Après deux années consécutives (2018 et 2019) durant lesquelles la France est demeurée indemne d’Influenza Aviaire Hautement Pathogène (IAHP) dans les élevages de volailles domestiques, le pays a subi des épizooties majeures au cours des deux saisons suivantes. Celle de 2021-2022 a été particulièrement intense, entraînant près de 1 400 foyers en élevages contre 500 lors de l’épizootie précédente. D’une ampleur jusque-là inédite, cette épizootie a présenté la particularité de toucher l’ensemble des bassins majeurs de production avicoles.
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Bilan de la surveillance de la brucellose des petits ruminants en France métropolitaine entre 2020 et 2022 – publié le
12/22/2023
Aucun foyer de brucellose n’a été détecté dans un élevage de petits ruminants en France métropolitaine depuis 2003. Depuis 2021, les départements métropolitains sont tous reconnus officiellement indemnes par l’Union Européenne. Les dispositifs de surveillance de la brucellose des petits ruminants combinent surveillance événementielle (fondée sur la déclaration des avortements) et programmée (par dépistage sérologique régulier). Ils ont montré l’absence de foyers entre 2020 et 2022. Comme pour les années précédentes, l’analyse des données de surveillance suggère cependant une très faible sensibilisation des éleveurs à la déclaration des avortements, ce qui reste un point de fragilité important du système de surveillance.
Qualiplan, dispositif d’évaluation et d’amélioration de la qualité des données des plans de surveillance et de contrôle des contaminants de la chaine alimentaire pilotés par la Direction générale de l'alimentation (DGAL) – publié le
07/09/2022
Chaque année, la Direction générale de l’alimentation (DGAL) pilote et coordonne la mise en œuvre de plans de surveillance et de contrôle (PS/PC). Cette brève présente « Qualiplan », le dispositif d’évaluation et d’amélioration de la qualité des données des plans de surveillance et de contrôle des contaminants de la chaine alimentaire.
[SSA] Le système de surveillance des contaminants dans la chaîne alimentaire piloté par la DGAL: bilan des campagnes 2017 à 2019 des plans de surveillance et de contrôle – publié le
12/07/2021
La direction générale de l’alimentation (DGAL) du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation pilote un système de surveillance de la contamination des productions alimentaires. Son objectif principal est de vérifier la conformité sanitaire des productions et de suivre les niveaux de contamination dans les denrées alimentaires et les aliments pour animaux.
Le taux de réalisation des prélèvements prévisionnels s’échelonne entre 80 et 100 % et est fréquemment supérieur à 95 %. De 2017 à 2019, environ 60 000 à 70 000 prélèvements annuels ont été effectués dans toutes les filières, aux différentes étapes de la chaîne alimentaire et plus d’un million de résultats d’analyses ont été produits.
Les résultats de ces trois années de campagne marquent une relative stabilité de la situation sanitaire française. Les taux de contamination (généralement < 1 %) et les taux de non-conformités observés vis-à-vis des seuils réglementaires s’inscrivent dans la continuité des années précédentes. Cependant, certains couples contaminant/matrice prélevés présentaient des taux de non-conformités plus élevés, tels que certains contaminants biologiques dans les produits de la pêche, les coquillages et les viandes de volaille, des métaux lourds dans les viandes de gibiers sauvages, abats d’équins, produits de la pêche et des produits phytopharmaceutiques dans les végétaux.
En partenariat avec l’Anses, la DGAL déploie depuis 2018 une application informatique, dénommée Qualiplan, pour améliorer la qualité des données collectées dans le cadre de ces plans. La pleine utilisation de cet outil est attendue à compter de 2020 pour les plans qui y sont intégrés.
Diffusion en 2020, dans les élevages de porcs du nord-ouest de la France, d’un virus influenza porcin H1avN2 d’un génotype nouvellement introduit en Bretagne – publié le
01/28/2021
La surveillance évènementielle des virus influenza A porcins (swIAVs) menée en France depuis le début des années 2000 montrait, jusqu’en 2018, une prédominance des virus de sous-types H1avN1 et H1huN2, lesquels comptaient en moyenne pour environ 65 % et 20-25 % des virus identifiés chaque année (Chastagner et al., 2020). En 2019, le nombre de cas de grippe dus à des souches H1huN2 a diminué, mais le nombre de virus H1avN2 a augmenté, ce qui a conduit à une légère modification des proportions des divers sous-types viraux. En 2020, le nombre total d’épisodes grippaux investigués par le réseau national Résavip, par Ceva Santé Animale ou par l’Anses (lors d’audits spécifiques) a nettement augmenté, conduisant à l’identification de 219 souches virales entre janvier et mi-novembre 2020, presque deux fois plus qu’en 2019 sur douze mois (119 souches) ou que les années précédentes (139 en 2018 et 110 en 2017). Les proportions des différents lignages de swIAVs, dont l’hémagglutinine (HA) et la neuraminidase (NA) ont été caractérisées par sous-typage moléculaire, apparaissent fortement modifiées puisque parmi eux on décompte 133/219 H1avN2 mais seulement 63/219 H1avN1 et 12/219 H1huN2. La proportion de H1N1pdm (9/219) a également diminué, en dépit d’un nombre stable de foyers d’infection par ce virus comparativement à 2019, et deux souches réassortantes H1pdmN2 ont été identifiées.
