ANSES - Le Magazine

La France est officiellement indemne de tuberculose due à Mycobacterium bovis. Cependant quelques foyers bovins ainsi que des animaux sauvages infectés sont régulièrement détectés sur le territoire métropolitain. L’appréciation de la situation sanitaire nationale vis-à-vis de la tuberculose bovine repose sur deux dispositifs dédiés, l’un à la surveillance des bovins et l’autre à la surveillance des principales espèces sauvages sensibles (Sylvatub).

En 2020, à partir de l’ensemble des modalités de surveillance, 104 foyers bovins ont été confirmés infectés ainsi que 99 blaireaux dans des zones géographiquement proches de celles des foyers bovins. Le taux d’incidence apparent national dans les troupeaux bovins était de 0,065 %, il était de 0,06 % en 2019.

Comme les années précédentes, la distribution géographique des cas et foyers était hétérogène. Le renforcement de la surveillance dans les zones d’enzootie connues a été poursuivi. Ainsi, si cette infection reste rare, l’analyse conjointe des résultats des deux dispositifs (Sylvatub et surveillance des bovins) souligne l’importance de maintenir les efforts sur l’ensemble du territoire métropolitain pour atteindre les objectifs de surveillance.

Depuis que la France métropolitaine a été officiellement déclarée indemne de rage en 2001, les cas identifiés ont été principalement limités aux chauves-souris autochtones et aux carnivores domestiques illégalement importés sur le territoire et en phase d’incubation de la maladie. Comme les années précédentes, le réseau d’épidémiosurveillance de la rage s’est principalement tourné vers la surveillance de la rage des carnivores domestiques et des chiroptères tant au niveau de la métropole que de l’Outre-Mer. Au cours de la période 2017-2020, 35 cas de rage ont été identifiés : 32 sur des sérotines communes et un cas sur un minioptère de Schreibers (portant à 111 le nombre de cas de rage identifiés chez des chiroptères depuis 1989), ainsi que deux cas de rage sur des animaux de compagnie (chien et chat). La détection annuelle sur le territoire métropolitain de chauves-souris infectées, l’identification récurrente de cas de rage animale d’importation et la découverte de nouvelles espèces de lyssavirus plaident pour le renforcement de la sensibilisation des différents acteurs à la surveillance épidémiologique dans toutes les régions françaises ainsi que de la sensibilisation du grand public au risque que représente encore la rage. Hors métropole, la surveillance s’est poursuivie, mais aucun cas n’a été rapporté.

La surveillance de Campylobacter en France est conduite aux différents maillons de la chaîne alimentaire, de l’élevage jusqu’au consommateur. Elle implique de nombreux acteurs dont Santé Publique France (SPF), le Centre National de Référence (CNR) des Campylobacters et Helicobacters, la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL), La Direction Générale de la Concurrence, de la Consommation et de la répression des Fraudes (DGCCRF),  le Laboratoire National de Référence (LNR) Campylobacter ainsi que les laboratoires d’analyses médicales et vétérinaires. Les abattoirs de volailles sont impliqués dans cette surveillance par l’application du critère d'hygiène du procédé pour Campylobacter sur les carcasses de poulets de chair publié en 2018. Campylobacter reste toujours le premier agent zoonotique responsable de gastro-entérites devant Salmonella et C. jejuni demeure l’espèce la plus impliquée dans les cas humains. Campylobacter est prévalent dans les filières de productions animales ; les filières avicoles et bovines étant identifiées comme principales sources des infections humaines à C. jejuni. Les plans de surveillance (ou exploratoires) mis en place par la DGAl affinent au fur et à mesure des années l’identification des matrices alimentaires à risque. Le séquençage du génome des souches isolées de ces matrices et la comparaison avec les génomes des souches humaines devrait être un outil pour appuyer la surveillance de ce pathogène.

