ANSES - Le Magazine

La direction générale de l’alimentation (DGAL) du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation pilote un système de surveillance de la contamination des productions alimentaires. Son objectif principal est de vérifier la conformité sanitaire des productions et de suivre les niveaux de contamination dans les denrées alimentaires et les aliments pour animaux.

Le taux de réalisation des prélèvements prévisionnels s’échelonne entre 80 et 100 % et est fréquemment supérieur à 95 %. De 2017 à 2019, environ 60 000 à 70 000 prélèvements annuels ont été effectués dans toutes les filières, aux différentes étapes de la chaîne alimentaire et plus d’un million de résultats d’analyses ont été produits.

Les résultats de ces trois années de campagne marquent une relative stabilité de la situation sanitaire française. Les taux de contamination (généralement < 1 %) et les taux de non-conformités observés vis-à-vis des seuils réglementaires s’inscrivent dans la continuité des années précédentes. Cependant, certains couples contaminant/matrice prélevés présentaient des taux de non-conformités plus élevés, tels que certains contaminants biologiques dans les produits de la pêche, les coquillages et les viandes de volaille, des métaux lourds dans les viandes de gibiers sauvages, abats d’équins, produits de la pêche et des produits phytopharmaceutiques dans les végétaux.

En partenariat avec l’Anses, la DGAL déploie depuis 2018 une application informatique, dénommée Qualiplan, pour améliorer la qualité des données collectées dans le cadre de ces plans. La pleine utilisation de cet outil est attendue à compter de 2020 pour les plans qui y sont intégrés. 

L’exécution du programme de lutte contre les salmonelles en 2019 a montré que la France a répondu aux objectifs de prévalence fixés par l’UE dans toutes les filières avicoles surveillées. Les foyers à salmonelles classées dangers sanitaires de première catégorie sont restés sporadiques aux étages de sélection et multiplication. En filière Gallus gallus œufs de consommation, le nombre de foyers à Salmonella Enteritidis et Salmonella Typhimurium est en augmentation (+ 45 %) par rapport à 2018. En filières Meleagris gallopavo et Gallus gallus chair de production, la prévalence des sérovars réglementés demeure stable depuis 2010 mais S. Typhimurium variant 1,4,[5],12:i:- devient aussi fréquent que S. Enteritidis ou S. Typhimurium, et même dominant en production de dindes de chair. 

Aucun foyer de brucellose n’a été détecté dans un élevage de petits ruminants en France métropolitaine depuis 2003. La surveillance de cette maladie, basée sur une surveillance événementielle (fondée sur la déclaration des avortements) et sur une surveillance programmée (par dépistage sérologique régulier) a montré l’absence de foyers de brucellose des petits ruminants entre 2015 et 2019. Au début de l’année 2021, l’ensemble des départements métropolitains étaient reconnus officiellement indemnes par l’Union Européenne. L’analyse des données de surveillance suggère cependant une très faible sensibilisation des éleveurs de petits ruminants à la déclaration des avortements, ce qui représente un point de fragilité important du système de surveillance.

La diarrhée épidémique porcine (DEP) apparue en Europe à la fin des années 1970 est due à un alpha-coronavirus appelé virus de la diarrhée épidémique porcine (vDEP). Une ré-émergence du virus conduisant à des épizooties sévères a été rapportée en Asie à partir de 2010, puis en Amérique à partir de 2013. Deux génotypes de souches de vDEP, se différenciant par des insertions/délétions dans le gène S, ont été isolés et circulent toujours actuellement dans ces régions. Ils regroupent d’une part les souches « S-InDel » moyennement virulentes présentes sur tous les continents, notamment en Europe y compris la France, et d’autre part les souches « S-non-InDel » hautement virulentes qui circulent en Asie et sur le continent américain uniquement. Les porcs infectés par le vDEP sont sujets à d’importantes diarrhées aqueuses ainsi qu’à des vomissements parfois accompagnés de signes de déshydratation. Les conséquences de la maladie sont particulièrement importantes en cas d’infection par une souche « S-non-InDel », la mortalité pouvant atteindre 100 % chez les porcelets sous la mère. La maladie sous sa forme hautement virulente est un danger sanitaire de catégorie 1 (DS1) en France, alors que sous sa forme moyennement virulente il s’agit d’un DS2 nécessitant une déclaration obligatoire et la mise en place de mesures de gestion par les professionnels. Une surveillance évènementielle est mise en place depuis 2014 pour la détection des évènements sanitaires pouvant être en lien avec le vDEP. Depuis 2014, la France a été confrontée à un nombre limité de foyers déclarés (7) qui étaient tous liés à des virus moyennement virulents « S-InDel ». Ils ont été assainis par des mesures de compartimentation, d’hygiène renforcée et de biosécurité, sauf pour un foyer qui a fait l’objet d’un dépeuplement. Par ailleurs, la situation épidémiologique sur le territoire français semble favorable au regard des résultats des enquêtes de séroprévalence nationales réalisées aux étages production et sélection-multiplication en 2018. Les souches hautement virulentes continuent de circuler en Asie et en Amérique du Nord et la vigilance doit être maintenue à l’égard de ces souches qui ont un potentiel de propagation considérable et auraient un impact économique très important sur la filière

La rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR) est une maladie virale, provoquée par l’herpesvirus bovin de type 1 (BHV-1) qui possède un tropisme principalement respiratoire et génital. Dans l’élevage français, l’infection reste le plus souvent asymptomatique et la maladie présente un enjeu essentiellement commercial pour le marché national et international. La campagne 2015-2016 de surveillance de la rhinotrachéite infectieuse bovine a permis d’observer, à l’échelle des élevages, une prévalence nationale de 8,6 % (en légère baisse par rapport à la campagne précédente) et une incidence qui s’élève à 1,6 % (également en baisse par rapport à la campagne précédente). La proportion de cheptels sous appellation « indemne d’IBR » (qualification facultative) atteint 69,3 % au 31 mai 2016. Les mesures pour accélérer le processus d’éradication prises en application de l’arrêté du 31 mai 2016 sont en cours de déploiement et les gestionnaires disposent d’outils diagnostiques de deuxième intention dont la spécificité a été améliorée.

Comme pour les années précédentes, la surveillance de la brucellose porcine en 2016 a reposé principalement sur une surveillance événementielle. Cinq suspicions ont été rapportées : quatre en élevage plein-air (dont deux à la suite de l’apparition de signes cliniques évocateurs de la maladie (avortements) et deux dans le cadre d’une suspicion sérologique), et une en élevage hors-sol (à la suite d’une baisse de prolificité). Les deux suspicions cliniques en élevage plein air (départements du Gers et du Morbihan) ont été confirmées comme étant des foyers de brucellose dus à Brucella suis biovar 2, ce qui a conduit à la prise d’un APDI [arrêté préfectoral portant déclaration d’infection] pour chaque foyer. Les autres suspicions ont été infirmées.

L’État met en œuvre ou subventionne deux catégories de dispositifs de surveillance chez l’Abeille domestique Apis mellifera :