarés en élevages sur la période, détectés essentiellement par la surveillance évènementielle. Les virus détectés restent cette saison encore, restreints au sous-type H5N1 du clade 2.3.4.4b. La saison a néanmoins été impactée par des cas dans les populations d’oiseaux sauvages, notamment certaines espèces de laridés suggérant une circulation enzootique à bas bruit chez ces espèces. Un autre élément marquant de cette saison, comme pour les deux précédentes, réside dans l’absence d’intersaison habituellement observée pour cette maladie, avec la détection de cas d’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) toute l’année. Aucun cas n’a été détecté chez des mammifères terrestres en France sur la période. L’enquête sérologique annuelle mise en place dans les élevages de volailles n’a par ailleurs pas détecté de lot séropositif pour l’IA H5 ou H7. Malgré un faible nombre de foyers et de cas confirmés, le nombre de suspicions reste élevé, ce qui témoigne d’un niveau de vigilance élevé de la part de tous les acteurs. Celle-ci est nécessaire et doit être maintenue dans le contexte d’une évolution constante et imprévisible des virus de l’IAHP.

Le séquençage du génome entier (Whole Genome Sequencing - WGS) constitue une avancée majeure pour la surveillance des zoonoses d’origine alimentaire. Depuis 2020, l’Anses, en lien avec la DGAL, explore cette technologie dans une approche structurée, avec pour objectifs d’améliorer la détection des foyers, l’attribution des sources et le suivi des résistances, dans une logique One Health. Le déploiement, amorcé début 2024, cible en priorité six problématiques sanitaires d’intérêt majeur liées à la sécurité sanitaire des aliments (Salmonella, Listeria monocytogenes, Campylobacter, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, et les gènes d’antibiorésistance). Il repose sur une organisation coordonnée, un stockage centralisé des données, l’harmonisation des analyses bioinformatiques et une gouvernance interinstitutionnelle. L’adoption du Règlement (UE) 2025/179 rend obligatoire la transmission des données WGS à l’EFSA à partir d’août 2026 pour certaines bactéries pathogènes. Cette évolution implique une montée en compétence des laboratoires et leur accréditation, une standardisation des échanges de données et une priorisation stratégique des pathogènes ciblés. Le WGS s’affirme ainsi comme un outil central de la surveillance microbiologique intégrée, à forte valeur ajoutée pour la santé publique, y compris dans les domaines de la santé animale et de la santé des végétaux.

En France, Salmonella spp. et Campylobacter spp. sont les deux principaux agents bactériens responsables de zoonoses d’origine alimentaire, et Clostridioides difficile le 2^ème agent isolé des selles chez les patients ayant des troubles digestifs. La volaille est reconnue comme un réservoir pour ces trois pathogènes. Ce plan de surveillance officiel réalisé sur l’année 2022 avait pour but de mettre à jour les données sur Salmonella spp. et Campylobacter spp. sur les produits de volaille avec peau (cuisses) et sans peau (escalopes) à la distribution et d’obtenir des données sur C. difficile sur ces mêmes matrices. La prévalence de Salmonella spp., Campylobacter spp.et C. difficile, est respectivement de 0,9 % (n=2435 unités), de 49,2 % (n=2425 unités) et de 0,9% (n=465 unités). Pour l’ensemble des pathogènes, la prévalence est plus élevée sur les produits avec peau. Pour Campylobacter spp, un effet saison a été observé, avec un pourcentage d’unités positives en Campylobacter spp. moins élevé en hiver (30,3%) que pendant les trois autres saisons (en moyenne 50,7 %). Le dénombrement de Campylobacter spp. réalisé sur ces matrices montre que 28% des escalopes et 31% des cuisses sont faiblement contaminées (≤10 UFC/g). Par ailleurs, 2,4 % des cuisses et 0,2 % des escalopes présentent plus de 1 000 UFC/g, valeur limite pour le critère d’hygiène à l’abattoir.

L’exécution du programme de lutte contre les salmonelles en 2023 a montré une dégradation par rapport à 2022 de la situation épidémiologique des filières avicoles françaises vis-à-vis des salmonelles du groupe 1, dans un contexte général de baisse de production. Dans la filière poulets de chair, une augmentation du nombre de foyers chez les reproducteurs de poulets de chair en multiplication a été observée par rapport à 2022, en lien possible avec l’arrêt des prélèvements de confirmation. Cependant, cette hausse à l’étage multiplication n’a pas eu de répercussion observée sur la prévalence en production, qui reste identique à 2022. En filière dindes de chair, aucun foyer de salmonelles du groupe 1 n’a été détecté chez les reproducteurs en sélection et multiplication. Néanmoins, une dégradation de la situation sanitaire est notée en production de dindes de chair, où la prévalence d’infection par les salmonelles du groupe 1 atteint le seuil limite de 1% des troupeaux. En filière œufs de consommation, aucun foyer n’est recensé à l’étage reproduction, comme les années précédentes, mais en production, la prévalence d’infection a dépassé le seuil de prévalence limite fixé par la règlementation européenne à 2%. 

