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En France, Salmonella spp. et Campylobacter spp. sont les deux principaux agents bactériens responsables de zoonoses d’origine alimentaire, et Clostridioides difficile le 2^ème agent isolé des selles chez les patients ayant des troubles digestifs. La volaille est reconnue comme un réservoir pour ces trois pathogènes. Ce plan de surveillance officiel réalisé sur l’année 2022 avait pour but de mettre à jour les données sur Salmonella spp. et Campylobacter spp. sur les produits de volaille avec peau (cuisses) et sans peau (escalopes) à la distribution et d’obtenir des données sur C. difficile sur ces mêmes matrices. La prévalence de Salmonella spp., Campylobacter spp.et C. difficile, est respectivement de 0,9 % (n=2435 unités), de 49,2 % (n=2425 unités) et de 0,9% (n=465 unités). Pour l’ensemble des pathogènes, la prévalence est plus élevée sur les produits avec peau. Pour Campylobacter spp, un effet saison a été observé, avec un pourcentage d’unités positives en Campylobacter spp. moins élevé en hiver (30,3%) que pendant les trois autres saisons (en moyenne 50,7 %). Le dénombrement de Campylobacter spp. réalisé sur ces matrices montre que 28% des escalopes et 31% des cuisses sont faiblement contaminées (≤10 UFC/g). Par ailleurs, 2,4 % des cuisses et 0,2 % des escalopes présentent plus de 1 000 UFC/g, valeur limite pour le critère d’hygiène à l’abattoir.

Cet article présente les résultats de la surveillance programmée et évènementielle des pestes porcines, maladies catégorisées ADE par la Législation européenne sur la Santé Animale (Règlement (UE) 2016/429), chez les suidés d’élevage et les sangliers sauvages sur l’ensemble du territoire français. Comme les années précédentes, la vigilance à l’égard de la Peste Porcine Classique (PPC) a reposé sur une surveillance programmée et évènementielle en élevages de porcs et de sangliers, ainsi que sur une surveillance évènementielle en faune sauvage. La surveillance programmée est réalisée par sérologie en élevage de sélection-multiplication, et par sérologie et virologie en abattoirs. La vigilance à l'égard de la Peste Porcine Africaine (PPA) a reposé sur une surveillance évènementielle en élevage de porcs et sangliers et une surveillance renforcée des sangliers sauvages trouvés morts. Ainsi en 2023, les surveillances programmée et évènementielle des pestes porcines conduites chez les porcs domestiques et les sangliers en élevage ou dans la faune sauvage ont confirmé le maintien du statut sanitaire indemne de la France vis-à-vis de la PPC et de la PPA.

L’exécution du programme de lutte contre les salmonelles en 2023 a montré une dégradation par rapport à 2022 de la situation épidémiologique des filières avicoles françaises vis-à-vis des salmonelles du groupe 1, dans un contexte général de baisse de production. Dans la filière poulets de chair, une augmentation du nombre de foyers chez les reproducteurs de poulets de chair en multiplication a été observée par rapport à 2022, en lien possible avec l’arrêt des prélèvements de confirmation. Cependant, cette hausse à l’étage multiplication n’a pas eu de répercussion observée sur la prévalence en production, qui reste identique à 2022. En filière dindes de chair, aucun foyer de salmonelles du groupe 1 n’a été détecté chez les reproducteurs en sélection et multiplication. Néanmoins, une dégradation de la situation sanitaire est notée en production de dindes de chair, où la prévalence d’infection par les salmonelles du groupe 1 atteint le seuil limite de 1% des troupeaux. En filière œufs de consommation, aucun foyer n’est recensé à l’étage reproduction, comme les années précédentes, mais en production, la prévalence d’infection a dépassé le seuil de prévalence limite fixé par la règlementation européenne à 2%. 

