ANSES - Le Magazine

Après deux années d’épizooties majeures liées au sous type H5N1 de clade 2.3.4.4.b, la saison 2023-2024 marque une sortie de crise avec dix foyers déclarés en élevages sur la période, détectés essentiellement par la surveillance évènementielle. Les virus détectés restent cette saison encore, restreints au sous-type H5N1 du clade 2.3.4.4b. La saison a néanmoins été impactée par des cas dans les populations d’oiseaux sauvages, notamment certaines espèces de laridés suggérant une circulation enzootique à bas bruit chez ces espèces. Un autre élément marquant de cette saison, comme pour les deux précédentes, réside dans l’absence d’intersaison habituellement observée pour cette maladie, avec la détection de cas d’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) toute l’année. Aucun cas n’a été détecté chez des mammifères terrestres en France sur la période. L’enquête sérologique annuelle mise en place dans les élevages de volailles n’a par ailleurs pas détecté de lot séropositif pour l’IA H5 ou H7. Malgré un faible nombre de foyers et de cas confirmés, le nombre de suspicions reste élevé, ce qui témoigne d’un niveau de vigilance élevé de la part de tous les acteurs. Celle-ci est nécessaire et doit être maintenue dans le contexte d’une évolution constante et imprévisible des virus de l’IAHP.

Après deux années consécutives (2018 et 2019) durant lesquelles la France est demeurée indemne d’Influenza Aviaire Hautement Pathogène (IAHP) dans les élevages de volailles domestiques, le pays a subi des épizooties majeures au cours des deux saisons suivantes. Celle de 2021-2022 a été particulièrement intense, entraînant près de 1 400 foyers en élevages contre 500 lors de l’épizootie précédente. D’une ampleur jusque-là inédite, cette épizootie a présenté la particularité de toucher l’ensemble des bassins majeurs de production avicoles.

Aucun foyer de brucellose n’a été détecté dans un élevage de petits ruminants en France métropolitaine depuis 2003. Depuis 2021, les départements métropolitains sont tous reconnus officiellement indemnes par l’Union Européenne. Les dispositifs de surveillance de la brucellose des petits ruminants combinent surveillance événementielle (fondée sur la déclaration des avortements) et programmée (par dépistage sérologique régulier). Ils ont montré l’absence de foyers entre 2020 et 2022. Comme pour les années précédentes, l’analyse des données de surveillance suggère cependant une très faible sensibilisation des éleveurs à la déclaration des avortements, ce qui reste un point de fragilité important du système de surveillance.

Le botulisme est une maladie neurologique humaine et animale provoquée par l’action de neurotoxines bactériennes (toxines botuliques) produites par des bactéries du genre Clostridium et qui se manifeste par des paralysies flasques pouvant aller jusqu’à la paralysie respiratoire et l’arrêt cardiaque. Chez l’être humain, cette maladie est rare, avec moins d’une dizaine de foyers recensés en moyenne chaque année en France. Ces foyers sont d’origine alimentaire pour une très grande majorité d’entre eux (90 %). Chaque année, une trentaine de foyers sont recensés en moyenne en France dans les élevages de volailles, environ une vingtaine de cas chez les oiseaux sauvages et une dizaine de foyers dans l’espèce bovine pouvant impliquer à chaque fois un grand nombre d’animaux. Cet article présente le bilan de la surveillance du botulisme humain (2008-2018) et animal (2009-2019) au cours de la dernière décennie à partir des données collectées auprès de Santé Publique France, des investigations biologiques du Centre National de Référence (CNR) et de celles du Laboratoire National de Référence (LNR).

Chaque année, la Direction générale de l’alimentation (DGAL) pilote et coordonne la mise en œuvre de plans de surveillance et de contrôle (PS/PC). Cette brève présente « Qualiplan », le dispositif d’évaluation et d’amélioration de la qualité des données des plans de surveillance et de contrôle des contaminants de la chaine alimentaire. 

La direction générale de l’alimentation (DGAL) du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation pilote un système de surveillance de la contamination des productions alimentaires. Son objectif principal est de vérifier la conformité sanitaire des productions et de suivre les niveaux de contamination dans les denrées alimentaires et les aliments pour animaux.

Le taux de réalisation des prélèvements prévisionnels s’échelonne entre 80 et 100 % et est fréquemment supérieur à 95 %. De 2017 à 2019, environ 60 000 à 70 000 prélèvements annuels ont été effectués dans toutes les filières, aux différentes étapes de la chaîne alimentaire et plus d’un million de résultats d’analyses ont été produits.