[MRE] Bilan d’exécution du programme de lutte contre salmonella dans les troupeaux des espèces Gallus gallus et Meleagris gallopavo en 2015-2018 – publié le
07/07/2020
L’exécution du programme de lutte contre les salmonelles sur la période 2015-2018 a montré que la France a répondu aux objectifs de prévalence fixés par l’UE dans toutes les filières sur cette période. Le nombre de foyers à salmonelles classées dangers sanitaires de première catégorie est resté relativement stable par rapport aux années précédentes (période 2011-2014) aux étages de sélection et de multiplication, malgré plusieurs cas de contamination d’origine commune (via l’aliment pour volailles notamment). En filière Gallus gallus œufs de consommation, les foyers étaient également stables par rapport aux années précédentes (période 2011-2014) à l’étage de production, et quasi-absents aux étages de sélection et de multiplication. La comparaison du nombre de suspicions et foyers avant et après la publication de l’arrêté du 1er août 2018 a montré une nette diminution du recours à l’échantillonnage de confirmation en filière Gallus gallus œufs de consommation. En filières Meleagris gallopavo et Gallus gallus chair de production, on note une diminution du nombre de foyers à S. Enteritidis sur 2015-2018, en parallèle d’une augmentation du nombre de foyers à S. Typhimurium variant 1,4,[5],12:i:-. Le nombre de foyers à S. Typhimurium en filières Meleagris gallopavo et Gallus gallus chair de production a diminué en France métropolitaine, alors qu’il a augmenté à La Réunion. L’utilisation de techniques moléculaires de caractérisation des souches bactériennes vient en appui aux enquêtes épidémiologiques et contribue à renforcer le dispositif sanitaire national.
Évaluation des coûts liés aux dispositifs de surveillance de la fièvre catarrhale ovine en France continentale suite à la résurgence de 2015 – publié le
05/14/2020
La nécessité de disposer de systèmes de surveillance efficients des maladies infectieuses animales rend nécessaire des études sur le coût de ces dispositifs. L’objectif de ce travail était de quantifier les coûts de la surveillance de la fièvre catarrhale ovine (FCO) au sein de la filière bovine et du suivi entomologique à la suite de la résurgence du sérotype 8 de la FCO en France continentale en septembre 2015. Les honoraires vétérinaires ont été extraits des conventions départementales entre les professions vétérinaires et agricoles et de la réglementation, les coûts unitaires des analyses ont été fournis par laboratoires agréés et le volume de chaque opération a été obtenu du système d’information de la DGAl (Sigal), du Laboratoire national de référence FCO et du Cirad. Entre septembre 2015 et décembre 2016, le coût total des opérations de surveillance en filière bovine a été estimé à 14,4 M€ HT, incluant 8,6 M€ HT pour les dépistages pré-mouvements à la charge des éleveurs, 4 M€ HT pour les enquêtes programmées, 1,6 M€ HT pour la gestion des suspicions, et 148 k€ HT pour la surveillance évènementielle, prises en charge par l’Etat. Le coût des opérations de surveillance entomologique a été estimé à 214 k€ HT, payés par l’Etat. Ces estimations sont sous-estimées car elles ne prennent pas en compte les coûts liés à la gestion administrative et à l’animation du dispositif de surveillance bovine. La connaissance des coûts du système de surveillance est un travail nécessaire à l’évaluation coût-efficacité de chaque dispositif, et à l’identification des pistes d’amélioration pour répondre aux enjeux à la fois sanitaire et budgétaire imposés par des contraintes toujours plus importantes.