La France est reconnue indemne de tuberculose due à Mycobacterium bovis par l’Union européenne. Cependant quelques foyers bovins ainsi que des animaux sauvages infectés sont régulièrement détectés sur le territoire métropolitain. L’appréciation de la situation sanitaire nationale vis-à-vis de la tuberculose bovine repose sur deux dispositifs dédiés, l’un à la surveillance des bovins et l’autre à la surveillance des principales espèces sauvages sensibles (Sylvatub). En 2021, à partir de l’ensemble des modalités de surveillance, 99 élevages bovins ont été confirmés infectés ainsi que 173 blaireaux, dans des zones géographiquement proches de celles des foyers bovins. Le taux d’incidence apparent national dans les troupeaux bovins était de 0,0638 %. Il était de 0,0651 % en 2020. A l’image des années précédentes, la distribution géographique des animaux sauvages infectés et des foyers domestiques reste hétérogène. Le renforcement de la surveillance dans les zones d’enzootie connues a été poursuivi. Ainsi, si cette infection reste rare, l’analyse conjointe des résultats des deux dispositifs (Sylvatub et surveillance des bovins) souligne l’importance de maintenir les efforts sur l’ensemble du territoire national pour atteindre les objectifs de surveillance.

La France est officiellement indemne de tuberculose due à Mycobacterium bovis. Cependant quelques foyers bovins ainsi que des animaux sauvages infectés sont régulièrement détectés sur le territoire métropolitain. L’appréciation de la situation sanitaire nationale vis-à-vis de la tuberculose bovine repose sur deux dispositifs dédiés, l’un à la surveillance des bovins et l’autre à la surveillance des principales espèces sauvages sensibles (Sylvatub).

En 2020, à partir de l’ensemble des modalités de surveillance, 104 foyers bovins ont été confirmés infectés ainsi que 99 blaireaux dans des zones géographiquement proches de celles des foyers bovins. Le taux d’incidence apparent national dans les troupeaux bovins était de 0,065 %, il était de 0,06 % en 2019.

Comme les années précédentes, la distribution géographique des cas et foyers était hétérogène. Le renforcement de la surveillance dans les zones d’enzootie connues a été poursuivi. Ainsi, si cette infection reste rare, l’analyse conjointe des résultats des deux dispositifs (Sylvatub et surveillance des bovins) souligne l’importance de maintenir les efforts sur l’ensemble du territoire métropolitain pour atteindre les objectifs de surveillance.

Depuis que la France métropolitaine a été officiellement déclarée indemne de rage en 2001, les cas identifiés ont été principalement limités aux chauves-souris autochtones et aux carnivores domestiques illégalement importés sur le territoire et en phase d’incubation de la maladie. Comme les années précédentes, le réseau d’épidémiosurveillance de la rage s’est principalement tourné vers la surveillance de la rage des carnivores domestiques et des chiroptères tant au niveau de la métropole que de l’Outre-Mer. Au cours de la période 2017-2020, 35 cas de rage ont été identifiés : 32 sur des sérotines communes et un cas sur un minioptère de Schreibers (portant à 111 le nombre de cas de rage identifiés chez des chiroptères depuis 1989), ainsi que deux cas de rage sur des animaux de compagnie (chien et chat). La détection annuelle sur le territoire métropolitain de chauves-souris infectées, l’identification récurrente de cas de rage animale d’importation et la découverte de nouvelles espèces de lyssavirus plaident pour le renforcement de la sensibilisation des différents acteurs à la surveillance épidémiologique dans toutes les régions françaises ainsi que de la sensibilisation du grand public au risque que représente encore la rage. Hors métropole, la surveillance s’est poursuivie, mais aucun cas n’a été rapporté.

La surveillance de Campylobacter en France est conduite aux différents maillons de la chaîne alimentaire, de l’élevage jusqu’au consommateur. Elle implique de nombreux acteurs dont Santé Publique France (SPF), le Centre National de Référence (CNR) des Campylobacters et Helicobacters, la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL), La Direction Générale de la Concurrence, de la Consommation et de la répression des Fraudes (DGCCRF),  le Laboratoire National de Référence (LNR) Campylobacter ainsi que les laboratoires d’analyses médicales et vétérinaires. Les abattoirs de volailles sont impliqués dans cette surveillance par l’application du critère d'hygiène du procédé pour Campylobacter sur les carcasses de poulets de chair publié en 2018. Campylobacter reste toujours le premier agent zoonotique responsable de gastro-entérites devant Salmonella et C. jejuni demeure l’espèce la plus impliquée dans les cas humains. Campylobacter est prévalent dans les filières de productions animales ; les filières avicoles et bovines étant identifiées comme principales sources des infections humaines à C. jejuni. Les plans de surveillance (ou exploratoires) mis en place par la DGAl affinent au fur et à mesure des années l’identification des matrices alimentaires à risque. Le séquençage du génome des souches isolées de ces matrices et la comparaison avec les génomes des souches humaines devrait être un outil pour appuyer la surveillance de ce pathogène.