Les résultats de ces trois années de campagne marquent une relative stabilité de la situation sanitaire française. Les taux de contamination (généralement < 1 %) et les taux de non-conformités observés vis-à-vis des seuils réglementaires s’inscrivent dans la continuité des années précédentes. Cependant, certains couples contaminant/matrice prélevés présentaient des taux de non-conformités plus élevés, tels que certains contaminants biologiques dans les produits de la pêche, les coquillages et les viandes de volaille, des métaux lourds dans les viandes de gibiers sauvages, abats d’équins, produits de la pêche et des produits phytopharmaceutiques dans les végétaux.

En partenariat avec l’Anses, la DGAL déploie depuis 2018 une application informatique, dénommée Qualiplan, pour améliorer la qualité des données collectées dans le cadre de ces plans. La pleine utilisation de cet outil est attendue à compter de 2020 pour les plans qui y sont intégrés. 

La surveillance évènementielle des virus influenza A porcins (swIAVs) menée en France depuis le début des années 2000 montrait, jusqu’en 2018, une prédominance des virus de sous-types H1_avN1 et H1_huN2, lesquels comptaient en moyenne pour environ 65 % et 20-25 % des virus identifiés chaque année (Chastagner et al., 2020). En 2019, le nombre de cas de grippe dus à des souches H1_huN2 a diminué, mais le nombre de virus H1_avN2 a augmenté, ce qui a conduit à une légère modification des proportions des divers sous-types viraux. En 2020, le nombre total d’épisodes grippaux investigués par le réseau national Résavip, par Ceva Santé Animale ou par l’Anses (lors d’audits spécifiques) a nettement augmenté, conduisant à l’identification de 219 souches virales entre janvier et mi-novembre 2020, presque deux fois plus qu’en 2019 sur douze mois (119 souches) ou que les années précédentes (139 en 2018 et 110 en 2017). Les proportions des différents lignages de swIAVs, dont l’hémagglutinine (HA) et la neuraminidase (NA) ont été caractérisées par sous-typage moléculaire, apparaissent fortement modifiées puisque parmi eux on décompte 133/219 H1_avN2 mais seulement 63/219 H1_avN1 et 12/219 H1_huN2. La proportion de H1N1pdm (9/219) a également diminué, en dépit d’un nombre stable de foyers d’infection par ce virus comparativement à 2019, et deux souches réassortantes H1_pdmN2 ont été identifiées.

Salmonella est depuis de nombreuses années un contaminant microbiologique majeur à l’origine d’épidémies d’origine alimentaires en France et en Europe. Dans ce contexte, le réseau Salmonella centralise, depuis 20 ans, des résultats de sérotypage de salmonelles isolées sur la chaîne alimentaire. Les laboratoires partenaires envoient des souches qui proviennent de toutes filières et de tous secteurs d’activités. Ces envois sont basés sur le volontariat. Cette surveillance événementielle complète les contrôles officiels réalisés chaque année. Ce volume massif de données collecté par l’Anses confirme les tendances et les émergences rapportées au niveau
européen. Toutes origines confondues, S. Typhimurium et ses variants monophasiques ainsi que S. Enteritidis demeurent majoritairement isolées (20 % des souches reçues).
L’optimisation de l’évaluation et de la gestion du risque de salmonellose chez l’Homme et l’animal implique la collecte de données de qualité, dans un pas de temps adapté. À la suite d’un processus d’évaluation de son fonctionnement, ce réseau a donc entamé en 2015 une profonde action de modernisation de ses outils analytiques mais également de pilotage, de partage et de communication de l’information pour mieux répondre aux besoins exprimés par l’ensemble des acteurs et utilisateurs de cette surveillance.

Depuis 2014, de nombreux foyers de fièvre catarrhale ovine (FCO) sont déclarés en Europe chaque année, principalement de sérotype 4, mais aussi de sérotype 1 (Italie, Croatie, Espagne, Portugal) et de sérotype 8 (France, Chypre, Suisse). On observe une diminution du nombre de foyers de FCO-1 depuis 2014, ainsi qu’une augmentation du nombre de foyers de FCO-4 et, depuis 2015, de FCO-8. L’année 2017 a été marquée par une importante épizootie de sérotype 4 qui a frappé la Sardaigne et la Corse de fin juin à décembre 2017 et l’introduction de ce sérotype 4 en France continentale. Le sérotype 2 a été identifié en Italie en 2014, le sérotype 3 a été détecté pour la première fois en Europe en Sicile en 2017, et le sérotype 16 a été signalé à Chypre en 2014, puis en Grèce et en Turquie à partir de septembre 2017. La situation épidémiologique de la FCO en Europe est donc complexe et le maintien d’un niveau de vigilance élevé est nécessaire car le changement climatique, l’évolution des aires de distribution des insectes vecteurs et les mouvements d’animaux constituent des facteurs de risque d’introduction de nouveaux sérotypes en Europe.