Le réseau Salmonella, un dispositif de surveillance des salmonelles de la fourche à la fourchette: bilan 2016 – publié le
12/24/2019
Salmonella est depuis de nombreuses années un contaminant microbiologique majeur à l’origine d’épidémies d’origine alimentaires en France et en Europe. Dans ce contexte, le réseau Salmonella centralise, depuis 20 ans, des résultats de sérotypage de salmonelles isolées sur la chaîne alimentaire. Les laboratoires partenaires envoient des souches qui proviennent de toutes filières et de tous secteurs d’activités. Ces envois sont basés sur le volontariat. Cette surveillance événementielle complète les contrôles officiels réalisés chaque année. Ce volume massif de données collecté par l’Anses confirme les tendances et les émergences rapportées au niveau
européen. Toutes origines confondues, S. Typhimurium et ses variants monophasiques ainsi que S. Enteritidis demeurent majoritairement isolées (20 % des souches reçues).
L’optimisation de l’évaluation et de la gestion du risque de salmonellose chez l’Homme et l’animal implique la collecte de données de qualité, dans un pas de temps adapté. À la suite d’un processus d’évaluation de son fonctionnement, ce réseau a donc entamé en 2015 une profonde action de modernisation de ses outils analytiques mais également de pilotage, de partage et de communication de l’information pour mieux répondre aux besoins exprimés par l’ensemble des acteurs et utilisateurs de cette surveillance.
APPORT DU RESAPATH POUR LA CARACTERISATION PHENOTYPIQUE DES RESISTANCES DES BACTERIES RESPONSABLES DE MAMMITES CHEZ LES VACHES LAITIERES EN FRANCE – publié le
03/28/2019
Les mammites sont les infections bactériennes les plus fréquentes chez les vaches laitières. Leur prévention comme leur traitement passent souvent par l’utilisation d’antibiotiques, ce qui peut favoriser le développement de résistances. L’objectif de cette étude était d’estimer les niveaux et tendances des résistances aux antibiotiques des trois principales bactéries responsables de mammites en France (Streptococcus uberis, Escherichia coli et les staphylocoques à coagulase positive). Les données collectées entre 2006 et 2016 par le Réseau de surveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales (Résapath) ont été analysées. Les tendances ont été investiguées par des modèles non linéaires (modèles additifs généralisés). Sur la période étudiée, quelle que soit la bactérie considérée, les niveaux de résistance étaient le plus souvent inférieurs à 25 %. Pour S. uberis, tous les niveaux de résistance étaient en augmentation au cours de la seconde moitié de la période d’étude. Chez les staphylocoques, toutes les tendances des résistances étaient stationnaires ou décroissantes, excepté la résistance à la céfoxitine qui a augmenté entre 2014 et 2016. Pour seulement deux combinaisons bactérie-antibiotique, le niveau de résistance a augmenté de façon continue de 2006 à 2016 : la résistance à la tétracycline chez S. uberis (atteignant 20,4 % en décembre 2016) et la résistance aux céphalosporines de troisième génération (C3G) chez E. coli (atteignant 2,4 % en décembre 2016). Cette dernière augmentation est particulièrement préoccupante car les C3G constituent l'une des dernières alternatives thérapeutiques pour lutter contre certaines maladies infectieuses graves chez l'Homme et sont qualifiés d’antibiotiques critiques par l’EMA.
Évolution de la situation épidémiologique de la fièvre catarrhale ovine en Europe de 2014 à 2017 – publié le
06/29/2018
Depuis 2014, de nombreux foyers de fièvre catarrhale ovine (FCO) sont déclarés en Europe chaque année, principalement de sérotype 4, mais aussi de sérotype 1 (Italie, Croatie, Espagne, Portugal) et de sérotype 8 (France, Chypre, Suisse). On observe une diminution du nombre de foyers de FCO-1 depuis 2014, ainsi qu’une augmentation du nombre de foyers de FCO-4 et, depuis 2015, de FCO-8. L’année 2017 a été marquée par une importante épizootie de sérotype 4 qui a frappé la Sardaigne et la Corse de fin juin à décembre 2017 et l’introduction de ce sérotype 4 en France continentale. Le sérotype 2 a été identifié en Italie en 2014, le sérotype 3 a été détecté pour la première fois en Europe en Sicile en 2017, et le sérotype 16 a été signalé à Chypre en 2014, puis en Grèce et en Turquie à partir de septembre 2017. La situation épidémiologique de la FCO en Europe est donc complexe et le maintien d’un niveau de vigilance élevé est nécessaire car le changement climatique, l’évolution des aires de distribution des insectes vecteurs et les mouvements d’animaux constituent des facteurs de risque d’introduction de nouveaux sérotypes en Europe.