Durant les campagnes 2016-2017 à 2020-2021, le dispositif de surveillance aléatoire de l’hypodermose bovine par analyses sérologiques et contrôles visuels a évolué. Historiquement conduit sur un échantillonnage départemental ou régional (1) et cela jusqu’en 2017-2018, ce dispositif s’établit depuis 2018-2019 sur la base d’un échantillonnage national. Du fait de la très bonne situation sanitaire, il est en effet devenu approprié que le statut vis-à-vis du varron soit défini au niveau national (France continentale) et non plus à un niveau local. En échantillonnant la surveillance aléatoire sur une zone de dimension plus grande, la loi hypergéométrique applicable produit par effet de conséquence un nombre moindre de cheptels à prélever. Cela conduit à réduire significativement le nombre de cheptels à contrôler dans le cadre du plan de contrôle aléatoire du programme varron, à niveau de garantie « zone assainie » équivalent. En conséquence de cet objectif, le plan de sondage a lui aussi évolué. Ainsi, bien que l’effectif cheptel contrôlé se soit considérablement réduit (proche de 3,5 % du cheptel bovin français en 2016-2017, celui-ci est désormais proche de 0,7 %), la surveillance permet de répondre à ce nouvel objectif. Sur ces cinq années, aucun foyer n’a été mis en évidence : la situation épidémiologique de la France vis-à-vis de l’hypodermose bovine reste donc très favorable. 

La consommation de poissons contenant des concentrations élevées en histamine peut entraîner une intoxication de type pseudo-allergique. La Direction générale de l’alimentation met en œuvre annuellement un plan de surveillance de l’histamine dans les produits de la pêche. Les modalités de l’échantillonnage ont évolué depuis 2017 en ciblant préférentiellement une espèce à risque par année, c’est-à-dire une espèce naturellement riche en histidine pouvant par contamination microbiologique générer de l’histamine. Au cours de cette période, d’autres amines biogènes potentiellement présentes ont été également recherchées à titre d’étude exploratoire. Cet article présente le bilan des quatre plans de surveillance réalisés entre 2016 et 2019. Au regard des espèces ciblées (principalement thon, maquereau et sardine), une très faible proportion des prélèvements s’est révélée non conforme vis-à-vis de la concentration maximale en histamine fixée par la réglementation : de 0% en 2016 à 2,13% en 2018. Sur la base hypothétique d’une toxicité équivalente de la cadavérine, la putréscine et la tyramine à celle de l’histamine, la somme des concentrations de ces amines biogènes aurait conduit à un dépassement du seuil réglementaire de l’histamine dans 2% des situations. Cette approche exploratoire et l’étude préliminaire des corrélations entre les niveaux de concentration des différentes amines biogènes doivent être consolidées par des données complémentaires. La mise en œuvre des prochains plans de surveillance selon les mêmes modalités permettrait de répondre à cette attente et de suivre la stabilité de ces résultats dans le temps.

Depuis la réémergence du sérotype 8 de la fièvre catarrhale ovine (FCO) en France continentale en 2015, une surveillance entomologique des populations de Culicoides a été redéployée à l’échelle de la métropole entre novembre 2015 et avril 2018, complétant le réseau de piégeages déjà en place en Corse depuis 2002. Pour la saison hivernale 2017-2018, cette surveillance aura permis de déclarer 16 départements en zone saisonnièrement indemne sur des durées variables. Suite à l’arrêt de la surveillance en France continentale en avril 2018, le réseau a continué de fonctionner en Corse et au port de Sète. De plus, des missions ponctuelles de surveillance de l’espèce d’origine afrotropicale Culicoides imicola, vectrice majeure du virus de la FCO, ont eu lieu en alternance une année sur deux, dans les Pyrénées-Orientales, où l’espèce n’est plus capturée depuis 2012, et dans le Var et les Alpes-Maritimes où l’on observe une stabilité de la distribution géographique et des abondances des populations depuis l’installation de l’espèce détectée en 2003. Les données d'abondance et de distribution relevée sur le long terme dans cette zone suggèrent que cette espèce exotique pourrait avoir atteint sa limite géographique nord dans le bassin méditerranéen.