Durant les campagnes 2016-2017 à 2020-2021, le dispositif de surveillance aléatoire de l’hypodermose bovine par analyses sérologiques et contrôles visuels a évolué. Historiquement conduit sur un échantillonnage départemental ou régional (1) et cela jusqu’en 2017-2018, ce dispositif s’établit depuis 2018-2019 sur la base d’un échantillonnage national. Du fait de la très bonne situation sanitaire, il est en effet devenu approprié que le statut vis-à-vis du varron soit défini au niveau national (France continentale) et non plus à un niveau local. En échantillonnant la surveillance aléatoire sur une zone de dimension plus grande, la loi hypergéométrique applicable produit par effet de conséquence un nombre moindre de cheptels à prélever. Cela conduit à réduire significativement le nombre de cheptels à contrôler dans le cadre du plan de contrôle aléatoire du programme varron, à niveau de garantie « zone assainie » équivalent. En conséquence de cet objectif, le plan de sondage a lui aussi évolué. Ainsi, bien que l’effectif cheptel contrôlé se soit considérablement réduit (proche de 3,5 % du cheptel bovin français en 2016-2017, celui-ci est désormais proche de 0,7 %), la surveillance permet de répondre à ce nouvel objectif. Sur ces cinq années, aucun foyer n’a été mis en évidence : la situation épidémiologique de la France vis-à-vis de l’hypodermose bovine reste donc très favorable. 

La consommation de poissons contenant des concentrations élevées en histamine peut entraîner une intoxication de type pseudo-allergique. La Direction générale de l’alimentation met en œuvre annuellement un plan de surveillance de l’histamine dans les produits de la pêche. Les modalités de l’échantillonnage ont évolué depuis 2017 en ciblant préférentiellement une espèce à risque par année, c’est-à-dire une espèce naturellement riche en histidine pouvant par contamination microbiologique générer de l’histamine. Au cours de cette période, d’autres amines biogènes potentiellement présentes ont été également recherchées à titre d’étude exploratoire. Cet article présente le bilan des quatre plans de surveillance réalisés entre 2016 et 2019. Au regard des espèces ciblées (principalement thon, maquereau et sardine), une très faible proportion des prélèvements s’est révélée non conforme vis-à-vis de la concentration maximale en histamine fixée par la réglementation : de 0% en 2016 à 2,13% en 2018. Sur la base hypothétique d’une toxicité équivalente de la cadavérine, la putréscine et la tyramine à celle de l’histamine, la somme des concentrations de ces amines biogènes aurait conduit à un dépassement du seuil réglementaire de l’histamine dans 2% des situations. Cette approche exploratoire et l’étude préliminaire des corrélations entre les niveaux de concentration des différentes amines biogènes doivent être consolidées par des données complémentaires. La mise en œuvre des prochains plans de surveillance selon les mêmes modalités permettrait de répondre à cette attente et de suivre la stabilité de ces résultats dans le temps.

Depuis la réémergence du sérotype 8 de la fièvre catarrhale ovine (FCO) en France continentale en 2015, une surveillance entomologique des populations de Culicoides a été redéployée à l’échelle de la métropole entre novembre 2015 et avril 2018, complétant le réseau de piégeages déjà en place en Corse depuis 2002. Pour la saison hivernale 2017-2018, cette surveillance aura permis de déclarer 16 départements en zone saisonnièrement indemne sur des durées variables. Suite à l’arrêt de la surveillance en France continentale en avril 2018, le réseau a continué de fonctionner en Corse et au port de Sète. De plus, des missions ponctuelles de surveillance de l’espèce d’origine afrotropicale Culicoides imicola, vectrice majeure du virus de la FCO, ont eu lieu en alternance une année sur deux, dans les Pyrénées-Orientales, où l’espèce n’est plus capturée depuis 2012, et dans le Var et les Alpes-Maritimes où l’on observe une stabilité de la distribution géographique et des abondances des populations depuis l’installation de l’espèce détectée en 2003. Les données d'abondance et de distribution relevée sur le long terme dans cette zone suggèrent que cette espèce exotique pourrait avoir atteint sa limite géographique nord dans le bassin méditerranéen.