Les infections intestinales à Campylobacter comptent parmi les zoonoses les plus fréquentes en Europe. La consommation de viande de volaille et secondairement de porc ou de veau constitue la principale source de contamination. Seuls les cas sévères chez des patients fragilisés ou les infections extra-intestinales font l’objet d’un traitement antibiotique. La surveillance de l’antibiorésistance des souches de Campylobacter (C.) jejuni et C. coli isolées de porc d’engraissement et de bovin de moins d’un an est réalisée de façon bisannuelle en France (en alternance avec la volaille) conformément à la décision d’exécution de la Commission Européenne 2020/1729/UE. Elle cible six familles d’antibiotiques. Cette surveillance a révélé des taux de résistance élevés vis-à-vis de la ciprofloxacine et faibles, voire nuls, vis-à-vis de l’ertapénème, deux antibiotiques critiques pour la santé humaine. La résistance à l’érythromycine, antibiotique majeur contre les infections à Campylobacter, est faible pour C. jejuni et modérée pour C. coli. Les taux de résistance sont faibles vis-à-vis de la gentamicine et élevés vis-à-vis de la tétracycline. Aucune résistance n’a été détecté pour le chloramphénicol. De manière générale, l’antibiorésistance est plus importante chez C. coli par rapport à C. jejuni et au sein de C. coli chez le veau par rapport au porc. 

Yersinia enterocolitica est le 3^ème agent zoonotique pathogène rapporté en Europe avec le biotype BT4 le plus fréquent dans les cas de yersiniose. Le porc est un réservoir de ce pathogène, il l’héberge dans sa cavité orale et son tractus digestif. Le désossage de la tête peut être une étape à risque. Le niveau de contamination par Y. enterocolitica pathogène des joues, langues et autres viandes de porc à la distribution a été évalué au travers d’un plan exploratoire déployé par la DGAL, en 2023. Sur 9 mois, 111 échantillons de joues, 104 de langues et 160 de viandes fraiches ont été prélevés à la distribution sur 13 régions. Sur les 375 échantillons, le taux de contamination en Y. enterocolitica pathogène est de 16,0% avec une contamination plus élevée pour les langues (39,4%) suivie de celle des joues (16,2%). Un seul échantillon de viande fraîche s’est avéré contaminé. Sur les 125 souches isolées, 97,6 % sont de biotype BT4.Ce plan exploratoire a permis l'acquisition de données de contamination sur des nouvelles matrices de porcs au stade de la distribution en métropole française. Avec une contamination de 16 % et un biotype BT4 majoritairement retrouvé sur ces matrices, cet agent zoonotique reste un agent à surveiller chez le porc. Les contaminations plus élevées sur les langues et les joues, et plus faible sur la viande suggère que l’étape de désossage de la tête serait plus à risque que l’étape d’éviscération pour la contamination des porcs par Yersinia enterocolitica pathogène.

La réglementation européenne relative aux contrôles officiels exige la saisie à l’abattoir des carcasses et abats impropres à la consommation humaine. Cet article constitue une analyse exploratoire des données d’inspection post mortem collectées par les services vétérinaires d’inspection dans les abattoirs de bovins de France métropolitaine entre 2016 et 2019.

Le taux global de saisie sur la période était de 4,5 % pour les gros bovins et de 1,4 % pour les veaux ; le taux de saisies totales était de 0,7 et 0,3 %, et le taux de saisies partielles de 3,9 et 1,1 % pour les gros bovins et les veaux respectivement. Les trois principaux motifs de saisie étaient : abcès (19,6 % des animaux saisis), sclérose musculaire (18,2 %) et infiltration séreuse du tissu conjonctif (14,1 %) pour les gros bovins, tiquetage musculaire (14,2 %), abcès (14,1 %) et souillures fécales (13,7 %) pour les veaux. Les futures analyses permettront d'étudier l'influence des caractéristiques des animaux sur la prévalence de certains motifs de saisie, ainsi que les liens entre les motifs de saisie ante mortem et post mortem. Ces éléments pourraient utilement appuyer la réflexion du gestionnaire du risque dans la modernisation de l’inspection en abattoir.

Les salmonelles, bactéries ubiquitaires, représentent la deuxième cause la plus fréquente de toxi-infections alimentaires bactériennes en France et en Europe. Dans ce contexte, l’Anses exerce une activité de surveillance de la chaîne alimentaire via le réseau Salmonella qui centralise, depuis plus de vingt ans, des résultats de sérotypage de salmonelles d’origine non humaine. Un outil statistique d’analyse de séries temporelles a été développé pour analyser ces données de surveillance. Il permet de détecter précocement des augmentations inhabituelles de la présence de certains sérovars aux niveau national, régional ou encore dans une filière spécifique, susceptible de présenter un risque pour le consommateur. Le couplage de cette approche statistique et de l’analyse génomique des souches permet de caractériser finement ces évènements inhabituels d’un point de vue épidémiologique. Cet article décrit un exemple de cette approche combinée déployée suite à l’augmentation inhabituelle de la détection de Salmonella Goldcoast au cours de la période 2018-2019 en France. Les analyses épidémiologiques et génomiques ont mis en évidence un cluster majoritaire lié à la filière avicole.

Des signes cliniques ont également été rapportés chez des ovins et des caprins infectés par le virus BTV-4 en Corse. Les signes cliniques les plus fréquents étaient : l’abattement ou la dépression (78 %), l’œdème de la face, inter-mandibulaire ou du mufle (42 %), le jetage nasal, la perte d’appétit ou l’anorexie, et l’hyperthermie (33 %). Aucun foyer clinique de FCO-4 n'a été détecté en France continentale à ce jour. Cependant, le faible nombre de foyers détecté depuis novembre 2017, majoritairement durant une période d’inactivité vectorielle, laisse envisager une possible apparition de foyers cliniques au printemps-été 2018. La surveillance événementielle est donc fondamentale afin de surveiller les évolutions possibles de la circulation virale et de l’impact clinique du BTV-4.