ANSES - Le Magazine

Le botulisme est une maladie neuroparalytique due à l’action de la toxine botulique produite principalement par Clostridium botulinum. Anciennement classé en danger sanitaire de première catégorie, le botulisme fait actuellement partie de la liste provisoire des maladies d’intérêt national. Cette maladie peut entrainer de fortes mortalités et des pertes économiques importantes dans les élevages atteints. Le nombre annuel moyen de foyers de botulisme dans les élevages bovins en France confirmés en laboratoire sur la période 2009-2019 était de dix. En 2022, 35 foyers en élevage bovin ont été confirmés biologiquement. Une augmentation du nombre de foyers confirmés en laboratoire avait déjà été notée en 2020, confirmant une tendance à l’augmentation du nombre de foyers de botulisme bovin en France. Plusieurs hypothèses peuvent être émises pour expliquer cette augmentation et sont présentées dans cet article.

Cet article présente les résultats de la surveillance programmée et évènementielle des pestes porcines chez les suidés d’élevage et les sangliers sauvages sur le territoire national. Comme les années précédentes, la vigilance à l’égard de la Peste Porcine Classique (PPC) a reposé sur une surveillance programmée et évènementielle des porcs et sangliers d’élevage et une surveillance évènementielle en faune sauvage. La surveillance programmée est réalisée par sérologie en élevage de sélection-multiplication, et par sérologie et virologie à l’abattoir. La vigilance à l'égard de la Peste Porcine Africaine (PPA) a reposé sur une surveillance évènementielle en élevage de porcs et sangliers et une surveillance accrue des sangliers sauvages trouvés morts. Ainsi en trois ans (2020-2022), les surveillances programmée et évènementielle des pestes porcines conduites chez les porcs domestiques et les sangliers en élevage ou dans la faune sauvage ont confirmé le statut sanitaire favorable vis-à-vis des pestes porcines sur l’ensemble du territoire français.

En France, la résistance aux antibiotiques chez les animaux d’élevage et dans les denrées alimentaires d’origine animale est mesurée chaque année à différents maillons de la chaîne alimentaire (élevage, abattoir, distribution, importation), grâce à un dispositif de surveillance active, continue et harmonisée au niveau européen. Pour la période 2021-2027, les obligations concernant cette surveillance sont décrites dans la décision d’exécution 2020/1729/UE.

Les antibiotiques inclus dans la surveillance comprennent des antibiotiques utilisés en médecine vétérinaire et/ou en médecine humaine, dont certains d’importance critique pour la santé humaine. Les bactéries entrant dans ce dispositif de surveillance comprennent certains agents zoonotiques constituant un risque pour la santé publique (Salmonella spp., Campylobacter coli et Campylobacter jejuni) et certains commensaux, reconnus comme réservoirs de gènes de résistance (Escherichia coli). 

Le suivi temporel des résistances obtenu grâce à ce dispositif permet de mesurer l’impact des actions nationales mises en place pour réduire l’antibiorésistance en santé animale afin de protéger la santé humaine. 

La rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR) est une maladie virale, provoquée par l’herpesvirus bovin de type 1 (BoHV1) qui possède un tropisme principalement respiratoire et génital. Dans l’élevage français, l’infection reste le plus souvent asymptomatique et la maladie présente un enjeu essentiellement commercial pour le marché national, européen et international. Le renforcement de la lutte contre cette maladie depuis 2016 s’est traduit par une baisse de la prévalence nationale de 4 % à 2,5 %, et de l’incidence de 0,54 % à 0,35 % à l’échelle des cheptels, durant la période 2018 à 2020. La proportion de cheptels sous appellation « indemne d’IBR » a atteint 91,5 % au 30 juin 2020. Ces résultats ont permis d’obtenir la reconnaissance du programme français de lutte par la Commission européenne. Les élevages français bénéficient, d’une part, de garanties additionnelles pour l’introduction d’animaux depuis des Etats membres sans programme reconnu et, d’autre part, d’allègement des garanties aux échanges intra-Union Européenne pour États membres.

L’exécution du programme de lutte contre les salmonelles en 2019 a montré que la France a répondu aux objectifs de prévalence fixés par l’UE dans toutes les filières avicoles surveillées. Les foyers à salmonelles classées dangers sanitaires de première catégorie sont restés sporadiques aux étages de sélection et multiplication. En filière Gallus gallus œufs de consommation, le nombre de foyers à Salmonella Enteritidis et Salmonella Typhimurium est en augmentation (+ 45 %) par rapport à 2018. En filières Meleagris gallopavo et Gallus gallus chair de production, la prévalence des sérovars réglementés demeure stable depuis 2010 mais S. Typhimurium variant 1,4,[5],12:i:- devient aussi fréquent que S. Enteritidis ou S. Typhimurium, et même dominant en production de dindes de chair. 