Depuis 1999, la Direction générale de l’alimentation (DGAL) du ministère en charge de l’agriculture et l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail(Anses) surveillentla résistance aux antibiotiques, dans les denrées animales et d’origine animale. Chez les animaux de rente, cette surveillance concerne, Salmonella, Campylobacter, Escherichia coli, et les entérocoques et répond des exigences de la réglementation européenne. Ces plans de surveillance peuvent être mis en œuvre aux stades de l’abattoir, de l’atelier de découpe, de la distribution ou de l’élevage, pour les volailles, les porcs ou les bovins. Un réseau de laboratoires (comprenant des laboratoires départementaux et de l’Anses) réalise les analyses et détermine les profils de résistance des souches de bactéries isolées. Les résultats des dernières années sont présentés pour les céphalosporines de 3e et 4 e générations, les fluoroquinolones et les macrolides. Beaucoup de données ont été recueillies grâce à cette organisation, mais il serait utile d’harmoniser les systèmes de surveillance au niveau européen. Enfin, le dispositif français sera amélioré avec la mise en œuvre de plusieurs mesures du plan national de réduction des risques d’antibiorésistance en médecine vétérinaire.

Afin de contribueràpréserver l’efficacité des traitements antibiotiques pour l’Homme, l’Union européenne a mis en place dès 2003 un programme de surveillance de l’antibiorésistance dans le cadre de sa politique de lutte contre les zoonoses. Cette politique repose sur de précédentes initiatives scientifiques, nationales ou internationales, ayant vu le jour progressivement dès la mise en évidence dans les années 1960 du risque pour la santé publique de l’apparition de bactéries résistantes suite à des usages non thérapeutiques d’antibiotiques.Apartir de 2007, l’Autorité européenne de sécurité alimentaire (EFSA) a produit plusieurs documents permettant d’harmoniser les méthodes d’échantillonnage, de détermination des phénotypes de résistance, de collecte et d’analyse des données au niveau européen. Les espèces bactériennes principalement surveillées sont celles responsables de zoonoses (Campylobacter et Salmonella), mais la surveillance s’est aussi étendueàdes bactéries dites indicatrices comme Escherichia coli et les entérocoques. Fort de cette expérience, le dispositif semble maintenant se diriger vers une plus grande précision des données épidémiologiques collectées et une augmentation du nombre de couples espèce bactérienne-espèce animale surveillés afin de mieux évaluerle risque pourla population de contracter des bactéries résistantes aux antibiotiques via son alimentation.

En juillet 2019, un foyer de pullorose a été signalé dans un élevage de cailles dans l'ouest de la France. Un premier épisode avait été détecté sur ce même site quelques mois plus tôt. Compte tenu de son caractère exceptionnel et de l'importance des conséquences économiques potentielles de la pullorose, des investigations épidémiologiques et microbiologiques ont été menées en collaboration étroite avec le vétérinaire sanitaire, les services de l’Etat et l’éleveur. Salmonella Gallinarum et Salmonella Infantis ont été isolées à partir d'échantillons prélevés sur des oiseaux du site infecté. S. Infantis a aussi été isolée dans les prélèvements d’environnement avant et après les opérations de nettoyage et désinfection, ainsi que sur des ténébrions isolés dans le bâtiment à l’issue des opérations de décontamination. Une résurgence du premier épisode par transmission horizontale de S. Gallinarum est l’hypothèse la plus probable, confortée par la comparaison des souches isolées au cours des deux épisodes. La politique d'éradication drastique mise en place dans les années 1970 a permis d'éliminer cette maladie, cependant elle peut encore réapparaître de manière très sporadique dans les élevages de volailles. La vigilance de tous les acteurs des filières avicoles reste de mise et une sensibilisation à sa détection apparait nécessaire.