Aucun foyer de brucellose n’a été détecté dans un élevage de petits ruminants en France métropolitaine depuis 2003. La surveillance de cette maladie, basée sur une surveillance événementielle (fondée sur la déclaration des avortements) et sur une surveillance programmée (par dépistage sérologique régulier) a montré l’absence de foyers de brucellose des petits ruminants entre 2015 et 2019. Au début de l’année 2021, l’ensemble des départements métropolitains étaient reconnus officiellement indemnes par l’Union Européenne. L’analyse des données de surveillance suggère cependant une très faible sensibilisation des éleveurs de petits ruminants à la déclaration des avortements, ce qui représente un point de fragilité important du système de surveillance.

La diarrhée épidémique porcine (DEP) apparue en Europe à la fin des années 1970 est due à un alpha-coronavirus appelé virus de la diarrhée épidémique porcine (vDEP). Une ré-émergence du virus conduisant à des épizooties sévères a été rapportée en Asie à partir de 2010, puis en Amérique à partir de 2013. Deux génotypes de souches de vDEP, se différenciant par des insertions/délétions dans le gène S, ont été isolés et circulent toujours actuellement dans ces régions. Ils regroupent d’une part les souches « S-InDel » moyennement virulentes présentes sur tous les continents, notamment en Europe y compris la France, et d’autre part les souches « S-non-InDel » hautement virulentes qui circulent en Asie et sur le continent américain uniquement. Les porcs infectés par le vDEP sont sujets à d’importantes diarrhées aqueuses ainsi qu’à des vomissements parfois accompagnés de signes de déshydratation. Les conséquences de la maladie sont particulièrement importantes en cas d’infection par une souche « S-non-InDel », la mortalité pouvant atteindre 100 % chez les porcelets sous la mère. La maladie sous sa forme hautement virulente est un danger sanitaire de catégorie 1 (DS1) en France, alors que sous sa forme moyennement virulente il s’agit d’un DS2 nécessitant une déclaration obligatoire et la mise en place de mesures de gestion par les professionnels. Une surveillance évènementielle est mise en place depuis 2014 pour la détection des évènements sanitaires pouvant être en lien avec le vDEP. Depuis 2014, la France a été confrontée à un nombre limité de foyers déclarés (7) qui étaient tous liés à des virus moyennement virulents « S-InDel ». Ils ont été assainis par des mesures de compartimentation, d’hygiène renforcée et de biosécurité, sauf pour un foyer qui a fait l’objet d’un dépeuplement. Par ailleurs, la situation épidémiologique sur le territoire français semble favorable au regard des résultats des enquêtes de séroprévalence nationales réalisées aux étages production et sélection-multiplication en 2018. Les souches hautement virulentes continuent de circuler en Asie et en Amérique du Nord et la vigilance doit être maintenue à l’égard de ces souches qui ont un potentiel de propagation considérable et auraient un impact économique très important sur la filière

La rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR) est une maladie virale, provoquée par l’herpesvirus bovin de type 1 (BHV-1) qui possède un tropisme principalement respiratoire et génital. Dans l’élevage français, l’infection reste le plus souvent asymptomatique et la maladie présente un enjeu essentiellement commercial pour le marché national et international. La campagne 2015-2016 de surveillance de la rhinotrachéite infectieuse bovine a permis d’observer, à l’échelle des élevages, une prévalence nationale de 8,6 % (en légère baisse par rapport à la campagne précédente) et une incidence qui s’élève à 1,6 % (également en baisse par rapport à la campagne précédente). La proportion de cheptels sous appellation « indemne d’IBR » (qualification facultative) atteint 69,3 % au 31 mai 2016. Les mesures pour accélérer le processus d’éradication prises en application de l’arrêté du 31 mai 2016 sont en cours de déploiement et les gestionnaires disposent d’outils diagnostiques de deuxième intention dont la spécificité a été améliorée.

Comme pour les années précédentes, la surveillance de la brucellose porcine en 2016 a reposé principalement sur une surveillance événementielle. Cinq suspicions ont été rapportées : quatre en élevage plein-air (dont deux à la suite de l’apparition de signes cliniques évocateurs de la maladie (avortements) et deux dans le cadre d’une suspicion sérologique), et une en élevage hors-sol (à la suite d’une baisse de prolificité). Les deux suspicions cliniques en élevage plein air (départements du Gers et du Morbihan) ont été confirmées comme étant des foyers de brucellose dus à Brucella suis biovar 2, ce qui a conduit à la prise d’un APDI [arrêté préfectoral portant déclaration d’infection] pour chaque foyer. Les autres suspicions ont été infirmées.